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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » MS » MS中sorption模块使用自定义力场出现的问题
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xinghe99

银虫 (小有名气)

[求助] MS中sorption模块使用自定义力场出现的问题


如图所示 在使用自定义力场之后 下面的summation  method选区变成了灰色
这块设置是否对模拟结果有影响？该怎么调整？
求助MS高手！
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xuexijisuan

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不再犹豫 海阔天空
1楼 2013-06-05 16:16:09
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ghcacj

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17楼: Originally posted by xinghe99 at 2013-06-15 08:38:38
版主 我完全按照这篇文献的条件和设定重新做了一遍还是有较大偏差  不知道哪里出问题了...

不知道你有没有注意到这篇文献细化了C原子的类型，不同的类型力场参数不一样，此外MS中的LJ12-6方程与文献中也不一致，sigma这个参数存在一个单位转换的问题，不知道这些是否都做到了。
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18楼2013-06-15 09:46:46
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ghcacj

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【答案】应助回帖

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19楼: Originally posted by xinghe99 at 2013-06-15 11:16:52
有三种C原子 两种O原子  参数的单位转换了
你们做的结果都挺好的呗  我同时做了ZIF-8吸附CO2的模拟 与文献误差较小  准备开始下一步的工作 这块先略过了...

我的意思是力场参数中的Sigma用到MS中要乘以(2)^(1/6)，这点别忘了。
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20楼2013-06-15 11:20:47
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xinghe99

银虫 (小有名气)
大家能否看到图片？这是链接  
http://xiangce.baidu.com/picture ... faf862a8ae3d221d388
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不再犹豫 海阔天空
2楼2013-06-05 16:17:18
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xinghe99

银虫 (小有名气)
就是energy页面下的summation  method选区
里面有electrostatic 和  van der Waals  是灰色的无法设置
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不再犹豫 海阔天空
3楼2013-06-05 16:21:18
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ghcacj

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★ ★
感谢参与，应助指数 +1
jiaoyixiong: 金币+2, 鼓励交流 2013-06-05 20:05:11
修改力场只能修改参数，建议你去力场的文件里去改，而不是借助于MS的界面去改。
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xinghe99
4楼2013-06-05 16:45:14
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xinghe99

银虫 (小有名气)
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4楼: Originally posted by ghcacj at 2013-06-05 16:45:14
修改力场只能修改参数，建议你去力场的文件里去改，而不是借助于MS的界面去改。

版主的意思是用写字板打开修改？
我遇到的问题是修改了力场参数之后（比如修改Driding力场文件），模拟的时候出现无法读取的错误。
所以我自己建立了一个力场文件，里面只包括我所用到的参数。
我做MOF-5吸附CO2这个经典体系，所有条件参数都和文献相符合，但是模拟结果差距很大。我在想是不是我提到的那个设置问题影响的。
多谢版主热心帮助
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不再犹豫 海阔天空
5楼2013-06-05 19:12:43
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ghcacj

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【答案】应助回帖

★ ★
jiaoyixiong: 金币+2, 鼓励交流 2013-06-06 21:23:00
引用回帖:
5楼: Originally posted by xinghe99 at 2013-06-05 19:12:43
版主的意思是用写字板打开修改？
我遇到的问题是修改了力场参数之后（比如修改Driding力场文件），模拟的时候出现无法读取的错误。
所以我自己建立了一个力场文件，里面只包括我所用到的参数。
我做MOF-5吸附CO ...

就是用写字板打开off后缀的力场文件，但是你只能修改其中的参数，不能改其他任何东西，包括原子类型、力场类型，以及文件名称。
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xinghe99
6楼2013-06-05 20:39:04
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xinghe99

银虫 (小有名气)
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6楼: Originally posted by ghcacj at 2013-06-05 20:39:04
就是用写字板打开off后缀的力场文件，但是你只能修改其中的参数，不能改其他任何东西，包括原子类型、力场类型，以及文件名称。...

我按照你说的方法修改力场参数之后重新模拟了一下  吸附量变化了很多 与实验值比较接近了 很感谢版主的指点
在此还有两个问题想请教一下：
1.电荷是怎么设定的？electrostatic这项我选的是Ewald  力场旁边的more选项里的电荷设定我不太明白  请版主指点
2.我选取别的吸附材料进行模拟（ZIF），下载到的cif文件结构不好：有断裂和杂质，于是我自己输入原子坐标建立ZIF的模型。怎么能保证自己建立的模型合理可信？怎么做优化？请版主指点
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7楼2013-06-07 10:57:49
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ghcacj

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★ ★ ★
chaizhm: 金币+3, 谢谢~ 2013-06-15 16:02:09
引用回帖:
7楼: Originally posted by xinghe99 at 2013-06-07 10:57:49
我按照你说的方法修改力场参数之后重新模拟了一下  吸附量变化了很多 与实验值比较接近了 很感谢版主的指点
在此还有两个问题想请教一下：
1.电荷是怎么设定的？electrostatic这项我选的是Ewald  力场旁边的more ...

1,电荷在MS里里是手动输入的，当然如果你用Dmol3计算的电荷，那么电荷最自动附加在结构的原子中。如果是采用一般方法（DFT计算片簇）或者从文献获取电荷，那么需要点击结构中的原子，在属性框里的电荷栏进行输入，如果结构保持对称性的话，你只需要对几种类型的原子修改电荷，那么同类型的原子电荷也自动被修改。
2，ZIF材料我做过，的确很多结构的CIF文件比较乱，那么解决方法是，下载好CIF导入后，首先删去明显不是结构上的杂原子，如果出现H原子有多个位置可能，比如一个甲基连接6个H，每个H只有50%的存在可能，那么需要你手动删除多余的H。如果结果经过修正后比较杂乱，那么最好经过Dmol3的优化。
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xinghe99
8楼2013-06-07 16:33:10
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8楼: Originally posted by ghcacj at 2013-06-07 16:33:10
1,电荷在MS里里是手动输入的，当然如果你用Dmol3计算的电荷，那么电荷最自动附加在结构的原子中。如果是采用一般方法（DFT计算片簇）或者从文献获取电荷，那么需要点击结构中的原子，在属性框里的电荷栏进行输入， ...

1.力场文件里也有电荷项，我是在那里修改的，是一样的吗？在sorption设置里电荷方面有什么要特别注意的呢？力场旁边的more选项里有一些电荷设定。
2.有多余的H可以删掉，还有很多断裂的键和缺损的结构，修正起来很麻烦结构也很乱。我通过原子坐标和对称性自己建结构，看上去结构比较好，但是用Dmol3和guassian优化还是过不去。现在想用castep优化，不知道是否可行。
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9楼2013-06-08 09:30:25
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chaizhm: 金币+2, 谢谢~ 2013-06-15 16:02:19
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9楼: Originally posted by xinghe99 at 2013-06-08 09:30:25
1.力场文件里也有电荷项，我是在那里修改的，是一样的吗？在sorption设置里电荷方面有什么要特别注意的呢？力场旁边的more选项里有一些电荷设定。
2.有多余的H可以删掉，还有很多断裂的键和缺损的结构，修正起来很 ...

1电荷项我记得只有很少的力场里才包含，Dreiding和UFF这样的通用力场是不包含的，所以最好手动在属性框里修改
2键的断裂其实无所谓，GCMC算法都是只考虑原子的坐标位置，至于原子间的连接键是什么样的，不影响结果。在Music计算中，吸附剂的结构通常没有键的概念。
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xinghe99
10楼2013-06-08 10:45:39
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