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【求助】lammps中多元化合物的晶格创建问题 已有9人参与
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lattice custom 3.104 a1 0.8660254037844386 -0.5 0 a2 0 1.0 0 a3 0 0 1.602448454 & basis 0.3333333333 0.6666666667 0.3826000000 & basis 0.6666666667 0.3333333333 0.8826000000 & basis 0.3333333333 0.6666666667 0.0000000000 & basis 0.6666666667 0.3333333333 0.5000000000 region box block 0 3 0 3 0 3 create_box 2 box create_atoms 1 box basis 1 1 basis 2 1 create_atoms 2 box basis 3 2 basis 4 2 我想创建一个二元化合物，建立了一个晶格，晶格中有四个basis，我想在第1个和第2个的basis上创建A原子，在3、4上创建B原子，我上边的代码却始终不成功，The Fuc*ing Manual 上写的create_atoms 中basis的参数是： basis values = M itype M = which basis atom itype = atom type (1-N) to assign to this basis atom 我不知道我是哪里错了，新人，望大家指教，谢谢! |
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2楼2010-05-08 21:29:48
老虎大王
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小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
ghcacj(金币+8):谢谢 2010-05-10 08:23:47
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好的。 你搞的是GaN，建立的是一个六方的晶格，。原子位置的设置是正确的。晶格尺寸不是实验值，因为你要 研究晶格尺寸的变化，是的吧？ 我对你这个script有这样几个评论： 一、 首先 create_atoms 1 box basis 1 1 basis 2 1 这样的用法是错误的。 请看Manual中create_atoms的说明： For the box style, the create_atoms command fills the entire simulation box with atoms on the lattice. 我测试了 create_atoms 1 box basis 1 1 basis 2 1 create_atoms 1 box 这两个语句，结果都是一样的。说明后面的basis好像不起作用。我不知道这是程序的bug还是这个地方确实不能用box。 反正，经测试，create_atoms 1 box basis 1 1 basis 2 1 这一句中，不能用box，而要用region。 二、你改了上述错误之后（即把这两句中的box 改成region box，其中后面的box是region的ID），仍然 会发现有问题。因为生成的原子个数不对。这是为什么呢？ 你看你的script，其中有： region box block 0 3 0 3 0 3 create_box 2 box 这两句。 系统执行了以后，返回的信息是：Created orthogonal box = (0 0 0) to (8.06443 13.968 14.922)， 这说明你生成的是一个方盒子。实际上，你要的盒子是个什么盒子呢？你是六角晶系，当然应是一个平行 六面体（你可以照着你自己写的lattice语句，在纸上画画）。 所以，你region box block 0 3 0 3 0 3这一句当中的style用bolck也是不对的，正确的设置应该用 prism,至于如何用，请你读Manual。 以上意见供参考。若仍有问题，可以继续讨论。 |
5楼2010-05-09 21:33:59
7楼2010-05-21 00:59:29
13楼2015-06-25 14:57:59
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首先谢谢上边的回复，我的模拟是要对晶格的尺寸做变化的，其实在我正式模拟的in文件中晶格参数里面是有变量的，所以我的原子坐标没有采用read_data读入，上边贴出的代码只是我做测试用的，经过测试后发现是create_atoms命令使用不正确，下边是我测试的代码，运行时没有问题的，我的box当中原则上只有162个basis，可是由运行的结果来看两个create_atoms都创建了162个atoms，共324个atoms，第一个creat_atoms我是想让他在在第一种和第二种类型的basis上创建Ga原子上，第一种类型和第二种类型的basis加起来才162/2个，可是他却创建了162个，所以我想请问大家create_atoms带basis参数的命令应该是怎么用，谢谢！ units metal boundary p p p atom_style atomic lattice custom 3.104 a1 0.8660254037844386 -0.5 0 a2 0 1.0 0 a3 0 0 1.602448454 basis 0.3333333333 0.6666666667 0.3826000000 basis 0.66666666 67 0.3333333333 0.8826000000 basis 0.3333333333 0.6666666667 0.0000000000 basis 0.6666666667 0.3333333333 0.5000000000 Lattice spacing in x,y,z = 2.68814 4.656 4.974 region box block 0 3 0 3 0 3 create_box 2 box Created orthogonal box = (0 0 0) to (8.06443 13.968 14.922) 1 by 1 by 1 processor grid create_atoms 1 box basis 1 1 basis 2 1 Created 162 atoms create_atoms 2 box basis 3 2 basis 4 2 Created 162 atoms pair_style tersoff pair_coeff * * GaN.tersoff Ga N mass 1 69.723 mass 2 14.0067 neighbor 1.0 bin neigh_modify every 1 delay 5 check yes dump 1 all cfg 1 a*.cfg id type xs ys zs #dump_modify 1 element Al N run 0 Memory usage per processor = 1.831 Mbytes Step Temp E_pair E_mol TotEng Press 0 0 nan 0 nan nan Loop time of 0 on 1 procs for 0 steps with 324 atoms Pair time (%) = 0 (0) Neigh time (%) = 0 (0) Comm time (%) = 0 (0) Outpt time (%) = 0 (0) Other time (%) = 0 (0) Nlocal: 324 ave 324 max 324 min Histogram: 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 Nghost: 1188 ave 1188 max 1188 min Histogram: 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 Neighs: 0 ave 0 max 0 min Histogram: 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 FullNghs: 17364 ave 17364 max 17364 min Histogram: 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 Total # of neighbors = 17364 Ave neighs/atom = 53.5926 Neighbor list builds = 0 Dangerous builds = 0 |
3楼2010-05-09 12:47:27
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我刚刚把lz的lammps输入文件按照老虎大王的建议修改了一下，贴出来如下。 units metal boundary p p p atom_style atomic lattice custom 3.104 a1 0.8660254037844386 -0.5 0 a2 0 1.0 0 a3 0 0 1.602448454 basis 0.3333333333 0.6666666667 0.3826000000 basis 0.6666666667 0.3333333333 0.8826000000 basis 0.3333333333 0.6666666667 0.0000000000 basis 0.6666666667 0.3333333333 0.5000000000 region box prism 0 3 0 3 0 3 1 0 0 create_box 2 box create_atoms 1 region box basis 1 1 basis 2 1 create_atoms 2 region box basis 3 2 basis 4 2 pair_style tersoff pair_coeff * * ../../potentials/GaN.tersoff Ga N mass 1 69.723 mass 2 14.0067 neighbor 1.0 bin neigh_modify every 1 delay 5 check yes dump 1 all cfg 1 a*.cfg id type xs ys zs #dump_modify 1 element Al N run 1 运行结果如下： LAMMPS (5 Mar 2012) Lattice spacing in x,y,z = 2.68814 4.656 4.974 Created triclinic box = (0 0 0) to (8.06443 13.968 14.922) with tilt (2.68814 0 0) 1 by 1 by 1 MPI processor grid Created 150 atoms Created 150 atoms WARNING: No fixes defined, atoms won't move (verlet.cpp:52) Setting up run ... Memory usage per processor = 2.08799 Mbytes Step Temp E_pair E_mol TotEng Press 0 0 nan 0 nan nan 1 0 nan 0 nan nan Loop time of 0.013598 on 1 procs for 1 steps with 300 atoms Pair time (%) = 0.0132082 (97.1333) Neigh time (%) = 0 (0) Comm time (%) = 1.00136e-05 (0.0736403) Outpt time (%) = 0.000373125 (2.74398) Other time (%) = 6.67572e-06 (0.0490935) Nlocal: 300 ave 300 max 300 min Histogram: 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 Nghost: 1068 ave 1068 max 1068 min Histogram: 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 Neighs: 0 ave 0 max 0 min Histogram: 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 FullNghs: 15132 ave 15132 max 15132 min Histogram: 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 Total # of neighbors = 15132 Ave neighs/atom = 50.44 Neighbor list builds = 0 Dangerous builds = 0 这个结果里面有300个原子，不是lz所说的162＊2个原子。而且貌似没有在一个晶胞中定义成功2个原子。 谁给看看！ 谢谢 |
9楼2012-06-16 23:55:26
xinmaoqin
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