应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » MS » 分子模拟中MSD的问题讨论
261/1返回列表
查看: 7103  |  回复: 25
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看

zhl1987091

木虫 (小有名气)

[交流] 分子模拟中MSD的问题讨论

首先我先交代一下背景哈：我现在用Materials Studio 做分子模拟，研究的主要是高压下的膜气体分离的问题；
然后说一下细节：在做气体在膜中的扩散模拟的时候，需要用到（均方位移曲线）MSD，大多数的文献中对于得到MSD的模拟都是用的Forcite中的NVT动力学模拟再分析得到；
问题来了：
1、但是因为我的模拟需要考虑高压的问题，NVT并没有压力的设定啊，是不是可以认为压力为0呢？
2、请问我可以用NPT来模拟这个过程吗？如果用NPT模拟的话，膜晶格的密度肯定会变化啊（现实中膜材料的密度肯定是不变的）
这个问题实在是让我纠结啊！
3、如果都不行的话，这个压力的因素怎样和扩散联系起来呢？
4、计算自由体积时，分子探针半径大小该怎么选择呢？


上次发问题好多回帖的是来蹭金币的，这次改为手动发放金币了，希望有明白的同仁，能给指点一二，只要问题能解决，金币我不在乎，可以无限追加！

[ Last edited by zhl1987091 on 2014-1-6 at 09:50 ]
回复此楼

» 收录本帖的淘帖专辑推荐

考博

» 猜你喜欢

» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
1楼 2014-01-02 09:07:47
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
回帖支持 ( 显示支持度最高的前 50 名 )

笑笑愁

金虫 (小有名气)
★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
月只蓝: 金币+1, 鼓励交流! 2014-01-02 10:43:30
zhl1987091: 金币+10, 本来是想给30个金币的，无奈最多只能给10个 2014-01-02 15:34:07
做扩散肯定是要NVT系综的，楼主的三个问题我并在一起回答。
文献里的经常有扩散系数与压力的关系曲线，实际上是先做一定压力下的GCMC，然后把得到的构型跑MD，原来的一定压力就是你扩散MSD对应的压力哦；我们组做了很多这方面的。希望对你有帮助。
赞一下(1人) 回复此楼
3楼2014-01-02 09:38:16
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

笑笑愁

金虫 (小有名气)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
引用回帖:
4楼: Originally posted by zhl1987091 at 2014-01-02 15:33:01
在前面做吸附溶解模拟的过程中有用到这个GCMC，比如说我做扩散要用到的压力是50bar的话，是不是就是要先做一下在50bar的压力下，晶格的溶解吸附能力，然后再利用得到的这个含有气体分子的模型，进而模拟扩散过程， ...

对的，就是这样滴
回帖评分哪里可以多次给金币的吧
赞一下(1人) 回复此楼
5楼2014-01-02 15:47:27
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

zhl1987091

木虫 (小有名气)
引用回帖:
3楼: Originally posted by 笑笑愁 at 2014-01-02 09:38:16
做扩散肯定是要NVT系综的，楼主的三个问题我并在一起回答。
文献里的经常有扩散系数与压力的关系曲线，实际上是先做一定压力下的GCMC，然后把得到的构型跑MD，原来的一定压力就是你扩散MSD对应的压力哦；我们组做了 ...

在前面做吸附溶解模拟的过程中有用到这个GCMC，比如说我做扩散要用到的压力是50bar的话，是不是就是要先做一下在50bar的压力下，晶格的溶解吸附能力，然后再利用得到的这个含有气体分子的模型，进而模拟扩散过程，就算是考虑到压力的影响了呢？
赞一下 回复此楼
4楼2014-01-02 15:33:01
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

zhl1987091

木虫 (小有名气)
引用回帖:
5楼: Originally posted by 笑笑愁 at 2014-01-02 15:47:27
对的，就是这样滴
回帖评分哪里可以多次给金币的吧...

