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诗意栖居木虫 (小有名气)
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[求助]
可视化软件怎么选择
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| 想问下高分子模拟的大侠，想把模拟的东西可视化用什么软件？ |
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木虫之王 (文学泰斗)
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【答案】应助回帖
诗意栖居(金币+5, 博学EPI+1): 我是模拟汽液界面的，想把汽液界面的蒸发冷凝的界面变化可视化，您推荐的这个可以完成吗 2011-10-18 11:03:13
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aterials-Studio软件简介 Materials-Studio软件简介 Materials Studio Materials Studio是Accelrys专为材料科学领域开发的可运行于PC机上的新一代材料计算软件，可帮助研究人员解决当今化学及材料工业中的许多重要问题。Materials Studio软件采用Client/Server结构，客户端可以是Windows 98、2000或NT系统，计算服务器可以是本机的Windows 2000或NT，也可以是网络上的Windows 2000、Windows NT、Linux或UNIX系统。使得任何的材料研究人员可以轻易获得与世界一流研究机构相一致的材料模拟能力。 由分子模拟软件界的领先者--美国ACCELRYS公司在2000年初推出的新一代的模拟软件Materials Studio,将高质量的材料模拟带入了个人电脑（PC）的时代。 Materials Studio是ACCELRYS 公司专门为材料科学领域研究者所涉及的一款可运行在PC上的模拟软件。他可以帮助你解决当今化学、材料工业中的一系列重要问题。支持Windows98、NT、Unix以及Linux等多种操作平台的Materials Studio使化学及材料科学的研究者们能更方便的建立三维分子模型，深入的分析有机、无机晶体、无定形材料以及聚合物。 任何一个研究者，无论他是否是计算机方面的专家，都能充分享用该软件所使用的高新技术，他所生成的高质量的图片能使你的讲演和报告更引人入胜。同时他还能处理各种不同来源的图形、文本以及数据表格。 多种先进算法的综合运用使Material Studio成为一个强有力的模拟工具。无论是性质预测、聚合物建模还是X射线衍射模拟，我们都可以通过一些简单易学的操作来得到切实可靠的数据。灵活方便的Client-Server结构还是的计算机可以在网络中任何一台装有NT、Linux或Unix操作系统的计算机上进行，从而最大限度的运用了网络资源。 ACCELRYS的软件使任何的研究者都能达到和世界一流工业研究部门相一致的材料模拟的能力。模拟的内容囊括了催化剂、聚合物、固体化学、结晶学、晶粉衍射以及材料特性等材料科学研究领域的主要课题。 Materials Studio采用了大家非常熟悉Microsoft标准用户界面，它允许你通过各种控制面板直接对计算参数和计算结构进行设置和分析。 模块简介： 基本环境 MS.Materials Visualizer 分子力学与分子动力学 MS.DISCOVER MS.COMPASS MS.Amorphous Cell MS.Forcite MS.Forcite Plus MS.GULP MS.Equilibria MS.Sorption 晶体、结晶与X射线衍射 MS.Polymorph Predictor MS.Morphology MS.X-Cell MS.Reflex MS.Reflex Plus MS.Reflex QPA 量子力学 MS.Dmol3 MS.CASTEP MS.NMR CASTEP MS.VAMP 高分子与介观模拟 MS.Synthia MS.Blends MS.DPD MS.MesoDyn MS.MesoPro 定量结构-性质关系 MS.QSAR MS.QSAR Plus MS.Dmol3 Descriptor |
2楼2011-10-12 02:34:45
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【答案】应助回帖
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MAPS材料设计平台(ABINIT,NAMD,LAMMPS,MNDO,Turbomole,Towhee,FHMixing等) MAPS（Materials And Processes Simulations）是集中多款优秀的第三方材料设计软件的具有很强扩展性的材料设计平台。 MAPS可应用于从量子化学计算到中尺度计算，在不同时间和空间尺度上真正的实现了多尺度计算平台建设的目标。MAPS包括友好的图形用户界面供用户建模、方便分析结算结果数据，并整合了大学和研究所开发的被广大世界科研用户肯定的计算模拟软件。 MAPS是一种科研平台，可以计算高分子的物性，小分子和高分子凝聚状态和变化分析，研究分子反应机理，固体、表面、界面的电子结构计算。 MAPS中各种计算引擎由开发源程序和与其相对应的界面组成的Plug-in组成。可以通过在基本MAPS模块中添加不同Plug-in来实现研究不同体系和时间尺度的目的。 集成的计算引擎有：ABINIT,NAMD,LAMMPS,MNDO,Turbomole,Towhee,Amorphous,FHMixing,QmPot,SciDPD. 为什么要改变您现在的科研工作方法？ MAPS® 是第一个用于分子和过程建模的多用户/多项目平台。MAPS®允许您使用任何最适合您的R&D工作系统使用的模拟代码。您可以容易的将任何分子模拟代码集成进入MAPS®平台。MAPS® 也提供所有您需要的标准建模和可视化工具。