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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » LAMMPS/DL_POLY » lammps中固定键长
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木虫 (正式写手)

[交流] lammps中固定键长已有1人参与

本人目前使用LAMMPS遇到一个问题，想固定键长。用fix shake的话，提示要给出bond_style和bond_coeff，但文章中没有给出键伸缩的势参数，我用bond_style none，依旧无法实现，最后我随便给了一个bond_style和bond_coeff，可以运算，但我不知道这样做是否合理了。然后我又查了相关文献，有文献直接将分子设为刚体的，即rigid，于是我成角作用也不考虑，直接把分子设为刚体。用fix rigid/nvt可以运算了，结果也还可以，但只有fix rigid，fix rigid/nvt和fix rigid/nve，我想做npt，无法实现，想想设为rigid之后确实再npt从原理上就是不合理的。然后看了下fix freeze，更是不行。望有人指点，我要做npt，然后体系的话SO2考虑成角不考虑成键，后者两者都不考虑，如何来实现，谢谢！
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1楼2011-05-13 16:46:35
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老虎大王

木虫 (著名写手)
★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖
zh1987hs(金币+2): 谢谢 2011-05-14 22:41:04
为什么必须要做NPT呢？在NVE或者NVT下，又有什么不妥呢？你可以在不同的密度下做NVE，或者NVT，以便达到你所需的压力。
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2楼2011-05-13 19:14:04
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木虫 (正式写手)
引用回帖:
Originally posted by 老虎大王 at 2011-05-13 19:14:04:
为什么必须要做NPT呢？在NVE或者NVT下，又有什么不妥呢？你可以在不同的密度下做NVE，或者NVT，以便达到你所需的压力。

嗯，谢谢，只是老板让我做npt的，嘻嘻~不明白的就是，从化学的角度，感觉lammps中应该有固定键长的指令，因为很多物质都还没有势参数，或者只有部分势参数。我用fix rigid的话是将整个分子固定了，但却没有找到只固定键长，不固定键角的方法。
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3楼2011-05-13 22:14:41
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老虎大王

木虫 (著名写手)
★ ★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖
ghcacj(金币+2): 谢谢 2011-05-16 20:13:26
御剑江湖(金币+1): 谢谢 2011-05-16 21:51:20
实际上很多情况下，都没有必要用NPT模拟。
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4楼2011-05-16 09:17:21
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木虫 (正式写手)
引用回帖:
Originally posted by 老虎大王 at 2011-05-16 09:17:21:
实际上很多情况下，都没有必要用NPT模拟。

好的，谢谢！对系综还不是很懂，嘻嘻~
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5楼2011-05-17 09:12:39
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