我先试一下，但是呢，高压下的吸附量是比较大的啊，这样是不是会很费机时，有没有可以取代的方法？（金币好像不能超过10个啊，没关系，如果成功了，我可以买成红花送给你啊）我可能还有后续的问题，还要多多帮助啊！
赞一下 回复此楼
6楼2014-01-02 16:06:00
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

笑笑愁

金虫 (小有名气)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
引用回帖:
6楼: Originally posted by zhl1987091 at 2014-01-02 16:06:00
我先试一下，但是呢，高压下的吸附量是比较大的啊，这样是不是会很费机时，有没有可以取代的方法？（金币好像不能超过10个啊，没关系，如果成功了，我可以买成红花送给你啊）我可能还有后续的问题，还要多多帮助啊 ...

MD需要动力学积分，很耗机时。除非减小盒子大小，没有好方法
赞一下 回复此楼
7楼2014-01-02 16:08:25
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

zhl1987091

木虫 (小有名气)
引用回帖:
7楼: Originally posted by 笑笑愁 at 2014-01-02 16:08:25
MD需要动力学积分，很耗机时。除非减小盒子大小，没有好方法...

还有个问题就是对于MSD来说，一个晶格中吸附溶解的气体分子数目是否会影响到曲线值的大小？
赞一下 回复此楼
8楼2014-01-02 16:23:23
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

笑笑愁

金虫 (小有名气)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
引用回帖:
8楼: Originally posted by zhl1987091 at 2014-01-02 16:23:23
还有个问题就是对于MSD来说，一个晶格中吸附溶解的气体分子数目是否会影响到曲线值的大小？...

肯定影响啊，这个就是压力与扩散系数的关系，可以做一条曲线，文献里经常有的
赞一下 回复此楼
9楼2014-01-02 16:27:22
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

zhl1987091

木虫 (小有名气)
引用回帖:
9楼: Originally posted by 笑笑愁 at 2014-01-02 16:27:22
肯定影响啊，这个就是压力与扩散系数的关系，可以做一条曲线，文献里经常有的...

一开始你们做的那个GCMC是怎么把气体小分子放进去的呢？我试了一下，得到的晶格中只有吸附位，并没有相应的气体分子被填充进去啊？你能否说一下怎么把相应压力下的气体分子放到晶格中去的呢？
赞一下 回复此楼
10楼2014-01-02 16:32:19
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

笑笑愁

金虫 (小有名气)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
引用回帖:
10楼: Originally posted by zhl1987091 at 2014-01-02 16:32:19
一开始你们做的那个GCMC是怎么把气体小分子放进去的呢？我试了一下，得到的晶格中只有吸附位，并没有相应的气体分子被填充进去啊？你能否说一下怎么把相应压力下的气体分子放到晶格中去的呢？...

我们是用软件MUSIC做的，分子文件做好文件会自动添加，MS怎么做我不知道
赞一下 回复此楼

» 本帖已获得的红花（最新10朵）

zhl1987091
11楼2014-01-02 16:37:33
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

zhl1987091

木虫 (小有名气)
送红花一朵
引用回帖:
11楼: Originally posted by 笑笑愁 at 2014-01-02 16:37:33
我们是用软件MUSIC做的，分子文件做好文件会自动添加，MS怎么做我不知道...

好吧！还是谢谢你，我再试试别的办法。
赞一下 回复此楼
12楼2014-01-02 16:40:56
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

mzhyan

至尊木虫 (文坛精英)
blessing
回复此楼
14楼2014-01-02 17:26:33
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

mlanqiang

木虫之王 (文学泰斗)
blessing
回复此楼
15楼2014-01-02 17:37:48
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

lusostty

金虫 (小有名气)
★ ★ ★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
zhl1987091: 金币+2 2014-01-03 15:26:13
引用回帖:
10楼: Originally posted by zhl1987091 at 2014-01-02 16:32:19
一开始你们做的那个GCMC是怎么把气体小分子放进去的呢？我试了一下，得到的晶格中只有吸附位，并没有相应的气体分子被填充进去啊？你能否说一下怎么把相应压力下的气体分子放到晶格中去的呢？...

