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1楼2012-12-10 20:45:22

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jiaoyixiong

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zh1987hs: 金币+2, 谢谢 2012-12-12 11:45:06

VMD 啊
哈哈哈，你搜索一下论坛里，介绍的可详细了

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2楼2012-12-10 22:56:38

jiaoyixiong

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引用回帖:

5楼: Originally posted by hyudlut at 2012-12-11 10:58:30
可是我读取xyz文件，dump文件时我原来的连接信息都乱了，很多不应该连键的地方都连上了，为什么呢？...

这是因为你还没有弄懂VMD 怎么显示的，你可能还不明白分子拓扑有关的内容吧？

vmd读入的xyz文件，里面仅仅只有原子的坐标信息，没有拓扑信息，而你xyz文件中的原子间的距离如果小于其默认的原子成键的距离，就会显示其连接上了。

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6楼2012-12-11 11:35:47

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hyudlut

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2楼: Originally posted by jiaoyixiong at 2012-12-10 22:56:38
VMD 啊
哈哈哈，你搜索一下论坛里，介绍的可详细了

高手，最近正在研究vmd软件，可是一直没有弄明白，lammps输出xyz坐标直接读取就行吗？

3楼2012-12-11 10:01:05

jiaoyixiong

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zh1987hs: 金币+2, 谢谢 2012-12-12 11:45:13

引用回帖:

3楼: Originally posted by hyudlut at 2012-12-11 10:01:05
高手，最近正在研究vmd软件，可是一直没有弄明白，lammps输出xyz坐标直接读取就行吗？...

当然可以，xyz可以直接读，dump出来的轨迹文件都可以

4楼2012-12-11 10:47:09

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4楼: Originally posted by jiaoyixiong at 2012-12-11 10:47:09
当然可以，xyz可以直接读，dump出来的轨迹文件都可以...

可是我读取xyz文件，dump文件时我原来的连接信息都乱了，很多不应该连键的地方都连上了，为什么呢？

5楼2012-12-11 10:58:30

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6楼: Originally posted by jiaoyixiong at 2012-12-11 11:35:47
这是因为你还没有弄懂VMD 怎么显示的，你可能还不明白分子拓扑有关的内容吧？

vmd读入的xyz文件，里面仅仅只有原子的坐标信息，没有拓扑信息，而你xyz文件中的原子间的距离如果小于其默认的原子成键的距离，就会 ...

恩，我是一个动力学初学者，对动力学了解很少。如果我想让结果按照我计算前建模的方式连接键，我应该怎么做呢？

7楼2012-12-11 12:36:59