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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Monte Carlo » 【讨论】MS中sorption模块的MC计算
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rdw00

木虫 (著名写手)

[交流] 【讨论】MS中sorption模块的MC计算 已有6人参与

我在利用sorption模块计算的时候，怎么总是和原文数据不一致？还有forcite优化结构的时候，力场参数都是选dreiding的时候，怎么不能得到文献说的数据结果？是什么原因呢？
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1楼 2010-06-23 21:17:23
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ghcacj

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lei0736(金币+1):谢谢 2010-06-24 15:11:50
rdw00(金币+10): 2010-06-24 16:30:59
能说说你具体的设置和体系吗？不然单单这么说很难知道原因，还有文献里的数据也是用sorption做的？
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2楼2010-06-24 13:30:46
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rdw00

木虫 (著名写手)
MOF-5。
forcite的时候得到的晶格常数比文献说的要大。文献也说是dreiding优化的。这个不符合文献。
接下来的吸附H2的时候，想重复试验数据和理论数据，结果也不符合。
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3楼2010-06-24 15:17:34
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ghcacj

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rdw00(金币+15): 2010-06-24 16:31:08
lei0736(金币+5):谢谢 2010-06-25 11:20:59
引用回帖:
Originally posted by rdw00 at 2010-06-24 15:17:34:
MOF-5。
forcite的时候得到的晶格常数比文献说的要大。文献也说是dreiding优化的。这个不符合文献。
接下来的吸附H2的时候，想重复试验数据和理论数据，结果也不符合。

晶格常数不完全一致没有关系，大致差不多就可以了，我记得MOF-5的是25.83左右，在这附近就可以了。
对于吸附，我问你几个问题：
1，文献中H2用的是什么模型，什么力场？单原子模型，Buch力场参数？还是双原子模型，Cracknell力场参数？还是三原子模型，Cracknell或者Zhong的参数？
2，模拟的温度是多少？常温还是77K，如果是77K，是否考虑FH量子效应？
3，对于吸附等温线，文献上是excess还是absolute?
4，文献上用什么工具计算？Sorption？
5，你的输入参数是压力还是逸度？
6，如果H2是三原子模型，你的MOF-5是否带电荷？
先回答我这6个问题，然后我再跟你解释为何有差别。
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4楼2010-06-24 16:01:53
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rdw00

木虫 (著名写手)
我的晶格是26.32。文献数据26.02
1。不知道，根据他拟合的力场参数建的新的力场文件。H2的模型和力场参数的影响有多大？怎么影响？谢谢解释下
2。77k，FH量子效应怎么考虑进去？！
3。excess。另一个结构两个数据都有
4。Cerius2。  GCMC。我们老板说这个和MS的sorption一致。
5。逸度，但是比较小，只有 1atm
6。H2三原子模型是什么？ MOF-5整体不带电
要不要加个QQ聊啊，帮忙解释下吧，谢谢了。我才学这个，比较迷茫。
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5楼2010-06-24 16:27:30
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rdw00

木虫 (著名写手)
引用回帖:
Originally posted by ghcacj at 2010-06-24 16:01:53:

晶格常数不完全一致没有关系，大致差不多就可以了，我记得MOF-5的是25.83左右，在这附近就可以了。
对于吸附，我问你几个问题：
1，文献中H2用的是什么模型，什么力场？单原子模型，Buch力场参数？还是双原子 ...

看下吧，回答在上面那一楼哦。谢谢

[ Last edited by rdw00 on 2010-6-24 at 16:49 ]
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6楼2010-06-24 16:29:08
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lei0736(金币+5):谢谢 2010-06-25 11:21:32
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Originally posted by rdw00 at 2010-06-24 16:27:30:
我的晶格是26.32。文献数据26.02
1。不知道，根据他拟合的力场参数建的新的力场文件。H2的模型和力场参数的影响有多大？怎么影响？谢谢解释下
2。77k，FH量子效应怎么考虑进去？！
3。excess。另一个结构两个数 ...

1、H2的模型和参数对于结果影响有多大，这个跟体系有关，有的体系是几种模型差不多，有的体系是三原子模型最好。但是计算速度最慢。
2、77K，一般情况下可以不考虑FH量子效应，不过当你计算结果不好时，就需要加了，Cerius我没有用过，不过按照Sorption来看，是没法计算FH量子效应的，这个是需要编程计算的。
3，一般和文献上结果比较的时候，都需要转换为excess，这个是普遍的。
4，这个没用过，不说。
5，不管压力多小，用逸度总是没错的。
6，H2三原子模型就是考虑H2在低温时很弱的极距，会在两个H原子之间添加一个虚原子，虚原子带正电荷，H带负电荷，这种情况下MOF-5上的原子就需要分配电荷了，如果你没有采用这种H2模型，就不用给MOF-5分配电荷。
总之，在达到同样效果的时候，模型自然是越简单越好，同时，由于吸附量比较大，计算的步数不能太少，最少得500W起步吧。
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7楼2010-06-24 16:59:03
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rdw00

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引用回帖:
Originally posted by ghcacj at 2010-06-24 16:59:03:

1、H2的模型和参数对于结果影响有多大，这个跟体系有关，有的体系是几种模型差不多，有的体系是三原子模型最好。但是计算速度最慢。
2、77K，一般情况下可以不考虑FH量子效应，不过当你计算结果不好时，就需要 ...

Buch力场参数，Cracknell力场参数是什么参数？他和MS中的dreiding力场参数有什么区别？！
forcite优化的时候，原文献也选的是dreiding力场，怎么结果差距会这么大？他的晶格26.025 我的26.317  实验数据25.832 ？
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8楼2010-06-24 17:08:47
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lei0736(金币+3):谢谢 2010-06-25 11:22:04
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Originally posted by rdw00 at 2010-06-24 17:08:47:



Buch力场参数，Cracknell力场参数是什么参数？他和MS中的dreiding力场参数有什么区别？！
forcite优化的时候，原文献也选的是dreiding力场，怎么结果差距会这么大？他的晶格26.025 我的26.317  实验数据25 ...

Buch和Cracknell的参数很多文献都在用，你多看文献就知道了，一般都是用它们计算H2的，Dreiding里的H的参数，似乎用来描述H2不合适，所以很少有人采用，Dreiding里的H的参数和Buch他们的参数有区别。Forcite优化似乎不改变晶胞的参数，我记得只改变原子的坐标。我记得MOF-5的晶体文件下载下来就是25.832。
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9楼2010-06-24 17:13:16
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Originally posted by ghcacj at 2010-06-24 17:13:16:

Buch和Cracknell的参数很多文献都在用，你多看文献就知道了，一般都是用它们计算H2的，Dreiding里的H的参数，似乎用来描述H2不合适，所以很少有人采用，Dreiding里的H的参数和Buch他们的参数有区别。Forcite优化 ...

我吸附的时候用的文献给的参数，描述了H2中的H的相关力场参数。
forcite选择优化几何结构优化的时候，有个more选项，里面有个optimize cell 这个选项，勾上就可以优化晶胞参数
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10楼2010-06-24 17:22:03
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