你做定压吸附 就能得到含有小分子的结构了
赞一下 回复此楼
16楼2014-01-03 10:15:58
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

zhl1987091

木虫 (小有名气)
引用回帖:
16楼: Originally posted by lusostty at 2014-01-03 10:15:58
你做定压吸附 就能得到含有小分子的结构了...

我用fox loading做的 ，然后就得到了
赞一下 回复此楼
17楼2014-01-03 15:25:58
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

zhl1987091

木虫 (小有名气)
引用回帖:
16楼: Originally posted by lusostty at 2014-01-03 10:15:58
你做定压吸附 就能得到含有小分子的结构了...

你说的应该是用fix pressure ，这个我没找到，我先做定压吸附，然后得到要吸附溶解的气体个数，然后fix loading 进去相应的个数，你说我的这个过程和你说的等价吗？
赞一下 回复此楼
18楼2014-01-03 15:31:28
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

lusostty

金虫 (小有名气)
★ ★ ★ ★ ★ ★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
zhl1987091: 金币+5 2014-01-04 10:29:17
引用回帖:
18楼: Originally posted by zhl1987091 at 2014-01-03 15:31:28
你说的应该是用fix pressure ，这个我没找到，我先做定压吸附，然后得到要吸附溶解的气体个数，然后fix loading 进去相应的个数，你说我的这个过程和你说的等价吗？...

loading主要考察吸附位点 而你主要目的是得到吸附稳定构型 没必要多此一举吧
赞一下 回复此楼
19楼2014-01-03 21:20:39
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

zhl1987091

木虫 (小有名气)
引用回帖:
19楼: Originally posted by lusostty at 2014-01-03 21:20:39
loading主要考察吸附位点 而你主要目的是得到吸附稳定构型 没必要多此一举吧...

哦，知道了，还有一个问题，就是在及算自由体积的时候，用到分子探针，这个探针的半径大小是根据什么来定的呢？一般多大？
赞一下 回复此楼
20楼2014-01-04 10:26:11
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

lusostty

金虫 (小有名气)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
引用回帖:
20楼: Originally posted by zhl1987091 at 2014-01-04 10:26:11
哦，知道了，还有一个问题，就是在及算自由体积的时候，用到分子探针，这个探针的半径大小是根据什么来定的呢？一般多大？...

每个探针分子大小都不一样 这个在文献里有的 我记得N2是1.8吧 记不清了 你自己查阅下文献吧
赞一下 回复此楼
21楼2014-01-04 11:30:01
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

zhl1987091

木虫 (小有名气)
引用回帖:
21楼: Originally posted by lusostty at 2014-01-04 11:30:01
每个探针分子大小都不一样 这个在文献里有的 我记得N2是1.8吧 记不清了 你自己查阅下文献吧...

比如说我要模拟的是N2的扩散，那么在算自由体积的时候就要用氮气做探针分子吗？如果是这样的话，算两种气体一起扩散时，用谁做探针分子呢？
赞一下 回复此楼
22楼2014-01-04 11:37:41
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

lusostty

金虫 (小有名气)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
引用回帖:
22楼: Originally posted by zhl1987091 at 2014-01-04 11:37:41
比如说我要模拟的是N2的扩散，那么在算自由体积的时候就要用氮气做探针分子吗？如果是这样的话，算两种气体一起扩散时，用谁做探针分子呢？...

这个问题还真不知道 不同的探针分子测量的体积是不一样的 你只能查查文献了
赞一下 回复此楼
24楼2014-01-05 12:30:09
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

Awcse

新虫 (小有名气)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
引用回帖:
3楼: Originally posted by 笑笑愁 at 2014-01-02 09:38:16
做扩散肯定是要NVT系综的，楼主的三个问题我并在一起回答。
文献里的经常有扩散系数与压力的关系曲线，实际上是先做一定压力下的GCMC，然后把得到的构型跑MD，原来的一定压力就是你扩散MSD对应的压力哦；我们组做了 ...

