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hwceng0816

木虫 (著名写手)

[求助] 用lammps做分子动力学新手求助

虫友们好,我现在开始需要用lammps这个软件做分子动力学模拟,折腾了一段时间了,还是没搞明白我现在该怎么去进行,尤其是在装软件这一点大家的说法度不一致,有的说去linux下装lammps,关键我没有linux这方面的基础,很吃力,我想在win下做计算不知道可以不可以?前期这样,后期体系大的话再去考虑linux。
那现在的问题是我该怎么去安装这个软件,在win还是在linux,(现在的硬件是几台配置比较好的台式机)
还有就是模拟这一块的模型是怎么去弄的?需要其他软件来建立模型吗。我做的是晶界的模拟,可以不可以在in文件里面直接写出模型?
还请有经验的指导一二,不胜感激!
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Tanya_snail

木虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与,应助指数 +1
月只蓝: 金币+2, 感谢指导! 2013-11-26 11:24:56
在windows下也可以运行,不过好像不能做并行计算了,在windows下用DOS就可以用了,在LAMMPS Windows serial executable ,会得到一个lmp_win_no-mpi.exe,我将它放在e:\lammps下。将一个实验用的in.colloid输入文件也放在lammps下,用以测试。
开始-运行-cmd,找到可执行文件的位置,输入“e:”回车,输入“cd lammps”,然后按照手册上的说明输入“lmp_win_no-mpi -in in.colloid”就开始算了!!!!(mpi后面有个空格!)
lammps的官网http://lammps.sandia.gov,里面可以下载到manual,初期还是多看看manual吧
2楼2013-08-20 14:16:20
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hwceng0816

木虫 (著名写手)

引用回帖:
2楼: Originally posted by Tanya_snail at 2013-08-20 14:16:20
在windows下也可以运行,不过好像不能做并行计算了,在windows下用DOS就可以用了,在LAMMPS Windows serial executable ,会得到一个lmp_win_no-mpi.exe,我将它放在e:\lammps下。将一个实验用的in.colloid输入文件也 ...

谢谢您的回复,具体的win下安装怎么弄,教程度说不清楚,我想加个您的联系方式,想咨询一下您,QQ或者email
3楼2013-08-20 15:31:26
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Tanya_snail

木虫 (小有名气)

【答案】应助回帖


月只蓝: 金币+1, 应助指数+1, 鼓励交流! 2013-11-26 11:25:04
引用回帖:
3楼: Originally posted by hwceng0816 at 2013-08-20 15:31:26
谢谢您的回复,具体的win下安装怎么弄,教程度说不清楚,我想加个您的联系方式,想咨询一下您,QQ或者email...

具体的就是那样啊,win下不用那么麻烦,你现在应该是下载了那个后缀名exe的可执行文件吧?然后就照我说的运行就可以了,没那么麻烦的,至于DOS怎么进去,你就去附件里有个“运行”,点开以后输入cmd就可以了
4楼2013-08-20 16:44:02
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Bessel

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖


感谢参与,应助指数 +1
月只蓝: 金币+1, 鼓励交流! 2013-11-26 11:25:08
你要真的打算干模拟这行,就别怕困难,直接用Linux,先用Ubuntu或者opensuse,这俩上手容易, 而且直接有Lammps 编译好的程序包。磨刀不误砍柴工,以后的活会越干越顺手。
5楼2013-08-22 16:04:33
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hwceng0816

木虫 (著名写手)

引用回帖:
5楼: Originally posted by Bessel at 2013-08-22 16:04:33
你要真的打算干模拟这行,就别怕困难,直接用Linux,先用Ubuntu或者opensuse,这俩上手容易, 而且直接有Lammps 编译好的程序包。磨刀不误砍柴工,以后的活会越干越顺手。

你就是把Ubuntu装上,然后装linux版本的lammps,不知道安装过程难不难,另外你有啥好的建议,先做啥在做啥?
6楼2013-08-22 18:54:57
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奈落之夜

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖


月只蓝: 金币+1, 鼓励交流! 2013-11-26 11:25:13
需要ms建模型,安装看官网百度都有很清楚的说明,别嫌麻烦,没有省事能做的,省事的东西也出不了好东西
7楼2013-11-26 10:17:21
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