应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 第一性原理 » MS » 【求助】MS中dmol3模块——两种分子的共吸附优化
101/1返回列表
查看: 3289  |  回复: 9
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看

紫石婴宁

木虫 (小有名气)

[交流] 【求助】MS中dmol3模块——两种分子的共吸附优化 已有5人参与

有谁做过两种分子同时吸附在金属表面的优化？不知道两种分子放在一起同时优化和先放一种分子优化再放另一种有什么区别？
回复此楼

» 收录本帖的淘帖专辑推荐

1223

» 本帖已获得的红花（最新10朵）

wangyoucheng

» 猜你喜欢

» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
春暖花开，春意盎然，春心荡漾....
1楼 2010-12-13 10:10:27
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

wydzyx2003

金虫 (正式写手)
★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
zzy870720z(金币+1):谢谢回复 2010-12-13 14:45:57
没做过，不过你可以自己算一下，试试啊。
赞一下(2人) 回复此楼
2楼2010-12-13 12:40:38
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

紫石婴宁

木虫 (小有名气)
引用回帖:
Originally posted by wydzyx2003 at 2010-12-13 12:40:38:
没做过，不过你可以自己算一下，试试啊。

主要是现在时间不够，所以我想问一下，看有谁做过没有，可以指导一下，这样会省很多时间
赞一下 回复此楼
春暖花开，春意盎然，春心荡漾....
3楼2010-12-14 15:47:51
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

wangyoucheng

新虫 (初入文坛)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
送鲜花一朵
请问你的问题解决了没有，我也遇到同样的问题，我在用dmol3进行过渡态搜索的时候反应物是两种物质，是把这两种物质放在一个3D文件里优化还是分别优化呢，这个问题困扰了很长时间，身边没有朋友用这软件，还请赐教哈！
赞一下 回复此楼
4楼2012-04-09 14:27:04
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

紫石婴宁

木虫 (小有名气)
引用回帖:
1961298楼: Originally posted by wangyoucheng at 2012-04-09 14:27:04:
请问你的问题解决了没有，我也遇到同样的问题，我在用dmol3进行过渡态搜索的时候反应物是两种物质，是把这两种物质放在一个3D文件里优化还是分别优化呢，这个问题困扰了很长时间，身边没有朋友用这软件，还请赐教 ...

我做两种物质在金属表面的共同吸附的时候，是先优化一种吸附物，后加入另一种吸附物质的。这样做具体和一起优化有没有差别我现在还不太清楚。
至于你的问题，我觉得是应该把两种物质放在一个3D文件中进行优化，这样在构造产物的时候也是在一个3D文件中，并且只有这样才能进行过渡态搜索的计算吧。要注意的就是优化前两个反应物之间的距离，保持适当的距离才能使二者之间没有作用力或者有作用力，这要根据你是否想让两者之间产生作用来调整了
赞一下(1人) 回复此楼
春暖花开，春意盎然，春心荡漾....
5楼2012-04-09 15:24:27
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

wangyoucheng

新虫 (初入文坛)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
引用回帖:
1961310楼: Originally posted by 紫石婴宁 at 2012-04-09 15:24:27:
我做两种物质在金属表面的共同吸附的时候，是先优化一种吸附物，后加入另一种吸附物质的。这样做具体和一起优化有没有差别我现在还不太清楚。
至于你的问题，我觉得是应该把两种物质放在一个3D文件中进行优化， ...

想请问一下怎么确定两种物质之间有没有作用力呢？ 我刚调整了两种物质之间的距离进行计算得到的结果每次都不一样，这样弄的我不知道哪个结果是对了呢？
赞一下 回复此楼
6楼2012-04-10 13:12:50
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

紫石婴宁

木虫 (小有名气)
引用回帖:
1961462楼: Originally posted by wangyoucheng at 2012-04-10 13:12:50:
想请问一下怎么确定两种物质之间有没有作用力呢？ 我刚调整了两种物质之间的距离进行计算得到的结果每次都不一样，这样弄的我不知道哪个结果是对了呢？

