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北京石油化工学院2026年研究生招生接收调剂公告
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hyudlut

铁杆木虫 (正式写手)

[交流] lammps文件可视化问题 已有5人参与

各位大侠求指导,lammps文件如何可视化呢?
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jiaoyixiong

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zh1987hs: 金币+2, 谢谢 2012-12-12 11:45:06
VMD  啊
哈哈哈,你搜索一下论坛里,介绍的可详细了
2楼2012-12-10 22:56:38
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jiaoyixiong

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zh1987hs: 金币+2, 谢谢 2012-12-12 11:45:22
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5楼: Originally posted by hyudlut at 2012-12-11 10:58:30
可是我读取xyz文件,dump文件时我原来的连接信息都乱了,很多不应该连键的地方都连上了,为什么呢?...

这是因为你还没有弄懂VMD 怎么显示的,你可能还不明白分子拓扑有关的内容吧?

vmd读入的xyz文件,里面仅仅只有原子的坐标信息,没有拓扑信息,而你xyz文件中的原子间的距离如果小于其默认的原子成键的距离,就会显示其连接上了。
6楼2012-12-11 11:35:47
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hyudlut

铁杆木虫 (正式写手)

引用回帖:
2楼: Originally posted by jiaoyixiong at 2012-12-10 22:56:38
VMD  啊
哈哈哈,你搜索一下论坛里,介绍的可详细了

高手,最近正在研究vmd软件,可是一直没有弄明白,lammps输出xyz坐标直接读取就行吗?
3楼2012-12-11 10:01:05
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jiaoyixiong

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3楼: Originally posted by hyudlut at 2012-12-11 10:01:05
高手,最近正在研究vmd软件,可是一直没有弄明白,lammps输出xyz坐标直接读取就行吗?...

当然可以,xyz可以直接读,dump出来的轨迹文件都可以
4楼2012-12-11 10:47:09
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hyudlut

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引用回帖:
4楼: Originally posted by jiaoyixiong at 2012-12-11 10:47:09
当然可以,xyz可以直接读,dump出来的轨迹文件都可以...

可是我读取xyz文件,dump文件时我原来的连接信息都乱了,很多不应该连键的地方都连上了,为什么呢?
5楼2012-12-11 10:58:30
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hyudlut

铁杆木虫 (正式写手)

引用回帖:
6楼: Originally posted by jiaoyixiong at 2012-12-11 11:35:47
这是因为你还没有弄懂VMD 怎么显示的,你可能还不明白分子拓扑有关的内容吧?

vmd读入的xyz文件,里面仅仅只有原子的坐标信息,没有拓扑信息,而你xyz文件中的原子间的距离如果小于其默认的原子成键的距离,就会 ...

恩,我是一个动力学初学者,对动力学了解很少。如果我想让结果按照我计算前建模的方式连接键,我应该怎么做呢?
7楼2012-12-11 12:36:59
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jiaoyixiong

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zh1987hs: 金币+2, 谢谢 2012-12-12 11:45:33
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7楼: Originally posted by hyudlut at 2012-12-11 12:36:59
恩,我是一个动力学初学者,对动力学了解很少。如果我想让结果按照我计算前建模的方式连接键,我应该怎么做呢?...

我现在不用lammps了,不知道lammps有没有输出拓扑信息。
抱歉
8楼2012-12-11 14:44:23
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匿名

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KOP


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9楼2013-01-26 12:11:13
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jiaoyixiong

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9楼: Originally posted by zhihaikou at 2013-01-26 12:11:13
版主的意思是,显示原子及成键信息直接输出xyz文件就行了???

非常感谢...

xyz文件里只有坐标信息,没有成键信息。
10楼2013-01-26 14:18:28
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