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tim562944200

金虫 (小有名气)

[求助] 关于MS力场编辑

我想用MS做个LJ流体的简单模拟,在forcite->forcefield manager下编辑力场,在interactions选项要输入各个LJ参数,但是我查到的LJ参数都是分子的参数,而下拉菜单中都是原子选项,该怎么处理呢?求大侠指导
关于MS力场编辑
lj参数.png
关于MS力场编辑-1
烦人.png



[ Last edited by tim562944200 on 2013-10-16 at 17:18 ]
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Voland

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
去力场文件里面改,一般来说是改UFF力场和Dreiding力场,具体看你要改了力场做啥,吸附的话,用Dreiding力场就行了,σ*(2^(1/6))然后ε/503.2即可。

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Yağma!Yağma!Yağma!
5楼2013-10-17 00:06:48
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Voland

金虫 (小有名气)

引用回帖:
7楼: Originally posted by tim562944200 at 2013-10-17 09:48:34
谢谢回复,还想求教一下,一个分子的LJ参数具体的定义,比如我查到了正辛烷分子的σ,ε,那么是指碳原子和碳原子之间还是碳原子和氢原子之间的LJ势参数呢?...

两种表达方式,一种是原子的,就是针对该分子内的某种原子进行表达,另一种是键的,在上一种的基础上用Bethlot规则求取键的两个原子的参数的平均所得的。
Yağma!Yağma!Yağma!
10楼2013-10-18 18:07:06
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普通回帖

fhh2626

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
LJ流体不就是一个一个的原子吗?
2楼2013-10-16 17:20:17
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tim562944200

金虫 (小有名气)

引用回帖:
2楼: Originally posted by fhh2626 at 2013-10-16 17:20:17
LJ流体不就是一个一个的原子吗?

谢谢大侠回复,LJ势函数应该指的是各原子之间的非键相互作用,这个我知道,举个例子,我查到了氧气 和甲烷的LJ参数σ,ε,那么我设定 氧原子和碳原子之间的范德华力时应该怎么设定σ ,ε呢?
3楼2013-10-16 18:45:13
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fhh2626

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

引用回帖:
3楼: Originally posted by tim562944200 at 2013-10-16 18:45:13
谢谢大侠回复,LJ势函数应该指的是各原子之间的非键相互作用,这个我知道,举个例子,我查到了氧气 和甲烷的LJ参数σ,ε,那么我设定 氧原子和碳原子之间的范德华力时应该怎么设定σ ,ε呢?...

你说的不是LJ流体吗?怎么氧气甲烷都出来了
4楼2013-10-16 19:00:10
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tim562944200

金虫 (小有名气)

引用回帖:
4楼: Originally posted by fhh2626 at 2013-10-16 19:00:10
你说的不是LJ流体吗?怎么氧气甲烷都出来了...

如果就对于氧气和甲烷来说,怎么处理呢?谢谢
6楼2013-10-17 09:44:01
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tim562944200

金虫 (小有名气)

引用回帖:
5楼: Originally posted by Voland at 2013-10-17 00:06:48
去力场文件里面改,一般来说是改UFF力场和Dreiding力场,具体看你要改了力场做啥,吸附的话,用Dreiding力场就行了,σ*(2^(1/6))然后ε/503.2即可。

谢谢回复,还想求教一下,一个分子的LJ参数具体的定义,比如我查到了正辛烷分子的σ,ε,那么是指碳原子和碳原子之间还是碳原子和氢原子之间的LJ势参数呢?
7楼2013-10-17 09:48:34
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fhh2626

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
tim562944200: 金币+5, ★★★很有帮助 2013-10-17 12:40:58
引用回帖:
6楼: Originally posted by tim562944200 at 2013-10-17 09:44:01
如果就对于氧气和甲烷来说,怎么处理呢?谢谢...

那还要设置电荷,键常数,键角常数什么的吧。。。不如直接用现成的力场
8楼2013-10-17 11:36:36
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tim562944200

金虫 (小有名气)

引用回帖:
8楼: Originally posted by fhh2626 at 2013-10-17 11:36:36
那还要设置电荷,键常数,键角常数什么的吧。。。不如直接用现成的力场...

好, 待我再研究一下多谢指导
9楼2013-10-17 12:40:47
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