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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » MS » 关于MS力场编辑
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tim562944200

金虫 (小有名气)

[求助] 关于MS力场编辑

我想用MS做个LJ流体的简单模拟，在forcite->forcefield manager下编辑力场，在interactions选项要输入各个LJ参数，但是我查到的LJ参数都是分子的参数，而下拉菜单中都是原子选项，该怎么处理呢？求大侠指导
关于MS力场编辑
lj参数.png
关于MS力场编辑-1
烦人.png



[ Last edited by tim562944200 on 2013-10-16 at 17:18 ]
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1楼 2013-10-16 17:16:33
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回帖支持 ( 显示支持度最高的前 50 名 )

Voland

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
去力场文件里面改，一般来说是改UFF力场和Dreiding力场，具体看你要改了力场做啥，吸附的话，用Dreiding力场就行了，σ*（2^(1/6))然后ε/503.2即可。
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» 本帖已获得的红花（最新10朵）

郭同学
Yağma！Yağma！Yağma！
5楼2013-10-17 00:06:48
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Voland

金虫 (小有名气)
引用回帖:
7楼: Originally posted by tim562944200 at 2013-10-17 09:48:34
谢谢回复，还想求教一下，一个分子的LJ参数具体的定义，比如我查到了正辛烷分子的σ，ε，那么是指碳原子和碳原子之间还是碳原子和氢原子之间的LJ势参数呢？...

两种表达方式，一种是原子的，就是针对该分子内的某种原子进行表达，另一种是键的，在上一种的基础上用Bethlot规则求取键的两个原子的参数的平均所得的。
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Yağma！Yağma！Yağma！
10楼2013-10-18 18:07:06
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普通回帖

fhh2626

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
LJ流体不就是一个一个的原子吗？
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2楼2013-10-16 17:20:17
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tim562944200

金虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by fhh2626 at 2013-10-16 17:20:17
LJ流体不就是一个一个的原子吗？

谢谢大侠回复，LJ势函数应该指的是各原子之间的非键相互作用，这个我知道，举个例子，我查到了氧气 和甲烷的LJ参数σ，ε，那么我设定 氧原子和碳原子之间的范德华力时应该怎么设定σ ，ε呢？
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3楼2013-10-16 18:45:13
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fhh2626

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

引用回帖:
3楼: Originally posted by tim562944200 at 2013-10-16 18:45:13
谢谢大侠回复，LJ势函数应该指的是各原子之间的非键相互作用，这个我知道，举个例子，我查到了氧气 和甲烷的LJ参数σ，ε，那么我设定 氧原子和碳原子之间的范德华力时应该怎么设定σ ，ε呢？...

你说的不是LJ流体吗？怎么氧气甲烷都出来了
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4楼2013-10-16 19:00:10
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tim562944200

金虫 (小有名气)
引用回帖:
4楼: Originally posted by fhh2626 at 2013-10-16 19:00:10
你说的不是LJ流体吗？怎么氧气甲烷都出来了...

如果就对于氧气和甲烷来说，怎么处理呢？谢谢
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6楼2013-10-17 09:44:01
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tim562944200

金虫 (小有名气)
引用回帖:
5楼: Originally posted by Voland at 2013-10-17 00:06:48
去力场文件里面改，一般来说是改UFF力场和Dreiding力场，具体看你要改了力场做啥，吸附的话，用Dreiding力场就行了，σ*（2^(1/6))然后ε/503.2即可。

谢谢回复，还想求教一下，一个分子的LJ参数具体的定义，比如我查到了正辛烷分子的σ，ε，那么是指碳原子和碳原子之间还是碳原子和氢原子之间的LJ势参数呢？
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7楼2013-10-17 09:48:34
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fhh2626

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
tim562944200: 金币+5, ★★★很有帮助 2013-10-17 12:40:58
引用回帖:
6楼: Originally posted by tim562944200 at 2013-10-17 09:44:01
如果就对于氧气和甲烷来说，怎么处理呢？谢谢...

那还要设置电荷，键常数，键角常数什么的吧。。。不如直接用现成的力场
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8楼2013-10-17 11:36:36
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tim562944200

金虫 (小有名气)
引用回帖:
8楼: Originally posted by fhh2626 at 2013-10-17 11:36:36
那还要设置电荷，键常数，键角常数什么的吧。。。不如直接用现成的力场...

好， 待我再研究一下多谢指导
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9楼2013-10-17 12:40:47
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