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木虫 (正式写手)

[交流] lammps中固定键长 已有1人参与

本人目前使用LAMMPS遇到一个问题,想固定键长。用fix shake的话,提示要给出bond_style和bond_coeff,但文章中没有给出键伸缩的势参数,我用bond_style none,依旧无法实现,最后我随便给了一个bond_style和bond_coeff,可以运算,但我不知道这样做是否合理了。然后我又查了相关文献,有文献直接将分子设为刚体的,即rigid,于是我成角作用也不考虑,直接把分子设为刚体。用fix rigid/nvt可以运算了,结果也还可以,但只有fix rigid,fix rigid/nvt和fix rigid/nve,我想做npt,无法实现,想想设为rigid之后确实再npt从原理上就是不合理的。然后看了下fix freeze,更是不行。望有人指点,我要做npt,然后体系的话SO2考虑成角不考虑成键,后者两者都不考虑,如何来实现,谢谢!
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老虎大王

木虫 (著名写手)

★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖
zh1987hs(金币+2): 谢谢 2011-05-14 22:41:04
为什么必须要做NPT呢?在NVE或者NVT下,又有什么不妥呢?你可以在不同的密度下做NVE,或者NVT,以便达到你所需的压力。
2楼2011-05-13 19:14:04
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木虫 (正式写手)

引用回帖:
Originally posted by 老虎大王 at 2011-05-13 19:14:04:
为什么必须要做NPT呢?在NVE或者NVT下,又有什么不妥呢?你可以在不同的密度下做NVE,或者NVT,以便达到你所需的压力。

嗯,谢谢,只是老板让我做npt的,嘻嘻~不明白的就是,从化学的角度,感觉lammps中应该有固定键长的指令,因为很多物质都还没有势参数,或者只有部分势参数。我用fix rigid的话是将整个分子固定了,但却没有找到只固定键长,不固定键角的方法。
3楼2011-05-13 22:14:41
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老虎大王

木虫 (著名写手)

★ ★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖
ghcacj(金币+2): 谢谢 2011-05-16 20:13:26
御剑江湖(金币+1): 谢谢 2011-05-16 21:51:20
实际上很多情况下,都没有必要用NPT模拟。
4楼2011-05-16 09:17:21
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木虫 (正式写手)

引用回帖:
Originally posted by 老虎大王 at 2011-05-16 09:17:21:
实际上很多情况下,都没有必要用NPT模拟。

好的,谢谢!对系综还不是很懂,嘻嘻~
5楼2011-05-17 09:12:39
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