一般来说距离远的话就可以算没作用力，距离近的话就有相互作用。一般距离大于10 Å左右吧应该就可以算是没作用力了。你计算结果要是相差不大的话那也是可以的。其实这方面我也不是很懂，就是根据自己做的经验来说的。不知道你的体系是什么样的，还有你是希望他们之间有作用力还是没有？
赞一下 回复此楼
春暖花开，春意盎然，春心荡漾....
7楼2012-04-11 09:30:33
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

hanpeng972

木虫 (著名写手)

硬汉集中营
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
您好，请问您这个问题已经解决了吗？
赞一下 回复此楼
青春无悔
8楼2014-05-07 09:19:45
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

sunshinesese

新虫 (初入文坛)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
你好，我也在做分子在金属表面的吸附，请问你这个问题解决了么？在优化的时候是用的dmol中的几何优化模块吗？
赞一下 回复此楼
9楼2014-12-25 09:10:35
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

sunshinesese

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
8楼: Originally posted by hanpeng972 at 2014-05-07 09:19:45
您好，请问您这个问题已经解决了吗？

你好，你也是遇到这样的问题了么
赞一下 回复此楼
10楼2014-12-25 09:11:03
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 紫石婴宁 的主题更新
101/1返回列表
普通表情 龙 兔 虎 猫 高级回复 (可上传附件)
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[基金申请] 今天务委会开完了，明天出结果吗 +9 angus9576 2026-08-25 9/450 2026-08-25 16:48 by 笔录
[基金申请] 2026国自然函评费到账 +20 羊腰板 2026-08-21 23/1150 2026-08-25 16:34 by zsna
[基金申请] 在坚冰还盖着北海的时候，我看到了怒放的梅花。 +6 ziyangfang 2026-08-25 8/400 2026-08-25 16:28 by 宝贝的猪
[基金申请] 今日不放榜？网传国自然预计 8 月 27 日可查结果 +17 医学老男孩 2026-08-20 22/1100 2026-08-25 15:36 by 医学老男孩
[基金申请] 某些机构，以效率低为荣，以效率低作为存在感 +8 yuleib84 2026-08-25 9/450 2026-08-25 15:23 by Weed114114
[基金申请] 什么时候开奖？ +12 CrisMessi 2026-08-18 13/650 2026-08-25 14:40 by ZJTJZ
[基金申请] 如果此刻你正在为国基感到焦虑，不妨来听听这首《基金之外》 +8 scalable 2026-08-24 8/400 2026-08-25 12:52 by jnhyjjm
[基金申请] 人气不行了 +11 fansofjerry 2026-08-21 11/550 2026-08-25 11:04 by 孤独的英雄6
[教师之家] 导师吐槽：我怎么摊上了这么个极品研究生！ +3 苏东坡二世 2026-08-23 3/150 2026-08-25 10:35 by shisan1313
[基金申请] 我面上完蛋了 +13 且听虎啸 2026-08-20 14/700 2026-08-25 09:10 by mrkang
[基金申请] 范进中举一文的中心思想 +7 炎黄贵胄 2026-08-22 8/400 2026-08-25 08:48 by ZJTJZ
[基金申请] 只有每年这种时候来逛逛小木虫 +25 yaoyewhu2008 2026-08-20 27/1350 2026-08-25 08:01 by Equinoxhua
[基金申请] filecode，4个jtjc了 +14 ziyangfang 2026-08-19 17/850 2026-08-24 18:37 by 哈哈蛤？
[基金申请] 建议基金发布提前给出明确的时间点 +13 kulium 2026-08-21 16/800 2026-08-24 16:27 by superceng
[基金申请] 让我中一个面上吧！ +13 大萍1987 2026-08-20 16/800 2026-08-24 10:23 by 太傻了
[基金申请] 时间戳今天，20号变了 +5 archvillain 2026-08-20 5/250 2026-08-22 06:12 by hui_daxiao
[基金申请] 看来今天不会放榜了？ +8 chengyan1220 2026-08-21 11/550 2026-08-21 17:52 by dcqxinyang
[基金申请] 应该是下周三26日公布了吧？ +4 哈哈蛤？ 2026-08-21 4/200 2026-08-21 10:58 by Vivilian
[基金申请] 今天放榜没戏了吧 +9 yuleib84 2026-08-19 11/550 2026-08-21 10:06 by gltch
[基金申请] 基金啊基金 +4 longfie172 2026-08-20 4/200 2026-08-21 08:58 by mark mao
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