应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » LAMMPS/DL_POLY » lammps read_data 文件格式
131/2返回列表12下一页
查看: 4174  |  回复: 12
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看

xx4751

铜虫 (正式写手)

[求助] lammps read_data 文件格式

lammps  read_data 文件格式是怎么样的，能传一份给我看看吗?谢谢啊！
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
1楼 2012-09-12 17:13:11
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
回帖支持 ( 显示支持度最高的前 50 名 )

Tanya_snail

木虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
jiaoyixiong: 金币+5, 赞！讲解的真细致！ 2012-09-13 09:53:11
data文件有两种格式，一种是二进制文件，一种是ascii文件，一般来说，我们可以看到的都属于ascii文件。ascii文件由两部分组成，一是文件头，二是原子信息。文件头包括一些说明的内容，还有原子数、键类型数、盒子的三维坐标上下界等一系列信息，原子信息部分就包括了每个原子的ID，三维坐标，类型等等信息，根据你选的atom_type不同，显示的内容也不一定相同。但至少都包括有原子ID以及坐标的信息。vmd中关于输出data文件的命令的完整格式为：topo writelammpsdata filename atom_type，在atom_type缺省的情况下默认为full。至于不同的atom_type有什么区别，参见lammps官方手册中atom_type的部分。这里要说明一点，lammps里面有一个命令叫write_restart，这个命令输出的data文件是二进制文件，所以我们使用文本编辑器打开之后看到的都是01这样的二进制数，可以使用一些小程序将二进制文件转换成文本文件（ascii文件），这些程序lammps工具包里有。
赞一下(1人) 回复此楼
4楼2012-09-13 09:48:13
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
普通回帖

lchchl

铜虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与，应助指数 +1
jiaoyixiong: 金币+2, 鼓励交流 2012-09-12 21:41:20
lammps的安装目录下面有很多啊，你可以自己去找看需要什么样的！
赞一下 回复此楼
为什么小木虫每天都是扣四个金币！！！！！！
2楼2012-09-12 19:03:41
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

jiaoyixiong

荣誉版主 (职业作家)

【答案】应助回帖

★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
chaizhm: 金币+3, 谢谢~ 2012-09-14 11:56:25
引用回帖:
2楼: Originally posted by lchchl at 2012-09-12 19:03:41
lammps的安装目录下面有很多啊，你可以自己去找看需要什么样的！

顶楼上！


或者楼主可以在vmd中随便见一个模型，然后在vmd中输入命令
topo writelammpsdata yourmodel.data
然后打开yourmodel.data 文件就能看到文件的格式了
赞一下 回复此楼

» 本帖已获得的红花（最新10朵）

xx4751
3楼2012-09-12 22:07:59
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

xx4751

铜虫 (正式写手)
送鲜花一朵
引用回帖:
3楼: Originally posted by jiaoyixiong at 2012-09-12 22:07:59
顶楼上！


或者楼主可以在vmd中随便见一个模型，然后在vmd中输入命令
topo writelammpsdata yourmodel.data
然后打开yourmodel.data 文件就能看到文件的格式了...

能传个例子我看看吗？谢谢
赞一下 回复此楼
5楼2012-09-14 15:23:45
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

jiaoyixiong

荣誉版主 (职业作家)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
xx4751: 金币+25, ★★★很有帮助 2012-09-14 17:23:53
zh1987hs: 金币+10, 谢谢 2012-09-14 18:48:02
内容已删除
赞一下 回复此楼

» 本帖已获得的红花（最新10朵）

xx4751
6楼2012-09-14 15:32:53
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

加油6738

木虫 (正式写手)
★
感谢参与，应助指数 +1
jiaoyixiong: 金币-1, 应助指数-1, 非应助回帖，请勿点击应助 2012-09-14 17:42:25
跪求Lammps和Amber软件！好心人传一个给我吧，我金币不多，全部都给他（她）。
赞一下 回复此楼
7楼2012-09-14 17:07:11
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

xx4751

铜虫 (正式写手)
送鲜花一朵
引用回帖:
6楼: Originally posted by jiaoyixiong at 2012-09-14 15:32:53
可以，比如我建立的双链dna分子模型：ploy(A-T)20.psf 和 ploy(A-T)20.pdb
先导入的VMD中：
mol load psf ploy(A-T)20.psf pdb ploy(A-T)20.pdb
然后直接输出成lammps 的data文件：
topo writelammpsdat ...

