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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » LAMMPS/DL_POLY » 【求助】LAMMPS-运行报错
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kehan_1230

铜虫 (小有名气)

[交流] 【求助】LAMMPS-运行报错 已有4人参与

一开始用lammps的时候，写了个比较粗糙的代码产生data文件。  前段时间大量的算东西，重新把产生初态的代码整理了一下。
       可是用新写的代码建完初态以后，用lammps跑出现了这个问题。
       ERROR on proc 0: Failed to allocate -767799296 bytes for array special : onetwo
       手册上说：Your LAMMPS simulation has run out of memory.You need to run a smaller simulation or on more processors.
       令我感到比较诧异的是我仔细对比过前后两个代码生成的初态，没有任何的不同。
       手册说是内存的问题，可是我写的两个初态是一样大的，为什么前一个不出现这个问题，而后面这个就出错呢？真的是内存的问题吗？
       我想问下有没有人遇到这个问题，有没有相应的解决方法？
       或者是不是我lammps的data文件有一些细节我没有注意到，大家能不能说说在写data文件的过程中一些需要注意的细节。
请大家不吝赐教。。。
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1楼 2011-04-10 17:13:51
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老虎大王

木虫 (著名写手)
★ ★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
御剑江湖(金币+3): 谢谢 2011-04-11 10:39:37
你内存多少，你写的构型有多大，连这些基本问题你都不说，谁能帮你啊。错误提示上说 一个数组（onetwo) 需要开700多M的内存，你现在内存可能是不大够，也可能是内存条出了什么问题？就是这样。你机器上内存有多少？你的原子数有多少？

你以前运行的和现在运行的，是否使用的同一版本的Lammps程序？输入文件是否完全相同？data文件是不是肯定是完全一样？
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2楼2011-04-10 22:07:31
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kehan_1230

铜虫 (小有名气)
引用回帖:
Originally posted by 老虎大王 at 2011-04-10 22:07:31:
你内存多少，你写的构型有多大，连这些基本问题你都不说，谁能帮你啊。错误提示上说 一个数组（onetwo) 需要开700多M的内存，你现在内存可能是不大够，也可能是内存条出了什么问题？就是这样。你机器上内存有多少 ...

你好，非常感谢你的回复。这样，我是在组里的集群上算的，内存什么的应该是没有问题的（我跑过比现在这个体系还大的体系都没有问题）。
我做的是DPD，原子数接近14w。
回答你后面的几个问题：
（1）使用同一版本的lammps；
（2）同一个输入文件；
（3）data文件应该是一样的。因为体系较大，不可能逐行核对。我对比过自己前后两次的产生初态的代码，没有问题。
现在就是感觉自己的data文件可能存在问题，我再检查下。
无论如何，谢谢你的回复。
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3楼2011-04-10 22:40:23
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kehan_1230

铜虫 (小有名气)
还是找不出问题啊……
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4楼2011-04-11 09:57:00
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老虎大王

木虫 (著名写手)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
逐行核对。。。呵呵。用diff看一下就可以了。
另外，先用你的代码生成一个很小的体系，比如20个原子，你就可以看到整个data文件，看看格式什么有没有问题，看看可否运行。如果没有问题，加大原子数，2000个看看，二万看看，二十万再看看，如果小系统可以，大体系不行，那还是内存有问题。另外通过系统监测工具，看看内存使用情况，是不是运行其它的程序占了内存？
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5楼2011-04-11 11:20:45
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kehan_1230

铜虫 (小有名气)
引用回帖:
Originally posted by 老虎大王 at 2011-04-11 11:20:45:
逐行核对。。。呵呵。用diff看一下就可以了。
另外，先用你的代码生成一个很小的体系，比如20个原子，你就可以看到整个data文件，看看格式什么有没有问题，看看可否运行。如果没有问题，加大原子数，2000个看看， ...

恩。
我试过小体系，没有问题。可能也真是内存的问题。
问一下，diff是个什么东西？
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6楼2011-04-11 11:35:53
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老虎大王

木虫 (著名写手)
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ghcacj(金币+4): 谢谢 2011-04-11 18:03:44
diff是比较文件内容的一个Linux命令。另外，是不是内存不够，你只需要查看一下本机内存情况和内存使用信息就知道了，比如free命令、查看meminfo文件内容等等，一般的系统也会提供system moritor之类的工具软件。很简单的。
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7楼2011-04-11 16:22:36
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kehan_1230

铜虫 (小有名气)
引用回帖:
Originally posted by 老虎大王 at 2011-04-11 16:22:36:
diff是比较文件内容的一个Linux命令。另外，是不是内存不够，你只需要查看一下本机内存情况和内存使用信息就知道了，比如free命令、查看meminfo文件内容等等，一般的系统也会提供system moritor之类的工具软件。很 ...

非常感谢老虎大王的建议，现在错误已铲除。。。
说来惭愧，错误竟然是我新写的产生data文件的代码中存在一个非常不起眼的错误。。。
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8楼2011-04-11 17:33:57
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xqyan

新虫 (初入文坛)
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小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
引用回帖:
8楼: Originally posted by kehan_1230 at 2011-04-11 17:33:57
非常感谢老虎大王的建议，现在错误已铲除。。。
说来惭愧，错误竟然是我新写的产生data文件的代码中存在一个非常不起眼的错误。。。...

你好，请问是怎么解决的，我也遇到同样问题~万分感谢
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9楼2014-09-09 14:16:52
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liuzihuhu

新虫 (初入文坛)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
引用回帖:
9楼: Originally posted by xqyan at 2014-09-09 14:16:52
你好，请问是怎么解决的，我也遇到同样问题~万分感谢...

题主应该公布一下错误原因造福人类啊
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10楼2015-10-27 10:05:24
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