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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » LAMMPS/DL_POLY » 关于VMD可视化的问题
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smm0528

新虫 (初入文坛)

[求助] 关于VMD可视化的问题

将LAMMPS自带的例子in.colloid文件中的dump 命令后面的输出文件的后缀名改为lammpstrj后，运行，再用VMD进行可视化，但是可视化的效果很差，原子非常小，请问怎么调大啊？谢谢
具体可视化效果见附件图
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1楼 2012-05-04 16:04:39
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sdzjc1988

木虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
jiaoyixiong: 金币+2, 鼓励交流 2012-05-05 09:03:08
smm0528: 金币+1, ★有帮助 2012-05-10 15:00:04
在representation选项里面把原子显示方式改为VDW，然后调节分辨率和半径。
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2楼2012-05-04 23:18:42
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jiaoyixiong

荣誉版主 (职业作家)

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与，应助指数 +1
zh1987hs: 金币+2, 谢谢 2012-05-05 12:34:12
1、滚动鼠标可以把图放大
2、楼上所说可以调节原子分辨率
3、好好学习一下VMD手册吧，初学者，多看手册很重要
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3楼2012-05-05 09:05:49
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jluchemlib

铁杆木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★
感谢参与，应助指数 +1
zh1987hs: 金币+1, 谢谢 2012-05-05 15:15:07
1楼正解，还可以用CPK，是可以显示键联关系的
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4楼2012-05-05 14:43:20
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东城拓跋

新虫 (初入文坛)
问一下，你的后缀命怎么改的？是该运行完的log.lammps文件的后缀还是在里面改？新手求教，改哪条？
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5楼2013-10-31 10:48:23
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天道and酬勤

铁杆木虫 (著名写手)
引用回帖:
5楼: Originally posted by 东城拓跋 at 2013-10-31 10:48:23
问一下，你的后缀命怎么改的？是该运行完的log.lammps文件的后缀还是在里面改？新手求教，改哪条？

是在in文件中修改！
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游走在学术海洋的小鱼
6楼2013-10-31 22:43:18
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