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xscxscxsc

木虫 (小有名气)

[交流] 【求助】将MS数据文件转化成lammps data 已有21人参与

大家好!我是个lammps新手,最近想用materials studio建模转化成lammps data文件,我是用lammps里的msi2lmp工具转化的,在MS中我指定的cvff力场,但是我最后想计算的不是这个力场,所以用lammps计算失败,那我我应该怎样在文件中修改呢,希望大家能给个相信的步骤,谢谢了!
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lili19820118

金虫 (小有名气)


小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖交流
楼主能不能说一下具体转化的步骤啊,为什么我按照说明测试
  % setenv BIOSYM_LIBRARY ../biosym_frc_files
   % ../src/msi2lmp.exe nylon -class I -frc cvff > data.nylon
   % ../src/msi2lmp.exe crambin -class I -frc cvff > data.crambin
   % ../src/msi2lmp.exe phen3_cff97 -class II -frc cff91 > data.phen3_cff97
时,第一步就出问题了,
% setenv BIOSYM_LIBRARY ../biosym_frc_files 时出现,
-bash: setenv: command not found
在进行下一步就说
Cannot open cvff.frc
先谢谢了
5楼2011-02-14 17:29:37
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coy123

金虫 (正式写手)


小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖交流
引用回帖:
Originally posted by xscxscxsc at 2010-05-06 10:32:28:
大家好!我是个lammps新手,最近想用materials studio建模转化成lammps data文件,我是用lammps里的msi2lmp工具转化的,在MS中我指定的cvff力场,但是我最后想计算的不是这个力场,所以用lammps计算失败,那我我应 ...

建议楼主分享下你是怎么搞定的这个过程,及相应的一些文件
6楼2011-02-20 07:41:57
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普通回帖

hongyesies

金虫 (正式写手)

红叶

★ ★ ★
ghcacj(金币+2):谢谢 2010-06-02 09:59:26
ghcacj(金币+1):谢谢 2010-06-02 10:01:09
仔细看manual,按照固定格式修改,不要过分依赖现成程序啊。
2楼2010-06-02 09:44:50
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xscxscxsc

木虫 (小有名气)

引用回帖:
Originally posted by hongyesies at 2010-06-02 09:44:50:
仔细看manual,按照固定格式修改,不要过分依赖现成程序啊。

恩,这个问题我已经解决了,但同样谢谢你的回复啊!
3楼2010-06-02 12:06:22
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amynihao

金虫 (正式写手)

寂寞大虫


小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖交流
引用回帖:
Originally posted by xscxscxsc at 2010-06-02 12:06:22:

恩,这个问题我已经解决了,但同样谢谢你的回复啊!

您好,您这个问题我也想知道,能不能告诉我呢,非常感谢。
不是要做一个单纯优秀的人,而是要做一个不可替代的人。
4楼2011-01-22 15:49:19
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lijun_255001

金虫 (小有名气)

★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖
jiaoyixiong(金币+2): 鼓励交流 2011-12-13 16:09:16
引用回帖:
5楼: Originally posted by lili19820118 at 2011-02-14 17:29:37:
楼主能不能说一下具体转化的步骤啊,为什么我按照说明测试
  % setenv BIOSYM_LIBRARY ../biosym_frc_files
   % ../src/msi2lmp.exe nylon -class I -frc cvff > data.nylon
   % ../src/msi2lmp.exe cram ...

需要把cvff.frc复制到msi.exe目录下
7楼2011-12-13 14:30:11
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wangzg9292

木虫 (正式写手)


小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
引用回帖:
1261565楼: Originally posted by lijun_255001 at 2011-12-13 14:30:11
需要把cvff.frc复制到msi.exe目录下...

我把他们都放在同一个目录下了还是不行呢?
8楼2013-03-27 20:50:08
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wangzg9292

木虫 (正式写手)

引用回帖:
1237089楼: Originally posted by lili19820118 at 2011-02-14 17:29:37
楼主能不能说一下具体转化的步骤啊,为什么我按照说明测试
  % setenv BIOSYM_LIBRARY ../biosym_frc_files
   % ../src/msi2lmp.exe nylon -class I -frc cvff > data.nylon
   % ../src/msi2lmp.exe crambi ...

这个问题解决了吗?我也遇到了,你能分享一下吗?多谢
9楼2013-03-27 20:50:45
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yangwenbin99

铜虫 (小有名气)


小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
解决了问题就把过程分享一下吧,这样会让很多人受益
10楼2013-04-10 10:47:35
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