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smm0528

新虫 (初入文坛)

[求助] 关于VMD可视化的问题

将LAMMPS自带的例子in.colloid文件中的dump 命令后面的输出文件的后缀名改为lammpstrj后,运行,再用VMD进行可视化,但是可视化的效果很差,原子非常小,请问怎么调大啊?谢谢
具体可视化效果见附件图
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sdzjc1988

木虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
jiaoyixiong: 金币+2, 鼓励交流 2012-05-05 09:03:08
smm0528: 金币+1, 有帮助 2012-05-10 15:00:04
在representation选项里面把原子显示方式改为VDW,然后调节分辨率和半径。
2楼2012-05-04 23:18:42
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jiaoyixiong

荣誉版主 (职业作家)

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与,应助指数 +1
zh1987hs: 金币+2, 谢谢 2012-05-05 12:34:12
1、滚动鼠标可以把图放大
2、楼上所说可以调节原子分辨率
3、好好学习一下VMD手册吧,初学者,多看手册很重要
3楼2012-05-05 09:05:49
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jluchemlib

铁杆木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖


感谢参与,应助指数 +1
zh1987hs: 金币+1, 谢谢 2012-05-05 15:15:07
1楼正解,还可以用CPK,是可以显示键联关系的
4楼2012-05-05 14:43:20
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东城拓跋

新虫 (初入文坛)

问一下,你的后缀命怎么改的?是该运行完的log.lammps文件的后缀还是在里面改?新手求教,改哪条?
5楼2013-10-31 10:48:23
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天道and酬勤

铁杆木虫 (著名写手)

引用回帖:
5楼: Originally posted by 东城拓跋 at 2013-10-31 10:48:23
问一下,你的后缀命怎么改的?是该运行完的log.lammps文件的后缀还是在里面改?新手求教,改哪条?

是在in文件中修改!
游走在学术海洋的小鱼
6楼2013-10-31 22:43:18
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