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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » LAMMPS/DL_POLY » lammps read_data 文件格式
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xx4751

铜虫 (正式写手)

[求助] lammps read_data 文件格式

lammps  read_data 文件格式是怎么样的，能传一份给我看看吗?谢谢啊！
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1楼 2012-09-12 17:13:11
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回帖支持 ( 显示支持度最高的前 50 名 )

Tanya_snail

木虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
jiaoyixiong: 金币+5, 赞！讲解的真细致！ 2012-09-13 09:53:11
data文件有两种格式，一种是二进制文件，一种是ascii文件，一般来说，我们可以看到的都属于ascii文件。ascii文件由两部分组成，一是文件头，二是原子信息。文件头包括一些说明的内容，还有原子数、键类型数、盒子的三维坐标上下界等一系列信息，原子信息部分就包括了每个原子的ID，三维坐标，类型等等信息，根据你选的atom_type不同，显示的内容也不一定相同。但至少都包括有原子ID以及坐标的信息。vmd中关于输出data文件的命令的完整格式为：topo writelammpsdata filename atom_type，在atom_type缺省的情况下默认为full。至于不同的atom_type有什么区别，参见lammps官方手册中atom_type的部分。这里要说明一点，lammps里面有一个命令叫write_restart，这个命令输出的data文件是二进制文件，所以我们使用文本编辑器打开之后看到的都是01这样的二进制数，可以使用一些小程序将二进制文件转换成文本文件（ascii文件），这些程序lammps工具包里有。
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4楼2012-09-13 09:48:13
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lchchl

铜虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与，应助指数 +1
jiaoyixiong: 金币+2, 鼓励交流 2012-09-12 21:41:20
lammps的安装目录下面有很多啊，你可以自己去找看需要什么样的！
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为什么小木虫每天都是扣四个金币！！！！！！
2楼2012-09-12 19:03:41
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jiaoyixiong

荣誉版主 (职业作家)

【答案】应助回帖

★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
chaizhm: 金币+3, 谢谢~ 2012-09-14 11:56:25
引用回帖:
2楼: Originally posted by lchchl at 2012-09-12 19:03:41
lammps的安装目录下面有很多啊，你可以自己去找看需要什么样的！

顶楼上！


或者楼主可以在vmd中随便见一个模型，然后在vmd中输入命令
topo writelammpsdata yourmodel.data
然后打开yourmodel.data 文件就能看到文件的格式了
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xx4751
3楼2012-09-12 22:07:59
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xx4751

铜虫 (正式写手)
送鲜花一朵
引用回帖:
3楼: Originally posted by jiaoyixiong at 2012-09-12 22:07:59
顶楼上！


或者楼主可以在vmd中随便见一个模型，然后在vmd中输入命令
topo writelammpsdata yourmodel.data
然后打开yourmodel.data 文件就能看到文件的格式了...

能传个例子我看看吗？谢谢
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5楼2012-09-14 15:23:45
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jiaoyixiong

荣誉版主 (职业作家)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
xx4751: 金币+25, ★★★很有帮助 2012-09-14 17:23:53
zh1987hs: 金币+10, 谢谢 2012-09-14 18:48:02
内容已删除
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xx4751
6楼2012-09-14 15:32:53
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加油6738

木虫 (正式写手)
★
感谢参与，应助指数 +1
jiaoyixiong: 金币-1, 应助指数-1, 非应助回帖，请勿点击应助 2012-09-14 17:42:25
跪求Lammps和Amber软件！好心人传一个给我吧，我金币不多，全部都给他（她）。
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7楼2012-09-14 17:07:11
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xx4751

铜虫 (正式写手)
送鲜花一朵
引用回帖:
6楼: Originally posted by jiaoyixiong at 2012-09-14 15:32:53
可以，比如我建立的双链dna分子模型：ploy(A-T)20.psf 和 ploy(A-T)20.pdb
先导入的VMD中：
mol load psf ploy(A-T)20.psf pdb ploy(A-T)20.pdb
然后直接输出成lammps 的data文件：
topo writelammpsdat ...

谢谢！
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8楼2012-09-14 17:23:39
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jiaoyixiong

荣誉版主 (职业作家)
引用回帖:
7楼: Originally posted by 加油6738 at 2012-09-14 17:07:11
跪求Lammps和Amber软件！好心人传一个给我吧，我金币不多，全部都给他（她）。

Lammps 是开源软件，不要求人，自己去下载即可：
http://lammps.sandia.gov/

amber 貌似是收费软件，要的是人民币，而不是论坛金币
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9楼2012-09-14 17:43:58
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加油6738

木虫 (正式写手)
引用回帖:
9楼: Originally posted by jiaoyixiong at 2012-09-14 17:43:58
Lammps 是开源软件，不要求人，自己去下载即可：
http://lammps.sandia.gov/

amber 貌似是收费软件，要的是人民币，而不是论坛金币...

我在那个网站上下了Lammps，但是没有安装软件啊。能不能指点一下怎么弄的？
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10楼2012-09-15 09:35:37
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