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【讨论】想学lammps是否应该先学习C++ 已有16人参与
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| 最近打算学习lammps，是不是应该先把C++学好呢？还是只要懂点基础就行了？ |
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其实我觉得你刚学lammps，先看看网上关于in文件的详细解释步骤，再学习Fortran语言，最后才C++，因为那时就是自己编译开发源程序，楼上“懂一点基础比较好，尤其是建立模型和数据处理的时候用途很大”也是正确的，不过建立模型，现在一般用MS，然后read data比较方便，数据处理用origin也不错，呵呵，这只是我一点建议而已。 给你看看关于in文件的详细解释步骤 boundary p s s # 边界条件，拉伸方向是周期性，其余是自由边界；如果是薄膜拉伸则是两个周期性，块体则是三个周期性 units metal #单位制定义为metal atom_style atomic #原子类型自动 neighbor 2.0 bin #截断半径相关的东西 neigh_modifydelay 1 check yes # 邻近原子列表更新速度 #create geometry lattice fcc 3.61 # 定义晶胞为fcc，晶格常数3.61A region box block 0 30 0 3 0 3 #定义一个长方体区域叫box，长30，宽和高是3 create_box 1 box #创建了这样一个box create_atoms 1 box #在box里创建了一种原子 mass 1 63.546 #定义这种原子的质量是63.546 # potentials pair_style eam # 定义势函数是EAM pair_coef * * Cu_u3.eam #势所需要的参数在此文件里 #define groups region 1 block INF 1 INF INF INF INF # 定义了一个叫1的区域 group left region 1 #定义此区域里的原子叫left region 2 block 29 INF INF INF INF INF #定义了一个叫2的区域 group right region 2 #定义此区域里的原子叫right group boundary union left right #定义left+ right = boundary group mobile subtract all left # 定义mobile= all - left # initialvelocities velocity left set 0.0 0.0 0.0 # 设置原子初速度为0 computep all pressure thermo_temp # 计算应力，计算结果记为p variable pressx equal c_p[1] #定义变量pressx=c_p[1],c_p[1]的意思是p里第一个值 variable pressy equal c_p[2] #定义变量pressy=c_p[2],c_p[2]的意思是p里第二个值 variable pressz equal c_p[3] #定义变量pressz=c_p[3],c_p[3]的意思是p里第三个值 thermo_style custom step temp etotal press v_pressx v_pressy v_pressz vol dump 1 all atom 1000 dump.tensile # 输出结果到dump.tensile minimize 1.0e-6 1.0e-6 1000 1000 # 驰豫 fix 1 left setforce 0.0 NULL NULL #固定左边的原子 fix 2 all npt 1.0 1.0 1.0 aniso 0.0 0.0 NULL NULL NULL NULL 10.0 drag 1.0 thermo 1000 # 每1000步输出一次结果 timestep 0.002 #时间步长0.002ps run 10000 #运行10000步 unfix2 fix 3 all nve fix 4 all temp/rescale 100 1.0 1.0 5 1.0 fix 5 all deform 1000 x erate 0.002 units box #设置沿x方向拉伸，应变率为0.002(1/ps) compute s all stress/atom #计算每个原子上的应力，计算结果记为s compute strea all reduce sum c_s[1] #将s里第一个值求和，计算结果记为strea variable stressa equal c_strea/vol # 定义变量stressa= strea/vol, vol是体积 compute streb all reduce sum c_s[2] variable stressb equalc_streb/vol compute strec all reduce sum c_s[3] variable stressc equal c_strec/vol thermo_style custom step tempetotal press v_stressa v_stressb v_stressc vol run 300000 |
5楼2011-04-13 23:45:03
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zh1987hs(金币+5, 模拟EPI+1): 谢谢 2011-04-15 22:45:44
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zh1987hs(金币+5, 模拟EPI+1): 谢谢 2011-04-15 22:45:44
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用materials studio建模转化成lammps data文件，我是用lammps里的msi2lmp工具转化的。 那个msi2lmp工具，手册第七章里面也有介绍，下载的lammps文件，tool目录下也有源代码和例子，你可以做相应的参考。 使用MS将PDB导出成car，mdf格式。 有关msi2lmp工具的使用(执行msi2lmp.exe 的权限 更改文件的使用权限): 按照以下顺序来的： 1，直接把msi2lmp.exe拷贝到指定文件夹下； 2，在ms中建立好结构模型后，在ds模块或者forcite模块中指定力场类型，如对xxx结构指定为cvff力场，export结构保存为.car格式，同时自动有.mdf格式的文件生成； 3，将xxx.car和xxx.mdf文件拷贝到msi2lmp.exe所在的文件夹，并将tools/msi2lmp/biosym_frc_files文件中对应的力场文件拷贝到这个文件夹中（如上面的cvff.frc）； 4，在这个文件目录下，通过终端命令行./msi2lmp.exe xxx -class I -frc cvff > data.xxx 运行程序，运行成功生成data.xxx文件和xxx.lammps05文件，data.xxx是空的可以直接删除，数据在xxx.lammps05文件中。 如果还不清楚，我就没办法了，呵呵。。。。 |
10楼2011-04-15 21:47:53
6楼2011-04-14 08:56:28
2楼2011-01-22 17:54:54
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9楼2011-04-15 21:36:31