24小时热门版块排行榜    

查看: 3220  |  回复: 14

hyudlut

铁杆木虫 (正式写手)

[交流] lammps文件可视化问题 已有5人参与

各位大侠求指导,lammps文件如何可视化呢?
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关价值贴推荐,对您同样有帮助:

已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
回帖支持 ( 显示支持度最高的前 50 名 )

jiaoyixiong

荣誉版主 (职业作家)

★ ★ ★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
zh1987hs: 金币+2, 谢谢 2012-12-12 11:45:06
VMD  啊
哈哈哈,你搜索一下论坛里,介绍的可详细了
2楼2012-12-10 22:56:38
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

jiaoyixiong

荣誉版主 (职业作家)

★ ★ ★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
zh1987hs: 金币+2, 谢谢 2012-12-12 11:45:22
引用回帖:
5楼: Originally posted by hyudlut at 2012-12-11 10:58:30
可是我读取xyz文件,dump文件时我原来的连接信息都乱了,很多不应该连键的地方都连上了,为什么呢?...

这是因为你还没有弄懂VMD 怎么显示的,你可能还不明白分子拓扑有关的内容吧?

vmd读入的xyz文件,里面仅仅只有原子的坐标信息,没有拓扑信息,而你xyz文件中的原子间的距离如果小于其默认的原子成键的距离,就会显示其连接上了。
6楼2012-12-11 11:35:47
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
普通回帖

hyudlut

铁杆木虫 (正式写手)

引用回帖:
2楼: Originally posted by jiaoyixiong at 2012-12-10 22:56:38
VMD  啊
哈哈哈,你搜索一下论坛里,介绍的可详细了

高手,最近正在研究vmd软件,可是一直没有弄明白,lammps输出xyz坐标直接读取就行吗?
3楼2012-12-11 10:01:05
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

jiaoyixiong

荣誉版主 (职业作家)

★ ★ ★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
zh1987hs: 金币+2, 谢谢 2012-12-12 11:45:13
引用回帖:
3楼: Originally posted by hyudlut at 2012-12-11 10:01:05
高手,最近正在研究vmd软件,可是一直没有弄明白,lammps输出xyz坐标直接读取就行吗?...

当然可以,xyz可以直接读,dump出来的轨迹文件都可以
4楼2012-12-11 10:47:09
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

hyudlut

铁杆木虫 (正式写手)

引用回帖:
4楼: Originally posted by jiaoyixiong at 2012-12-11 10:47:09
当然可以,xyz可以直接读,dump出来的轨迹文件都可以...

可是我读取xyz文件,dump文件时我原来的连接信息都乱了,很多不应该连键的地方都连上了,为什么呢?
5楼2012-12-11 10:58:30
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

hyudlut

铁杆木虫 (正式写手)

引用回帖:
6楼: Originally posted by jiaoyixiong at 2012-12-11 11:35:47
这是因为你还没有弄懂VMD 怎么显示的,你可能还不明白分子拓扑有关的内容吧?

vmd读入的xyz文件,里面仅仅只有原子的坐标信息,没有拓扑信息,而你xyz文件中的原子间的距离如果小于其默认的原子成键的距离,就会 ...

恩,我是一个动力学初学者,对动力学了解很少。如果我想让结果按照我计算前建模的方式连接键,我应该怎么做呢?
7楼2012-12-11 12:36:59
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

jiaoyixiong

荣誉版主 (职业作家)

★ ★ ★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
zh1987hs: 金币+2, 谢谢 2012-12-12 11:45:33
引用回帖:
7楼: Originally posted by hyudlut at 2012-12-11 12:36:59
恩,我是一个动力学初学者,对动力学了解很少。如果我想让结果按照我计算前建模的方式连接键,我应该怎么做呢?...

我现在不用lammps了,不知道lammps有没有输出拓扑信息。
抱歉
8楼2012-12-11 14:44:23
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

匿名

用户注销 (文坛精英)

KOP


小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
本帖仅楼主可见
9楼2013-01-26 12:11:13
已阅   申请模拟EPI   回复此楼   编辑   查看我的主页

jiaoyixiong

荣誉版主 (职业作家)


小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
引用回帖:
9楼: Originally posted by zhihaikou at 2013-01-26 12:11:13
版主的意思是,显示原子及成键信息直接输出xyz文件就行了???

非常感谢...

xyz文件里只有坐标信息,没有成键信息。
10楼2013-01-26 14:18:28
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 hyudlut 的主题更新
普通表情 高级回复 (可上传附件)
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 环境工程调剂 +3 大可digkids 2026-03-16 3/150 2026-03-16 09:09 by DDDddddmm
[考研] 326求调剂 +4 上岸的小葡 2026-03-15 5/250 2026-03-16 08:39 by Linda Hu
[考研] 327求调剂 +6 拾光任染 2026-03-15 11/550 2026-03-15 22:47 by 拾光任染
[考研] 中科院材料273求调剂 +3 yzydy 2026-03-15 3/150 2026-03-15 21:15 by ms629
[考研] 0856专硕279求调剂 +5 加油加油!? 2026-03-15 5/250 2026-03-15 11:58 by 2020015
[考研] 中科大材料与化工319求调剂 +3 孟鑫材料 2026-03-14 3/150 2026-03-14 20:10 by ms629
[考研] 308 085701 四六级已过求调剂 +7 温乔乔乔乔 2026-03-12 14/700 2026-03-14 10:49 by JourneyLucky
[考研] 265求调剂 +9 小木虫085600 2026-03-09 12/600 2026-03-14 01:11 by JourneyLucky
[考研] 材料工程专硕,一志愿中国矿业大学,总分314,求调剂 +5 无懈可击的巨人 2026-03-10 5/250 2026-03-14 00:37 by JourneyLucky
[考研] 327求调剂 +4 Ffff03 2026-03-10 4/200 2026-03-14 00:17 by JourneyLucky
[考研] 311求调剂 +5 牛乳糖的卡卡 2026-03-10 5/250 2026-03-14 00:05 by JourneyLucky
[考研] 材料专硕288分求调剂 一志愿211 +4 在家想你 2026-03-11 4/200 2026-03-13 22:49 by JourneyLucky
[考研] 336求调剂 +6 Iuruoh 2026-03-11 6/300 2026-03-13 22:06 by JourneyLucky
[考研] 求材料调剂 +5 隔壁陈先生 2026-03-12 5/250 2026-03-13 22:03 by 星空星月
[考研] 工科,求调剂 +3 我887 2026-03-11 3/150 2026-03-13 21:39 by JourneyLucky
[考研] 302求调剂 +6 负心者当诛 2026-03-11 6/300 2026-03-13 16:11 by JourneyLucky
[考研] 一志愿211化学学硕310分求调剂 +8 努力奋斗112 2026-03-12 9/450 2026-03-13 15:41 by JourneyLucky
[考研] 314求调剂 +7 无懈可击的巨人 2026-03-12 7/350 2026-03-13 15:40 by JourneyLucky
[考研] 材料301分求调剂 +5 Liyouyumairs 2026-03-12 5/250 2026-03-13 14:42 by JourneyLucky
[考博] 读博申请 +5 感dd 2026-03-10 7/350 2026-03-11 17:02 by QGZDSYS
信息提示
请填处理意见