24小时热门版块排行榜    

查看: 3037  |  回复: 4
当前只显示满足指定条件的回帖,点击这里查看本话题的所有回帖

chenai.com

木虫 (正式写手)

[交流] lammps中固定键长 已有1人参与

本人目前使用LAMMPS遇到一个问题,想固定键长。用fix shake的话,提示要给出bond_style和bond_coeff,但文章中没有给出键伸缩的势参数,我用bond_style none,依旧无法实现,最后我随便给了一个bond_style和bond_coeff,可以运算,但我不知道这样做是否合理了。然后我又查了相关文献,有文献直接将分子设为刚体的,即rigid,于是我成角作用也不考虑,直接把分子设为刚体。用fix rigid/nvt可以运算了,结果也还可以,但只有fix rigid,fix rigid/nvt和fix rigid/nve,我想做npt,无法实现,想想设为rigid之后确实再npt从原理上就是不合理的。然后看了下fix freeze,更是不行。望有人指点,我要做npt,然后体系的话SO2考虑成角不考虑成键,后者两者都不考虑,如何来实现,谢谢!
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)

» 本主题相关价值贴推荐,对您同样有帮助:

已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

chenai.com

木虫 (正式写手)

引用回帖:
Originally posted by 老虎大王 at 2011-05-13 19:14:04:
为什么必须要做NPT呢?在NVE或者NVT下,又有什么不妥呢?你可以在不同的密度下做NVE,或者NVT,以便达到你所需的压力。

嗯,谢谢,只是老板让我做npt的,嘻嘻~不明白的就是,从化学的角度,感觉lammps中应该有固定键长的指令,因为很多物质都还没有势参数,或者只有部分势参数。我用fix rigid的话是将整个分子固定了,但却没有找到只固定键长,不固定键角的方法。
3楼2011-05-13 22:14:41
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 5 个回答

老虎大王

木虫 (著名写手)

★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖
zh1987hs(金币+2): 谢谢 2011-05-14 22:41:04
为什么必须要做NPT呢?在NVE或者NVT下,又有什么不妥呢?你可以在不同的密度下做NVE,或者NVT,以便达到你所需的压力。
2楼2011-05-13 19:14:04
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

老虎大王

木虫 (著名写手)

★ ★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖
ghcacj(金币+2): 谢谢 2011-05-16 20:13:26
御剑江湖(金币+1): 谢谢 2011-05-16 21:51:20
实际上很多情况下,都没有必要用NPT模拟。
4楼2011-05-16 09:17:21
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

chenai.com

木虫 (正式写手)

引用回帖:
Originally posted by 老虎大王 at 2011-05-16 09:17:21:
实际上很多情况下,都没有必要用NPT模拟。

好的,谢谢!对系综还不是很懂,嘻嘻~
5楼2011-05-17 09:12:39
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
普通表情 高级回复 (可上传附件)
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[基金申请] 投票:  有多少人是今天查系统知道结果的? +17 爱看书的可乐 2026-08-26 19/950 2026-08-30 22:24 by xiangy672
[基金申请] 有没有仍没收到信息的 +7 德尚中行 2026-08-27 8/400 2026-08-30 20:52 by purplejack
[公派出国] 售SCI一区文章,我:8O5.5.1.O5.4,科目全,可伽急 +3 4FFAWE8HcgUD 2026-08-29 5/250 2026-08-30 20:41 by hZiFeudZyoGR
[找工作] 售SCI文章,我:8O5.5.1.O.54,科目齐全,可+急 +4 jCd0dEvKHShX 2026-08-29 5/250 2026-08-30 19:48 by hZiFeudZyoGR
[博后之家] 售SCI一区T0P文章,我:8.O.55.1.O.54,科目齐全,可+急 +4 jCd0dEvKHShX 2026-08-29 5/250 2026-08-30 19:46 by hZiFeudZyoGR
[考博] 售SCI一区文章,我:8.O.55.1.O.54,科目齐全,可伽急 +5 jCd0dEvKHShX 2026-08-29 7/350 2026-08-30 19:45 by hZiFeudZyoGR
[考博] 售一区SCI文章T0P,我:8O.551.O54,科目全,可十急 +3 jCd0dEvKHShX 2026-08-29 6/300 2026-08-30 19:13 by hZiFeudZyoGR
[论文投稿] 售SCI一区T0P文章,我:8O.55.1.O.5.4,科目齐全,可+急 +6 gy1nBQXYQJqL 2026-08-29 7/350 2026-08-30 18:18 by hZiFeudZyoGR
[公派出国] 售SCI一区文章,我:8.O.55.1.O.54,科目齐全,可伽急 +5 gy1nBQXYQJqL 2026-08-29 5/250 2026-08-30 18:07 by hZiFeudZyoGR
[考博] 售SCI-T0P文章,我:8O.5.5.1.O.54,科目齐全,可+急 +4 gy1nBQXYQJqL 2026-08-29 5/250 2026-08-30 17:56 by hZiFeudZyoGR
[硕博家园] 售SCI一区T0P文章,我:8.O.55.1.O.54,科目齐全,可+急 +4 gy1nBQXYQJqL 2026-08-29 7/350 2026-08-30 17:45 by hZiFeudZyoGR
[公派出国] 售SCI一区T0P文章,我:8.O.55.1.O.5.4,科目全,可+急 +6 ASdOkHsho7FD 2026-08-28 7/350 2026-08-30 17:14 by hZiFeudZyoGR
[找工作] 售SCI文章,我:8O5.5.1.O.54,科目齐全,可+急 +6 ASdOkHsho7FD 2026-08-28 9/450 2026-08-30 11:19 by l0VvVHGBGRLv
[基金申请] 麻烦专家们看看评委们的意见(F口面上) +6 gdd2018 2026-08-28 11/550 2026-08-30 08:58 by 超级无敌华子
[基金申请] 我就是申请一个面上项目而已,这评审意见是按照杰青的条件评的吧? +6 gouxfjh 2026-08-28 11/550 2026-08-30 07:57 by gouxfjh
[教师之家] 售SCI一区T0P文章,我:8.O.55.1.O54,科目全,可伽急 +5 ASdOkHsho7FD 2026-08-28 7/350 2026-08-30 06:10 by ZPa0EcMwuECS
[教师之家] 导师吐槽:我怎么摊上了这么个极品研究生! +9 苏东坡二世 2026-08-23 9/450 2026-08-29 14:41 by hustersqt
[基金申请] 基金不中,共勉 +11 eulota 2026-08-26 11/550 2026-08-28 14:22 by 火星超人xi
[基金申请] 面上合作单位盖章 +5 ssyjh 2026-08-27 5/250 2026-08-27 20:50 by gdfollow
[基金申请] 系统进不去 +4 yanglien 2026-08-26 5/250 2026-08-26 11:10 by wenfengw83
信息提示
请填处理意见