因此，您不需要放弃您已经习惯使用的工具，您可以简单的进入一个通用工作环境并且加快您的工作效率。此外，MAPS®模拟环境还为您提供在任何时间集成您需要的任何模拟代码的可能。MAPS®中的应用程序界面（API）可以助您容易地实现创建界面和访问模型信息。 MAPS?的主要优势 MAPS® 是一个灵活的可定制的分子建模和过程模拟平台。MAPS®已经包含了最先进的模拟代码。而且， MAPS® 包含了可选择的完整的API界面套装，并提供相应的使用说明，允许最终用户将他们想使用的代码集成在一个通用的用户界面下。鉴于此种构架，MAPS®实现了在用户需要的时候，提供集成和使用最先进代码的功能。 Simulation Engine 最先进的计算引擎 MAPS®支持模拟代码中的多种开源技术。许多科研小组开发了科学最前沿的模拟计算技术，Scienomics与这些小组保持了密切的关系。通过 MAPS®，您可以方便的使用这些最新技术，并获得界面友好的工具和相关的使用帮助和技术支持。 MAPS®还提供了一些非开源的代码，这些模拟代码也是由Scienomics与世界先进的学术小组合作开发的，是在其代表的相关领域中最先进的技术。 MAPS®中的模拟代码 * ABINIT, 由ABINIT 小组开发, www.abinit.org. ABINIT 是一个量子力学代码，使用平面波/赝势技术，计算周期性体系。 * Amorphous Builder , 一个快速周期性非晶液态和聚合物系统建模工具。Amorphous builder 是与雅典的Doros Theodorou教授合作开发的。它基于蒙特卡洛方法构建聚合物的无定形体系。通过这个技术，用户可以基于实验密度值产生几乎所有的聚合物，甚至具有高密度的聚合物如密度达到1.5g/cm3的聚酰亚胺胶带或者聚磺酸盐都可通过一步构建成功。 * FHMixing, 基于Molecular Silverware程序，预测二元混合物热动力学性质的工具。混合物的性质是基于Flory Huggins 理论获得的。 FHMixing非常适用于快速筛选上百个分子的溶混性，是介观模拟参数化的有力工具，例如作为耗散粒子动力学的代码SciDPD。 * LAMMPS, 最初由美国能源CRADA (Cooperative Research and Development Agreement)联合两家美国能源部实验室和三家公司研发的。 它是一个用于计算大规模体系的经典动力学代码。LAMMPS基于丰富的的力场和边界条件，可以模拟原子、聚合物、生物、金属或者颗粒体系。 * MNDO, 由德国Max-Planck-Institut für Kohlenforschung的 Prof. Dr. Walter Thiel's 小组开发。 MNDO基于半经验方法计算分子有限系统。 * NAMD, 由美国伊利诺伊大学Prof. Klaus Schulten's生物化学理论计算小组研发。NAMD是一个基于分子动力学快速计算分子结构和分子动力学模拟的代码。 * QMPOT, QmPot 是一个 QM/MM 和QM/QM引擎。因此，该引擎实现了对由基于量子力学处理的团簇和基于原子间势函数处理的环境结合后的大型体系的描述。而且，通过QmPot，可以将两种水平的量子力学工具结合在一起。该种方法的成功主要是由于其原子间势函数考虑了原子或环境中的离子的极化率，并且其原子间势函数是利用了参数化第一原理的数据。 * SciDPD, 由Dr. Julian C. Shillcock 开发，并且License授权给瑞士Complex Fluid Simulations GmbH。它是一个耗散粒子动力学代码，用于模拟复合液体或者块状聚合物系统的相行为。 SciDPD可应用于复合液体相行为、胶束形成、块状聚合物形态预测、药物释放现象，以及其它多更多的方面。 * SciTherm, 基于高精度状态方程，如SAFT何PC-SAFT，用于预测单成分和多成分混合流体的热动力学性质和相平衡。它提供多种类型体系的参数数据库，允许通过内置的回归工具计算回归参数。 * Towhee 是一个蒙特卡洛分子模拟代码，为预测流体相平衡而设计，主要使用基于特别设计的处理采样分子构象的算法的原子力场。Towhee 随后扩展到一些系综、多种不同的力场、以及固体（或者至少多孔性的）相中。 * Turbomole, 由德国卡尔斯鲁厄大学 Prof. Reinhart Ahlrichs' 小组开发。Turbomole是一个基于量子力学分子代码,拥有丰富的DFT(包括含时的)函数，MP2，耦合团簇和HF方法。 Data Managemen 集成数据管理 MAPS® 旨在做一个用户友好的模拟代码集成平台。MAPS® 即将发布的版本将支持可选的包括数据管理在内的工具，可以允许多用户之间共享模拟结果。用户可以实现将他们的结果公布给其他MAPS® 用户。基于MAPS® 的数据库可以轻松实现数据的存储和检索。这将是一个很好的利用内部资源和促进您的组织内部的信息交换的工具。 灵活的可定制的建模环境 MAPS® 十分灵活！ 其API 是有完整的文档和可选的在不同的操作系统上可以随意转换。终端用户可以利用API为 MAPS®写自己的插件。而且，MAPS®还拥有灵活的可定制的基于Python语言的脚本编辑器。这有利于有图形界面的高级界面友好程序的开发。这些应用程序可以在您的全体R&D组织中开展，进而提高您的建模能力。 日常任务管理 通过MAPS® 您不需要重新创造整体体系！日程的作业，如文件输入/输出或者绘图都可以由MAPS® 管理。终端用户只需要将注意力集中在他们的手边的主要任务并使用MAPS® ?API处理剩下的其它事务。 支持平台 MAPS® 当前支持Linux 和 Windows® 操作系统。具体的包含： Red Hat Entreprise 4 and 5, Novell Suse Enterprise Linux Server 10, Windows® Server 2003, Vista, XP (home and professional editions). 所有的Linux平台支持32位和64位操作系统. Windows 平台仅支持32位。 这样的软件好像没有盗版。这些模块都是免费的代码，这个公司也是做了个GUI. |
3楼2011-10-12 02:35:32
