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xx4751

铜虫 (正式写手)

[求助] lammps read_data 文件格式

lammps  read_data 文件格式是怎么样的,能传一份给我看看吗?谢谢啊!
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Tanya_snail

木虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
jiaoyixiong: 金币+5, 赞!讲解的真细致! 2012-09-13 09:53:11
data文件有两种格式,一种是二进制文件,一种是ascii文件,一般来说,我们可以看到的都属于ascii文件。ascii文件由两部分组成,一是文件头,二是原子信息。文件头包括一些说明的内容,还有原子数、键类型数、盒子的三维坐标上下界等一系列信息,原子信息部分就包括了每个原子的ID,三维坐标,类型等等信息,根据你选的atom_type不同,显示的内容也不一定相同。但至少都包括有原子ID以及坐标的信息。vmd中关于输出data文件的命令的完整格式为:topo writelammpsdata filename atom_type,在atom_type缺省的情况下默认为full。至于不同的atom_type有什么区别,参见lammps官方手册中atom_type的部分。这里要说明一点,lammps里面有一个命令叫write_restart,这个命令输出的data文件是二进制文件,所以我们使用文本编辑器打开之后看到的都是01这样的二进制数,可以使用一些小程序将二进制文件转换成文本文件(ascii文件),这些程序lammps工具包里有。
4楼2012-09-13 09:48:13
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普通回帖

lchchl

铜虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与,应助指数 +1
jiaoyixiong: 金币+2, 鼓励交流 2012-09-12 21:41:20
lammps的安装目录下面有很多啊,你可以自己去找看需要什么样的!
为什么小木虫每天都是扣四个金币!!!!!!
2楼2012-09-12 19:03:41
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jiaoyixiong

荣誉版主 (职业作家)

【答案】应助回帖

★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
chaizhm: 金币+3, 谢谢~ 2012-09-14 11:56:25
引用回帖:
2楼: Originally posted by lchchl at 2012-09-12 19:03:41
lammps的安装目录下面有很多啊,你可以自己去找看需要什么样的!

顶楼上!


或者楼主可以在vmd中随便见一个模型,然后在vmd中输入命令
topo writelammpsdata yourmodel.data
然后打开yourmodel.data 文件就能看到文件的格式了

» 本帖已获得的红花(最新10朵)

3楼2012-09-12 22:07:59
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xx4751

铜虫 (正式写手)

送鲜花一朵
引用回帖:
3楼: Originally posted by jiaoyixiong at 2012-09-12 22:07:59
顶楼上!


或者楼主可以在vmd中随便见一个模型,然后在vmd中输入命令
topo writelammpsdata yourmodel.data
然后打开yourmodel.data 文件就能看到文件的格式了...

能传个例子我看看吗?谢谢
5楼2012-09-14 15:23:45
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jiaoyixiong

荣誉版主 (职业作家)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
xx4751: 金币+25, ★★★很有帮助 2012-09-14 17:23:53
zh1987hs: 金币+10, 谢谢 2012-09-14 18:48:02
内容已删除

» 本帖已获得的红花(最新10朵)

6楼2012-09-14 15:32:53
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加油6738

木虫 (正式写手)


感谢参与,应助指数 +1
jiaoyixiong: 金币-1, 应助指数-1, 非应助回帖,请勿点击应助 2012-09-14 17:42:25
跪求Lammps和Amber软件!好心人传一个给我吧,我金币不多,全部都给他(她)。
7楼2012-09-14 17:07:11
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xx4751

铜虫 (正式写手)

送鲜花一朵
引用回帖:
6楼: Originally posted by jiaoyixiong at 2012-09-14 15:32:53
可以,比如我建立的双链dna分子模型:ploy(A-T)20.psf 和 ploy(A-T)20.pdb
先导入的VMD中:
mol load psf ploy(A-T)20.psf pdb ploy(A-T)20.pdb
然后直接输出成lammps 的data文件:
topo writelammpsdat ...

谢谢!
8楼2012-09-14 17:23:39
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jiaoyixiong

荣誉版主 (职业作家)

引用回帖:
7楼: Originally posted by 加油6738 at 2012-09-14 17:07:11
跪求Lammps和Amber软件!好心人传一个给我吧,我金币不多,全部都给他(她)。

Lammps 是开源软件,不要求人,自己去下载即可:
http://lammps.sandia.gov/

amber 貌似是收费软件,要的是人民币,而不是论坛金币
9楼2012-09-14 17:43:58
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加油6738

木虫 (正式写手)

引用回帖:
9楼: Originally posted by jiaoyixiong at 2012-09-14 17:43:58
Lammps 是开源软件,不要求人,自己去下载即可:
http://lammps.sandia.gov/

amber 貌似是收费软件,要的是人民币,而不是论坛金币...

我在那个网站上下了Lammps,但是没有安装软件啊。能不能指点一下怎么弄的?
10楼2012-09-15 09:35:37
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