| 查看: 12626 | 回复: 38 | ||||||||||||||
chinaboy798银虫 (小有名气)
|
[交流]
学习lammps 对in文件的一个概述性心得
|
|||||||||||||
|
写在开头： 1.尽量列举了大部分（几乎）的命令 2.带星号命令非常重要，大家在看mannual中命令的解释的时候可以重点先看带星号的 3.非斜命令是运行一个 常用 模拟所必备的 4.命令顺序为一个基本的脚本文件命令顺序，骨架如此 5.我主要是做金属的，所以其他方向的希望有一个借鉴作用，大同小异 6.对于初学者切不可认为in文件就是这个固定顺序，其实正常模拟过程中做平衡、以及随后的运行在某些阶段都会重复使用某一段命令，比如fix 1 …run；fix 2 …run ………，以及作循环，等等等 7.本文的目的旨在让初学者对in文件有一个总体的把握，希望对新手入门有帮助 8.括号里为这个命令的默认值，我列举的是在使用过程中比较关心的默认值 9.纯属个人学习心得，希望大家多多指点讨论 10.复制的时候希望能留下足迹，如果觉得哪里有问题，随时回来讨论！方便其他人学习！ 11.对in文件通俗点的理解就像洗衣服，洗衣机就是lammps的主程序，这个in文件就是在设定怎么洗衣服 ----------------------------------Initialization基本模拟系统设置------------------------- units (lj) ** 单位系统 boundary (ppp) ** 边界条件 atom_style (atomic) ** 粒子类型 atom_modify * 粒子类型调整，，，凡是后面带一个modify的，都是对头命令的补充修改 newton (on) processors dimension (3) * 维数 ------------------------------Atom definition---这一组命令主要用来构建模拟模型的--------------- lattice ** 晶格参数 region ** 选择一个区域 create_box ** 创建一个盒子 create_atoms ** 创建原子 group, ** 给原子分组 delete_atoms,** 删除某些原子 delete_bonds, displace_atoms,* 移动某些原子 replicate* 将已经构建的模型在三维重复复制放大 read_data***这个命令就是用来读取其他软件建的模型的 read_restart* 以之前运行的结果作为这次计算的初始构型 ---------------------------------------Potencial---定义粒子相互作用势------------------------------ pair_style** 势函数类型 pair_coeff,** 势函数文件名（一般这个文件放在与此in文件的同一个目录下） pair_modify** 此后的13命令对做高分子及无机非的模拟的需要额外关注 pair_write bond_style bond_coeff, angle_style angle_coeff, dihedral_style dihedral_coeff, improper_style improper_coeff, kspace_style, kspace_modify dielectric, special_bonds ----------------------------------------Seting--------------------------------------------- neighbor, ** 截断半径相关的设置 neigh_modify, ** timestep,** 模拟的步长 compute, *** ！定义计算，一般我们需要的输出数据就需要这个命令来定义 uncompute * 取消某个compute设置 variable**这个命令可以多次使用，定义一个变量 reset_timestep, ** 步长计数器清零，有多个run命令的需注意这个 run_style, 配套run的，不一定需要 compute_modify *配套compute的 ---------------------------------------- Minimize------------------------------------------- 结构优化，注意和热力学平衡区分开来 minimize,** min_style, ** min_modify ** ---------------------------------------------Fix------------------------------------------- fix*** 这个命令相当重要 多的不说，看手册 unfix 取消某个fix设置 fix_modify, ------------------------------------------Output------------------------------------------ dump, ** 输出数据，输出的为单个原子的信息，可视化就用它 undump,* 取消某个dump设置 thermo, ** 输出全局数据，比如温度，压强，长度，总能量等 thermo_style,* 配套thermo的 thermo_modify,* （后面的都是输出一些数据类型，我一般没怎么用，具体需要的可以单独自己了解） dump image, dump_modify, dump movie, restart, *输出restart文件，对应前面read-restart，data文件只有原子坐标，restart含有部分计算信息 