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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 第一性原理 » MS » 【求助】MS中dmol3模块——两种分子的共吸附优化
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紫石婴宁

木虫 (小有名气)

[交流] 【求助】MS中dmol3模块——两种分子的共吸附优化 已有5人参与

有谁做过两种分子同时吸附在金属表面的优化？不知道两种分子放在一起同时优化和先放一种分子优化再放另一种有什么区别？
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春暖花开，春意盎然，春心荡漾....
1楼 2010-12-13 10:10:27
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wydzyx2003

金虫 (正式写手)
★ ★
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zzy870720z(金币+1):谢谢回复 2010-12-13 14:45:57
没做过，不过你可以自己算一下，试试啊。
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2楼2010-12-13 12:40:38
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紫石婴宁

木虫 (小有名气)
引用回帖:
Originally posted by wydzyx2003 at 2010-12-13 12:40:38:
没做过，不过你可以自己算一下，试试啊。

主要是现在时间不够，所以我想问一下，看有谁做过没有，可以指导一下，这样会省很多时间
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春暖花开，春意盎然，春心荡漾....
3楼2010-12-14 15:47:51
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wangyoucheng

新虫 (初入文坛)
★
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请问你的问题解决了没有，我也遇到同样的问题，我在用dmol3进行过渡态搜索的时候反应物是两种物质，是把这两种物质放在一个3D文件里优化还是分别优化呢，这个问题困扰了很长时间，身边没有朋友用这软件，还请赐教哈！
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4楼2012-04-09 14:27:04
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紫石婴宁

木虫 (小有名气)
引用回帖:
1961298楼: Originally posted by wangyoucheng at 2012-04-09 14:27:04:
请问你的问题解决了没有，我也遇到同样的问题，我在用dmol3进行过渡态搜索的时候反应物是两种物质，是把这两种物质放在一个3D文件里优化还是分别优化呢，这个问题困扰了很长时间，身边没有朋友用这软件，还请赐教 ...

我做两种物质在金属表面的共同吸附的时候，是先优化一种吸附物，后加入另一种吸附物质的。这样做具体和一起优化有没有差别我现在还不太清楚。
至于你的问题，我觉得是应该把两种物质放在一个3D文件中进行优化，这样在构造产物的时候也是在一个3D文件中，并且只有这样才能进行过渡态搜索的计算吧。要注意的就是优化前两个反应物之间的距离，保持适当的距离才能使二者之间没有作用力或者有作用力，这要根据你是否想让两者之间产生作用来调整了
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春暖花开，春意盎然，春心荡漾....
5楼2012-04-09 15:24:27
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wangyoucheng

新虫 (初入文坛)
★
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引用回帖:
1961310楼: Originally posted by 紫石婴宁 at 2012-04-09 15:24:27:
我做两种物质在金属表面的共同吸附的时候，是先优化一种吸附物，后加入另一种吸附物质的。这样做具体和一起优化有没有差别我现在还不太清楚。
至于你的问题，我觉得是应该把两种物质放在一个3D文件中进行优化， ...

想请问一下怎么确定两种物质之间有没有作用力呢？ 我刚调整了两种物质之间的距离进行计算得到的结果每次都不一样，这样弄的我不知道哪个结果是对了呢？
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6楼2012-04-10 13:12:50
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紫石婴宁

木虫 (小有名气)
引用回帖:
1961462楼: Originally posted by wangyoucheng at 2012-04-10 13:12:50:
想请问一下怎么确定两种物质之间有没有作用力呢？ 我刚调整了两种物质之间的距离进行计算得到的结果每次都不一样，这样弄的我不知道哪个结果是对了呢？

一般来说距离远的话就可以算没作用力，距离近的话就有相互作用。一般距离大于10 Å左右吧应该就可以算是没作用力了。你计算结果要是相差不大的话那也是可以的。其实这方面我也不是很懂，就是根据自己做的经验来说的。不知道你的体系是什么样的，还有你是希望他们之间有作用力还是没有？
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春暖花开，春意盎然，春心荡漾....
7楼2012-04-11 09:30:33
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hanpeng972

木虫 (著名写手)

硬汉集中营
★
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您好，请问您这个问题已经解决了吗？
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青春无悔
8楼2014-05-07 09:19:45
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sunshinesese

新虫 (初入文坛)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
你好，我也在做分子在金属表面的吸附，请问你这个问题解决了么？在优化的时候是用的dmol中的几何优化模块吗？
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9楼2014-12-25 09:10:35
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sunshinesese

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
8楼: Originally posted by hanpeng972 at 2014-05-07 09:19:45
您好，请问您这个问题已经解决了吗？

你好，你也是遇到这样的问题了么
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10楼2014-12-25 09:11:03
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