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lammps求助：计算含有不同原子体系的热导率的in文件该怎么修改
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我是lammps新手，在学校做一个关于纳米管填充的计算，我只有计算同一原子体系热导率的in文件，代码如下： units metal atom_style atomic #neighbor 3.0 nsq boundary s s p read_data data.55 pair_style tersoff pair_coeff * * SiC.tersoff C dump ribbon all custom 10000 all.xyz type x y z velocity all create 300 17287 loop geom minimize 0.0 0.0 5000 50000 compute r1 all temp compute r2 all pe compute r3 all ke variable r4 equal c_r2+c_r3 fix a1 all ave/time 2 100 1000 c_r1 c_r2 c_r3 v_r4 file relax.dat thermo 1000 thermo_style custom step temp ke pe etotal fix s1 all nvt temp 300.0 300.0 10 drag 0.2 timestep 0.0002 run 340000 unfix s1 fix s2 all nve timestep 0.0002 run 60000 write_restart fnve.%.* unfix a1 unfix s2 fix s3 all nve fix s4 all thermal/conductivity 80 z 50 swap 1 compute ke all ke/atom variable temp atom c_ke/0.0001292355 fix a2 all ave/spatial 5 200 1000 z 0.0 0.02 v_temp file tmp.profile units reduced fix a3 all ave/atom 5 200 1000 x y z dump a3 all custom 1000 dump.position id type x y z fix a4 all ave/atom 5 200 1000 vx vy vz dump a4 all custom 1000 dump.velocity id type vx vy vz thermo_style custom step temp press vol ke f_s4 thermo 10000 timestep 0.0002 run 200000 unfix s4 unfix s3 不过这个只适合单原子体系，如果要计算多原子体系热导率，要用到fix heat指令，请问各位大神该怎么修改？求指点 先谢谢了！ |
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sdzjc1988
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2楼2012-04-01 14:25:11
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这个in文件的计算方法是通过对热端最低温原子和冷端最高温原子进行互换地方法产生热流。具体方法为：在热流方向将模拟结构分为N层，选取第1层作为冷端，第N/2+1层作为热端，只在径向方向上采用周期性边界条件，然后从冷端选n个最高温原子（n一般取1、2），从热端选n个最低温原子，交换原子的速度（如图一），这样会使热端更热、冷端更冷，但是由于结构自身的导热能量从热端流向冷端，当两者达到平衡时管子将会呈现一定的温度梯度▽T，而且此时热端和冷端每次交换的能量恰好等于两次交换之间的热流J。然后利用公式k=-J/▽T便可求得热导率。这种方法只适合计算单原子体系这种方法只适用于单个碳纳米管或者单一原子体系，由于Muller-Plathe方法仅仅是交换原子的速度，如果交换原子的原子质量不同，那么会导致交换的时候能量不守恒，从而使得系统能量越来越低。另一种方法是，先将模拟结构分成n层，然后在其中一层加能量（该层做热端），另一层抽相同的能量（该层做冷端），这种方法会用到fix heat指令吧，不知道该怎么修改 |
3楼2012-04-09 15:46:31
4楼2012-04-19 11:27:29
5楼2012-04-19 11:28:55
sdzjc1988
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6楼2012-04-25 12:21:18
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7楼2012-05-17 16:54:03
8楼2013-05-07 09:20:18