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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » LAMMPS/DL_POLY » lammps文件可视化问题
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hyudlut

铁杆木虫 (正式写手)

[交流] lammps文件可视化问题 已有5人参与

各位大侠求指导，lammps文件如何可视化呢？
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1楼 2012-12-10 20:45:22
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jiaoyixiong

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zh1987hs: 金币+2, 谢谢 2012-12-12 11:45:06
VMD  啊
哈哈哈，你搜索一下论坛里，介绍的可详细了
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2楼2012-12-10 22:56:38
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jiaoyixiong

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zh1987hs: 金币+2, 谢谢 2012-12-12 11:45:22
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5楼: Originally posted by hyudlut at 2012-12-11 10:58:30
可是我读取xyz文件，dump文件时我原来的连接信息都乱了，很多不应该连键的地方都连上了，为什么呢？...

这是因为你还没有弄懂VMD 怎么显示的，你可能还不明白分子拓扑有关的内容吧？

vmd读入的xyz文件，里面仅仅只有原子的坐标信息，没有拓扑信息，而你xyz文件中的原子间的距离如果小于其默认的原子成键的距离，就会显示其连接上了。
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6楼2012-12-11 11:35:47
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hyudlut

铁杆木虫 (正式写手)
引用回帖:
2楼: Originally posted by jiaoyixiong at 2012-12-10 22:56:38
VMD  啊
哈哈哈，你搜索一下论坛里，介绍的可详细了

高手，最近正在研究vmd软件，可是一直没有弄明白，lammps输出xyz坐标直接读取就行吗？
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3楼2012-12-11 10:01:05
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jiaoyixiong

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zh1987hs: 金币+2, 谢谢 2012-12-12 11:45:13
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3楼: Originally posted by hyudlut at 2012-12-11 10:01:05
高手，最近正在研究vmd软件，可是一直没有弄明白，lammps输出xyz坐标直接读取就行吗？...

当然可以，xyz可以直接读，dump出来的轨迹文件都可以
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4楼2012-12-11 10:47:09
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hyudlut

铁杆木虫 (正式写手)
引用回帖:
4楼: Originally posted by jiaoyixiong at 2012-12-11 10:47:09
当然可以，xyz可以直接读，dump出来的轨迹文件都可以...

可是我读取xyz文件，dump文件时我原来的连接信息都乱了，很多不应该连键的地方都连上了，为什么呢？
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5楼2012-12-11 10:58:30
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hyudlut

铁杆木虫 (正式写手)
引用回帖:
6楼: Originally posted by jiaoyixiong at 2012-12-11 11:35:47
这是因为你还没有弄懂VMD 怎么显示的，你可能还不明白分子拓扑有关的内容吧？

vmd读入的xyz文件，里面仅仅只有原子的坐标信息，没有拓扑信息，而你xyz文件中的原子间的距离如果小于其默认的原子成键的距离，就会 ...

恩，我是一个动力学初学者，对动力学了解很少。如果我想让结果按照我计算前建模的方式连接键，我应该怎么做呢？
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7楼2012-12-11 12:36:59
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jiaoyixiong

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zh1987hs: 金币+2, 谢谢 2012-12-12 11:45:33
引用回帖:
7楼: Originally posted by hyudlut at 2012-12-11 12:36:59
恩，我是一个动力学初学者，对动力学了解很少。如果我想让结果按照我计算前建模的方式连接键，我应该怎么做呢？...

我现在不用lammps了，不知道lammps有没有输出拓扑信息。
抱歉
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8楼2012-12-11 14:44:23
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匿名

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KOP
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9楼2013-01-26 12:11:13
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jiaoyixiong

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9楼: Originally posted by zhihaikou at 2013-01-26 12:11:13
版主的意思是，显示原子及成键信息直接输出xyz文件就行了？？？

非常感谢...

xyz文件里只有坐标信息，没有成键信息。
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10楼2013-01-26 14:18:28
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