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lammps经验心得-2c0q1u4z1n204
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开头：想到哪里就说到哪里，新手借鉴，高手批评指正。 1.lammps的动力学计算的原理是牛顿运动方程，所以在初学lammps的时候，建议阅读一下《理论力学》，另外，《热力学和统计力学》，“分子动力学的原理相关书籍”也需要看一下。 2.安装lammps，最好在linux系统下使用，因为随后走大规模计算的时候一般都是linux的平台，何不以linux开始？所以要掌握一些linux系统的基本使用常识，网上相关知识也很多。 3.学会编译lammps，对于如何编译网上帖子很多，关键在于要预安装fftw和mpich2两个软件，而且要选择这两个软件合适的版本才能编译成功。另外详细的我编译成功的经验我以后再发出来分享。 4.window版本的lammps可以用，但是用来跑跑小模型，测试等。 5.数据处理软件，一般会用oringin，matlab，或者用其他计算机语言编程处理数据，可视化上一般会使用atomeye，VMD，OVITO等。具体怎么分析数据，可以查找自己问题的相关文献去测试。所以前面提到的一些也得学会使用。 6.安装好程序后，首先要看的，就是手册了，lammps的手册虽然看起来有1200多页，但是实际需要重点关心的也就400页左右，第1,2,3,6章强烈建议多看几遍，其他的部分等熟练掌握了再看不迟。命令部分我写过另外一篇帖子，http://muchong.com/bbs/viewthread.php?tid=8149677，里面带星号的命令多看几遍，都是非常常用的命令。另外compute，fix这两个命令需要额外关注，连manual自己都把这两个命令单列出来了，可想而知他俩的重要性。 7.conpute命令是用来定义计算方式的，比如怎么算温度，压力等；fix命令式用来加载其他限制条件的，比如系综，力等。而且fix命令的加载是全时间的，代表的是只要你不说停，这个命令的效果就一直存在。 8.基于牛顿运动方程，我们得到的最原始的信息都是每一个原子的位置，速度，受力（加速度）。需要我们去调控的，也是原子的位置，速度，受力。所有的命令的出发点以及核心，我们力所能及的，都是去定义这三个中某一个或多个的初值或者控制他们的变化方式。 9.lammps的学习的来源主要有，基本理论书籍，lammps的使用手册（英文版的），lammps的官网，论坛（有一个分子模拟论坛，以及这里小木虫），以及lammps官网上附加的其他相关网站，网上公开的入门级的input文件，lammps的QQ交流群，还有一个自己课题的相关的用lammps的文献。这几部分应该说在学习的时候都应该要关注到。 10.重点提一下官网，特别是初学的时候，里面有大量的介绍性的入门资料，当然，manual也在里面。 11.使用lammps的最终目的，就是学会写出一个合理的脚本in文件，所以，学习的时候就应该落到这里，看再多，还是要试试才知道。最好自己亲手写一个小的能跑的in文件，慢慢根据其他的资料摸索，尝试其中命令对结果的影响，毕竟手册的英文的，有时候理解难免有偏颇之处，去试，才是最让自己信服的结果。 12.更进一步，就是知了lammps的核心原理，懂一些c++，自己到lammps的源程序中看看它到底是怎么工作的，如果还能提出自己的一些更好的原理建议，甚至自己改编，就最好不过了。 13.上述的只是lammps部分的需要关注的问题，另外还有两个问题是初始模型的构建，以及势函数。对于复杂的问题，这两块儿需要另外一些讨论，复杂的建模一般使用MS（需要购买版权），或者自己编程。如果需要处理的问题势函数没有人提到过，或者别人的势函数不适用你的问题，势函数的拟合问题就略微有点复杂，这里也不再具体讨论。 14.因此，在计算lammps的时候，至少需要一个in文件，lammps的程序，如果势函数需要另外的指定势函数，那么还需要一个势函数文件；如果模型比较复杂，lammps自带的命令不能构建，就还需要一个你构建的模型的额外的data文件。 另外编译的一些建议，以及推荐的一些书籍在附件里，包括这里的列出的内容。 附件的lammps编译文件由西南交通大学的weiwei同学整理，在此表示感谢！ |
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本内容由用户自主发布，如果其内容涉及到知识产权问题，其责任在于用户本人，如对版权有异议，请联系邮箱：xiaomuchong@tal.com - 附件 1 : lammps心得-cquzn.pdf
- 附件 2 : Lammps安装指南-Wei.pdf
2014-12-04 13:08:15, 173.83 K
2014-12-04 13:08:35, 497.53 K
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| 写的很不错，我有很多想法跟一样，尤其是你提到win上只适合跑简单的小模型以及测试用，我感同身受。因为我发现win上安装后，少了linux上安装的几个文件夹，比如src,这个文件夹太重要了，里面很多势函数，力场。而我们的in文件里面pair_style就是调用这些势函数，力场。所以，势函数或力场以及fix等是in文件的精髓，是无形的双手控制着原子们的行为。如果软件提供的势函数或者fix等满足不了自己的需求，可以自己去改那些.cpp文件，当然非常复杂，而win上是没有的，也就是不能改动，所以win有局限性。不知道我理解的对不对。希望能得到您的回复。 |
15楼2015-07-13 23:11:52
5楼2015-04-07 19:16:16
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13楼2015-07-07 19:24:45
16楼2015-07-26 08:54:12
34楼2016-06-04 21:43:08
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50楼2016-09-02 10:17:04
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2014-12-22 11:19
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2015-04-03 15:27
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qing1084楼
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zcjyzst7楼
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cell19128楼
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zhangq909楼
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huangye200110楼
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Ergon11楼
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