write_data, *将当前模型输出为一个data文件，对应之前的read-data， write_dump, write_restart* ------------------------------------------Run a simulation---------------------------------------- run, ***这个命令出现之后，模拟才开始进行计算，前面的都是在设置计算过程 change_box, * neb prd, rerun, temper -------------------------------------------Others-------------------------------------------- 这些命令主要可以实现循环以及逻辑判断，通过他们，可以向更复杂的模拟过程前进 clear,* log, * echo, if, * include, jump, * label, * next, * print, * shell, |
回复此楼» 收录本帖的淘帖专辑推荐
 资源收集 | MD分子动力学 | 分子模拟 | lammps学习 |
| 关于Lammps | 软件工具 | xuexijisuan | 模拟软件安装精华淘 |
| 机械专业相关材料 | Amorphous cell | 学习 |
» 本帖已获得的红花（最新10朵）
» 猜你喜欢
售SCI一区文章，我:8O5.5.1.O5.4,科目全,可伽急
已经有7人回复
-
售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O.5.4,科目全,可+急
已经有6人回复
-
售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O.54,科目齐全,可+急
已经有5人回复
-
售SCI一区文章，我:8O5.5.1.O5.4,科目全,可伽急
已经有7人回复
-
售SCI一区T0P文章，我:8.O55.1.O.54,科目全,可十急
已经有4人回复
-
售SCI一区文章，我:8.O.55.1.O.54,科目齐全,可伽急
已经有8人回复
-
售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O.54,科目齐全,可+急
已经有12人回复
-
售SCI一区文章，我:8.O.551.O.5.4,科目全,可伽急
已经有7人回复
-
什么时候能放榜呀？
已经有3人回复
-
一个有机合成实验室都需要哪些设备？
已经有8人回复
» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)
» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
chinaboy798
银虫 (小有名气)
- 应助: 1 (幼儿园)
- 金币: 299.3
- 散金: 20
- 红花: 8
- 帖子: 177
- 在线: 69.6小时
- 虫号: 2007979
- 注册: 2012-09-17
- 性别: GG
- 专业: 金属材料的力学行为
2楼2014-11-12 18:14:44
sailoryh
铜虫 (小有名气)
- 应助: 0 (幼儿园)
- 金币: 5331.2
- 帖子: 68
- 在线: 93.2小时
- 虫号: 910287
- 注册: 2009-11-23
- 性别: GG
- 专业: 水工结构和材料及施工
4楼2014-11-28 09:54:48
chinaboy798
银虫 (小有名气)
- 应助: 1 (幼儿园)
- 金币: 299.3
- 散金: 20
- 红花: 8
- 帖子: 177
- 在线: 69.6小时
- 虫号: 2007979
- 注册: 2012-09-17
- 性别: GG
- 专业: 金属材料的力学行为
9楼2014-12-03 11:59:17
3楼2014-11-19 10:33:46
送红花一朵 | 赞 |
5楼2014-12-01 13:33:45
声梦奇缘001
木虫 (正式写手)
- 应助: 56 (初中生)
- 金币: 5597.4
- 红花: 5
- 帖子: 614
- 在线: 218.7小时
- 虫号: 2406187
- 注册: 2013-04-07
- 专业: 化学工程及工业化学
6楼2014-12-01 13:56:55
oxox6085
专家顾问 (正式写手)
-
专家经验: +129 - 模拟EPI: 1
- 应助: 69 (初中生)
- 金币: 8077
- 散金: 222
- 红花: 39
- 帖子: 473
- 在线: 636.8小时
- 虫号: 612537
- 注册: 2008-09-25
- 性别: GG
- 专业: 凝聚态物性I:结构、力学和
- 管辖: 分子模拟
7楼2014-12-01 17:40:25
zy1522932796
木虫 (正式写手)
- 应助: 6 (幼儿园)
- 金币: 2545.8
- 帖子: 355
- 在线: 118.3小时
- 虫号: 3431314
- 注册: 2014-09-21
- 性别: GG
- 专业: 环境工程
8楼2014-12-01 23:44:02
l3y
至尊木虫 (著名写手)
- 应助: 8 (幼儿园)
- 金币: 12672.2
- 红花: 4
- 帖子: 2698
- 在线: 100.1小时
- 虫号: 200752
- 注册: 2006-02-27
- 专业: 神经系统和精神疾病
10楼2014-12-03 12:53:14
50