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kehan_1230

铜虫 (小有名气)

[交流] 【求助】LAMMPS-运行报错 已有4人参与

一开始用lammps的时候,写了个比较粗糙的代码产生data文件。  前段时间大量的算东西,重新把产生初态的代码整理了一下。
       可是用新写的代码建完初态以后,用lammps跑出现了这个问题。
       ERROR on proc 0: Failed to allocate -767799296 bytes for array special : onetwo
       手册上说:Your LAMMPS simulation has run out of memory.You need to run a smaller simulation or on more processors.
       令我感到比较诧异的是我仔细对比过前后两个代码生成的初态,没有任何的不同。
       手册说是内存的问题,可是我写的两个初态是一样大的,为什么前一个不出现这个问题,而后面这个就出错呢?真的是内存的问题吗?
       我想问下有没有人遇到这个问题,有没有相应的解决方法?
       或者是不是我lammps的data文件有一些细节我没有注意到,大家能不能说说在写data文件的过程中一些需要注意的细节。
请大家不吝赐教。。。
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老虎大王

木虫 (著名写手)

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小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖交流
御剑江湖(金币+3): 谢谢 2011-04-11 10:39:37
你内存多少,你写的构型有多大,连这些基本问题你都不说,谁能帮你啊。错误提示上说 一个数组(onetwo) 需要开700多M的内存,你现在内存可能是不大够,也可能是内存条出了什么问题?就是这样。你机器上内存有多少?你的原子数有多少?

你以前运行的和现在运行的,是否使用的同一版本的Lammps程序?输入文件是否完全相同?data文件是不是肯定是完全一样?
2楼2011-04-10 22:07:31
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kehan_1230

铜虫 (小有名气)

引用回帖:
Originally posted by 老虎大王 at 2011-04-10 22:07:31:
你内存多少,你写的构型有多大,连这些基本问题你都不说,谁能帮你啊。错误提示上说 一个数组(onetwo) 需要开700多M的内存,你现在内存可能是不大够,也可能是内存条出了什么问题?就是这样。你机器上内存有多少 ...

你好,非常感谢你的回复。这样,我是在组里的集群上算的,内存什么的应该是没有问题的(我跑过比现在这个体系还大的体系都没有问题)。
我做的是DPD,原子数接近14w。
回答你后面的几个问题:
(1)使用同一版本的lammps;
(2)同一个输入文件;
(3)data文件应该是一样的。因为体系较大,不可能逐行核对。我对比过自己前后两次的产生初态的代码,没有问题。
现在就是感觉自己的data文件可能存在问题,我再检查下。
无论如何,谢谢你的回复。
3楼2011-04-10 22:40:23
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kehan_1230

铜虫 (小有名气)

还是找不出问题啊……
4楼2011-04-11 09:57:00
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老虎大王

木虫 (著名写手)


小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖交流
逐行核对。。。呵呵。用diff看一下就可以了。
另外,先用你的代码生成一个很小的体系,比如20个原子,你就可以看到整个data文件,看看格式什么有没有问题,看看可否运行。如果没有问题,加大原子数,2000个看看,二万看看,二十万再看看,如果小系统可以,大体系不行,那还是内存有问题。另外通过系统监测工具,看看内存使用情况,是不是运行其它的程序占了内存?
5楼2011-04-11 11:20:45
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kehan_1230

铜虫 (小有名气)

引用回帖:
Originally posted by 老虎大王 at 2011-04-11 11:20:45:
逐行核对。。。呵呵。用diff看一下就可以了。
另外,先用你的代码生成一个很小的体系,比如20个原子,你就可以看到整个data文件,看看格式什么有没有问题,看看可否运行。如果没有问题,加大原子数,2000个看看, ...

恩。
我试过小体系,没有问题。可能也真是内存的问题。
问一下,diff是个什么东西?
6楼2011-04-11 11:35:53
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老虎大王

木虫 (著名写手)

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ghcacj(金币+4): 谢谢 2011-04-11 18:03:44
diff是比较文件内容的一个Linux命令。另外,是不是内存不够,你只需要查看一下本机内存情况和内存使用信息就知道了,比如free命令、查看meminfo文件内容等等,一般的系统也会提供system moritor之类的工具软件。很简单的。
7楼2011-04-11 16:22:36
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kehan_1230

铜虫 (小有名气)

引用回帖:
Originally posted by 老虎大王 at 2011-04-11 16:22:36:
diff是比较文件内容的一个Linux命令。另外,是不是内存不够,你只需要查看一下本机内存情况和内存使用信息就知道了,比如free命令、查看meminfo文件内容等等,一般的系统也会提供system moritor之类的工具软件。很 ...

非常感谢老虎大王的建议,现在错误已铲除。。。
说来惭愧,错误竟然是我新写的产生data文件的代码中存在一个非常不起眼的错误。。。
8楼2011-04-11 17:33:57
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xqyan

新虫 (初入文坛)


小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
引用回帖:
8楼: Originally posted by kehan_1230 at 2011-04-11 17:33:57
非常感谢老虎大王的建议,现在错误已铲除。。。
说来惭愧,错误竟然是我新写的产生data文件的代码中存在一个非常不起眼的错误。。。...

你好,请问是怎么解决的,我也遇到同样问题~万分感谢
9楼2014-09-09 14:16:52
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liuzihuhu

新虫 (初入文坛)


小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
引用回帖:
9楼: Originally posted by xqyan at 2014-09-09 14:16:52
你好,请问是怎么解决的,我也遇到同样问题~万分感谢...

题主应该公布一下错误原因造福人类啊
10楼2015-10-27 10:05:24
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