谢谢！
回复此楼
8楼2012-09-14 17:23:39
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

jiaoyixiong

荣誉版主 (职业作家)
引用回帖:
7楼: Originally posted by 加油6738 at 2012-09-14 17:07:11
跪求Lammps和Amber软件！好心人传一个给我吧，我金币不多，全部都给他（她）。

Lammps 是开源软件，不要求人，自己去下载即可：
http://lammps.sandia.gov/

amber 貌似是收费软件，要的是人民币，而不是论坛金币
赞一下 回复此楼
9楼2012-09-14 17:43:58
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

加油6738

木虫 (正式写手)
引用回帖:
9楼: Originally posted by jiaoyixiong at 2012-09-14 17:43:58
Lammps 是开源软件，不要求人，自己去下载即可：
http://lammps.sandia.gov/

amber 貌似是收费软件，要的是人民币，而不是论坛金币...

我在那个网站上下了Lammps，但是没有安装软件啊。能不能指点一下怎么弄的？
赞一下 回复此楼
10楼2012-09-15 09:35:37
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 xx4751 的主题更新
131/2返回列表12下一页
普通表情 龙 兔 虎 猫
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 材料学硕318求调剂 +11 February_Feb 2026-03-01 13/650 2026-03-01 23:53 by ccp273206157
[考研] 一志愿郑大材料学硕298分，求调剂 +5 wsl111 2026-03-01 5/250 2026-03-01 23:45 by 暮雨星晴
[考研] 0856材料与化工，270求调剂 +6 YXCT 2026-03-01 6/300 2026-03-01 23:21 by 向上的胖东
[考研] 江苏省农科院招调剂1名 +3 Qwertyuop 2026-03-01 3/150 2026-03-01 23:18 by aaadim
[考研] 0854复试调剂 276 +3 wmm9 2026-03-01 3/150 2026-03-01 23:13 by 热情沙漠
[考研] 265分求调剂不调专业和学校有行学上就 +6 礼堂丁真258 2026-02-28 8/400 2026-03-01 22:50 by jian_
[基金申请] 成果系统访问量大，请一小时后再尝试。---NSFC啥时候好哦，已经两天这样了 +4 NSFC2026我来了 2026-02-28 4/200 2026-03-01 22:37 by 铁门栓
[考研] 0856调剂 +5 刘梦微 2026-02-28 5/250 2026-03-01 22:30 by wang_dand
[考研] 299求调剂 +3 Y墨明棋妙Y 2026-02-28 5/250 2026-03-01 21:01 by tangxiaotian
[考研] 化工299分求调剂 一志愿985落榜 +5 嘻嘻(*^ω^*) 2026-03-01 5/250 2026-03-01 19:47 by 无际的草原
[考博] 26申博 +4 想申博！ 2026-02-26 6/300 2026-03-01 17:32 by 想申博！
[考研] 材料工程274求调剂 +3 Lilithan 2026-03-01 3/150 2026-03-01 14:58 by ms629
[考研] 303求调剂 +4 今夏不夏 2026-03-01 4/200 2026-03-01 14:46 by 嘟嘟小浣熊
[考研] 求调剂 +6 repeatt?t 2026-02-28 6/300 2026-03-01 14:37 by Sakura绘
[考研] 298求调剂 +9 人间唯你是清欢 2026-02-28 12/600 2026-03-01 14:23 by Ducount.Y
[考研] 调剂 +3 简木ChuFront 2026-02-28 3/150 2026-03-01 11:46 by 王伟要上岸啊
[考研] 寻找调剂 +4 LYidhsjabdj 2026-02-28 4/200 2026-03-01 10:56 by sunny81
[硕博家园] 2025届双非化工硕士毕业，申博 +3 更多的是 2026-02-27 4/200 2026-03-01 10:04 by ztg729
[考研] 264求调剂 +3 巴拉巴拉根556 2026-02-28 3/150 2026-02-28 21:31 by gaoxiaoniuma
[考研] 085600材料工程一志愿中科大总分312求调剂 +8 吃宵夜1 2026-02-28 10/500 2026-02-28 20:27 by L135790
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