24小时热门版块排行榜    

查看: 3429  |  回复: 5

smm0528

新虫 (初入文坛)

[求助] 关于VMD可视化的问题

将LAMMPS自带的例子in.colloid文件中的dump 命令后面的输出文件的后缀名改为lammpstrj后,运行,再用VMD进行可视化,但是可视化的效果很差,原子非常小,请问怎么调大啊?谢谢
具体可视化效果见附件图
回复此楼

» 收录本帖的淘帖专辑推荐

第一性原理 我学习计算的一些帖子

» 猜你喜欢

» 本主题相关价值贴推荐,对您同样有帮助:

已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

sdzjc1988

木虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
jiaoyixiong: 金币+2, 鼓励交流 2012-05-05 09:03:08
smm0528: 金币+1, 有帮助 2012-05-10 15:00:04
在representation选项里面把原子显示方式改为VDW,然后调节分辨率和半径。
2楼2012-05-04 23:18:42
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

jiaoyixiong

荣誉版主 (职业作家)

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与,应助指数 +1
zh1987hs: 金币+2, 谢谢 2012-05-05 12:34:12
1、滚动鼠标可以把图放大
2、楼上所说可以调节原子分辨率
3、好好学习一下VMD手册吧,初学者,多看手册很重要
3楼2012-05-05 09:05:49
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

jluchemlib

铁杆木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖


感谢参与,应助指数 +1
zh1987hs: 金币+1, 谢谢 2012-05-05 15:15:07
1楼正解,还可以用CPK,是可以显示键联关系的
4楼2012-05-05 14:43:20
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

东城拓跋

新虫 (初入文坛)

问一下,你的后缀命怎么改的?是该运行完的log.lammps文件的后缀还是在里面改?新手求教,改哪条?
5楼2013-10-31 10:48:23
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

天道and酬勤

铁杆木虫 (著名写手)

引用回帖:
5楼: Originally posted by 东城拓跋 at 2013-10-31 10:48:23
问一下,你的后缀命怎么改的?是该运行完的log.lammps文件的后缀还是在里面改?新手求教,改哪条?

是在in文件中修改!
游走在学术海洋的小鱼
6楼2013-10-31 22:43:18
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 smm0528 的主题更新
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[教师之家] 跳槽后在研项目怎么办? +4 简单化xn 2026-08-22 8/400 2026-08-23 07:20 by ilovexiaobin
[博后之家] 售SCI一区T0P文章,我:8.O.55.1.O54,科目全,可伽急 +3 DpSrDtM079iu 2026-08-22 5/250 2026-08-23 04:07 by OEbVnUOu01ol
[硕博家园] 售SCI一区T0P文章,我:8.O.55.1.O54,科目全,可伽急 +3 2JOx3r2CYEgw 2026-08-22 4/200 2026-08-23 03:55 by OEbVnUOu01ol
[论文投稿] 售一区SCI文章T0P,我:8O.551.O54,科目全,可十急 +3 2JOx3r2CYEgw 2026-08-22 5/250 2026-08-23 03:52 by OEbVnUOu01ol
[论文投稿] 售SCI一区T0P文章,我:8O.55.1.O.5.4,科目齐全,可+急 +3 2JOx3r2CYEgw 2026-08-22 6/300 2026-08-23 03:40 by OEbVnUOu01ol
[论文投稿] 售SCI一区T0P文章,我:8.O.55.1.O.5.4,科目全,可+急 +3 QTy3jDtz1uLt 2026-08-21 9/450 2026-08-23 03:04 by OEbVnUOu01ol
[硕博家园] 售SCI一区T0P文章,我:8O.55.1.O.54,科目全,可伽急 +4 QTy3jDtz1uLt 2026-08-21 11/550 2026-08-23 02:55 by OEbVnUOu01ol
[考博] 售SCI文章,我:8O.5.5.1O.54,科目全,可十急 +3 DpSrDtM079iu 2026-08-22 3/150 2026-08-23 00:55 by OEbVnUOu01ol
[基金申请] 什么时候开奖? +7 CrisMessi 2026-08-18 8/400 2026-08-22 18:29 by 淀粉搬运工
[基金申请] 只有每年这种时候来逛逛小木虫 +24 yaoyewhu2008 2026-08-20 26/1300 2026-08-22 17:43 by kammury
[基金申请] filecode,4个jtjc了 +13 ziyangfang 2026-08-19 16/800 2026-08-22 17:08 by WH3796
[教师之家] 售一区SCI文章T0P,我:8O.551.O54,科目全,可十急 +4 2JOx3r2CYEgw 2026-08-21 4/200 2026-08-22 16:52 by sunzitan
[基金申请] 时间戳今天,20号变了 +5 archvillain 2026-08-20 5/250 2026-08-22 06:12 by hui_daxiao
[基金申请] 建议基金发布提前给出明确的时间点 +10 kulium 2026-08-21 13/650 2026-08-21 21:58 by alongwaytogo
[基金申请] 科研孤儿太难了 +17 我4大白菜 2026-08-20 18/900 2026-08-21 20:57 by zhangev
[基金申请] 时间戳又变了 +13 wuchongjun 2026-08-20 19/950 2026-08-21 17:21 by 紫杉醇
[基金申请] 我面上完蛋了 +7 且听虎啸 2026-08-20 8/400 2026-08-21 12:31 by 酷酷墨镜
[基金申请] 应该是下周三26日公布了吧? +4 哈哈蛤? 2026-08-21 4/200 2026-08-21 10:58 by Vivilian
[基金申请] 基金啊基金 +4 longfie172 2026-08-20 4/200 2026-08-21 08:58 by mark mao
[基金申请] 时间戳变了,能看出什么问题? +18 基诺咪客 2026-08-17 23/1150 2026-08-20 17:19 by Godzela
信息提示
请填处理意见