你好，想算MSD，请问我用VASP中MD跑完之后如何处理数据啊？如果方便能留下联系方式么，想向你请教一下
赞一下 回复此楼
25楼2015-11-29 16:54:29
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

elfyu

新虫 (初入文坛)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
引用回帖:
25楼: Originally posted by Awcse at 2015-11-29 16:54:29
你好，想算MSD，请问我用VASP中MD跑完之后如何处理数据啊？如果方便能留下联系方式么，想向你请教一下...

您好，我也是用VASP，不知你的问题解决了吗？能否告诉我？不胜感激
赞一下 回复此楼
26楼2019-10-26 19:59:35
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
简单回复
sjmr12212楼
2014-01-02 09:26   回复  
ohcesc13楼
2014-01-02 17:06   回复  
12
lusostty23楼
2014-01-05 12:28   回复  
引用回帖:
22楼: Originally posted by zhl1987091 at 2014-01-04 11:37:41 比如说我要模拟的是N2的扩散，那么在算自由体积的时候就要用氮气做探针分子吗？如果是这样的话，算两种气体一起扩散时，用谁做探针分子呢？...

相关版块跳转 我要订阅楼主 zhl1987091 的主题更新
261/1返回列表
普通表情 龙 兔 虎 猫 高级回复 (可上传附件)
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[基金申请] filecode，4个jtjc了 +14 ziyangfang 2026-08-19 17/850 2026-08-24 18:37 by 哈哈蛤？
[基金申请] 能否退出参与的面上项目解除限项 +20 koalala 2026-08-24 22/1100 2026-08-24 18:01 by Nano-Firefly
[基金申请] 人气不行了 +9 fansofjerry 2026-08-21 9/450 2026-08-24 17:48 by zhaozhengxin
[基金申请] 没有任何消息-是不是就凉了 +6 图啦图啦 2026-08-24 6/300 2026-08-24 17:44 by 小小红帆
[基金申请] 2026国自然函评费到账 +17 羊腰板 2026-08-21 19/950 2026-08-24 16:52 by iaeyuan
[基金申请] 建议基金发布提前给出明确的时间点 +13 kulium 2026-08-21 16/800 2026-08-24 16:27 by superceng
[基金申请] 我面上完蛋了 +8 且听虎啸 2026-08-20 9/450 2026-08-24 13:52 by zzuzxg
[基金申请] 朋友圈看到的 +7 wangzilk 2026-08-18 9/450 2026-08-24 10:50 by cmrandy
[基金申请] 让我中一个面上吧！ +13 大萍1987 2026-08-20 16/800 2026-08-24 10:23 by 太傻了
[基金申请] 科研孤儿太难了 +18 我4大白菜 2026-08-20 19/950 2026-08-24 09:47 by 凯恩广盛催化分�
[基金申请] 明天应该可查了！？ +4 chengyan1220 2026-08-23 4/200 2026-08-24 08:47 by gloomy6159
[基金申请] 什么时候开奖？ +10 CrisMessi 2026-08-18 11/550 2026-08-24 06:50 by 开心的小狮子
[基金申请] 2026年的国家社科基金项目通讯评审的新规则与新动向、新挑战 +4 process2012 2026-08-23 5/250 2026-08-23 19:58 by jurkat.1640
[基金申请] 只有每年这种时候来逛逛小木虫 +24 yaoyewhu2008 2026-08-20 26/1300 2026-08-22 17:43 by kammury
[基金申请] 时间戳今天，20号变了 +5 archvillain 2026-08-20 5/250 2026-08-22 06:12 by hui_daxiao
[基金申请] 看来今天不会放榜了？ +8 chengyan1220 2026-08-21 11/550 2026-08-21 17:52 by dcqxinyang
[基金申请] 应该是下周三26日公布了吧？ +4 哈哈蛤？ 2026-08-21 4/200 2026-08-21 10:58 by Vivilian
[论文投稿] 投稿咨询 +5 wwm09 2026-08-17 7/350 2026-08-21 10:11 by 期刊论文帮手
[基金申请] 重要消息，中午系统在维护 +11 yuleib84 2026-08-18 12/600 2026-08-20 11:09 by xskun
[基金申请] 明天放榜？ +5 Shxjjxjkx 2026-08-18 5/250 2026-08-18 18:14 by -大大大大大-
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