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shixha

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[求助] Ubuntu 编译Lammps 单机串行错误，帮帮忙

ubuntu 10.04版本，下的最新lammps-15Apr11，我是新手，第一次接触lammps，大家帮我看看，那里不对，网上google得郁闷死了，还是解决不了

按照教程来编译如下：
gunzip lamps.tar.gz
tar xvf lamps.tar
mv lammps-5Dec10 lmp
cd lmp/src/STUBS
make clean
make

显示：
g++ -O -c mpi.cpp
mpi.cpp:36: warning: non-local variable ‘ double_int’ uses anonymous type
ar rs libmpi.a mpi.o
ar: creating libmpi.a
有个warning,不知道有没有关系

cd /lmp/src/MAKE
vim Makefile.serial  后出现修改Makefile.serial如下：
CC =          g++4 g++4改为g++
CCFLAGS =    -O
DEPFLAGS =    -M
LINK =       g++4 g++4改为g++
LINKFLAGS =    -O
LIB =
ARCHIVE =    ar
ARFLAGS =    -rc
SIZE =       size

cd /lmp/src
make clean-all
make serial

一大堆找不到.d文件，网上说是因为第一次编译，我不懂。。。
make[1]: 正在进入目录 `/home/shixha/Desktop/lmp/src'
make[1]:正在离开目录 `/home/shixha/Desktop/lmp/src'
make[1]: 正在进入目录 `/home/shixha/Desktop/lmp/src/Obj_serial'
Makefile:103: angle_charmm.d: 没有那个文件或目录
Makefile:103: angle_cosine.d: 没有那个文件或目录
Makefile:103: angle_cosine_delta.d: 没有那个文件或目录
Makefile:103: angle_cosine_periodic.d: 没有那个文件或目录
Makefile:103: angle_cosine_squared.d: 没有那个文件或目录
Makefile:103: angle.d: 没有那个文件或目录
Makefile:103: angle_harmonic.d: 没有那个文件或目录
Makefile:103: angle_hybrid.d: 没有那个文件或目录
Makefile:103: angle_table.d: 没有那个文件或目录
Makefile:103: atom.d: 没有那个文件或目录
Makefile:103: atom_vec_angle.d: 没有那个文件或目录
Makefile:103: atom_vec_atomic.d: 没有那个文件或目录
Makefile:103: atom_vec_bond.d: 没有那个文件或目录
Makefile:103: atom_vec_charge.d: 没有那个文件或目录
Makefile:103: atom_vec.d: 没有那个文件或目录
Makefile:103: atom_vec_full.d: 没有那个文件或目录
Makefile:103: atom_vec_hybrid.d: 没有那个文件或目录
Makefile:103: atom_vec_molecular.d: 没有那个文件或目录
Makefile:103: atom_vec_sphere.d: 没有那个文件或目录
Makefile:103: bond.d: 没有那个文件或目录
Makefile:103: bond_fene.d: 没有那个文件或目录
Makefile:103: bond_fene_expand.d: 没有那个文件或目录
Makefile:103: bond_harmonic.d: 没有那个文件或目录
Makefile:103: bond_hybrid.d: 没有那个文件或目录
Makefile:103: bond_morse.d: 没有那个文件或目录
Makefile:103: bond_nonlinear.d: 没有那个文件或目录
Makefile:103: bond_quartic.d: 没有那个文件或目录
Makefile:103: bond_table.d: 没有那个文件或目录
Makefile:103: change_box.d: 没有那个文件或目录
Makefile:103: comm.d: 没有那个文件或目录
Makefile:103: compute_angle_local.d: 没有那个文件或目录
Makefile:103: compute_atom_molecule.d: 没有那个文件或目录
Makefile:103: compute_bond_local.d: 没有那个文件或目录
Makefile:103: compute_centro_atom.d: 没有那个文件或目录
Makefile:103: compute_cluster_atom.d: 没有那个文件或目录
Makefile:103: compute_cna_atom.d: 没有那个文件或目录
Makefile:103: compute_com.d: 没有那个文件或目录
Makefile:103: compute_com_molecule.d: 没有那个文件或目录
Makefile:103: compute_coord_atom.d: 没有那个文件或目录
Makefile:103: compute.d: 没有那个文件或目录
Makefile:103: compute_dihedral_local.d: 没有那个文件或目录
Makefile:103: compute_displace_atom.d: 没有那个文件或目录
Makefile:103: compute_erotate_sphere.d: 没有那个文件或目录
Makefile:103: compute_group_group.d: 没有那个文件或目录
Makefile:103: compute_gyration.d: 没有那个文件或目录
Makefile:103: compute_gyration_molecule.d: 没有那个文件或目录
Makefile:103: compute_heat_flux.d: 没有那个文件或目录
Makefile:103: compute_improper_local.d: 没有那个文件或目录
Makefile:103: compute_ke_atom.d: 没有那个文件或目录
Makefile:103: compute_ke.d: 没有那个文件或目录
Makefile:103: compute_msd.d: 没有那个文件或目录
Makefile:103: compute_msd_molecule.d: 没有那个文件或目录
Makefile:103: compute_pair.d: 没有那个文件或目录
Makefile:103: compute_pair_local.d: 没有那个文件或目录
Makefile:103: compute_pe_atom.d: 没有那个文件或目录
Makefile:103: compute_pe.d: 没有那个文件或目录
Makefile:103: compute_pressure.d: 没有那个文件或目录
Makefile:103: compute_property_atom.d: 没有那个文件或目录
Makefile:103: compute_property_local.d: 没有那个文件或目录
Makefile:103: compute_property_molecule.d: 没有那个文件或目录
Makefile:103: compute_rdf.d: 没有那个文件或目录
Makefile:103: compute_reduce.d: 没有那个文件或目录
Makefile:103: compute_reduce_region.d: 没有那个文件或目录
Makefile:103: compute_stress_atom.d: 没有那个文件或目录
Makefile:103: compute_temp_com.d: 没有那个文件或目录
Makefile:103: compute_temp.d: 没有那个文件或目录
Makefile:103: compute_temp_deform.d: 没有那个文件或目录
Makefile:103: compute_temp_partial.d: 没有那个文件或目录
Makefile:103: compute_temp_profile.d: 没有那个文件或目录
Makefile:103: compute_temp_ramp.d: 没有那个文件或目录
Makefile:103: compute_temp_region.d: 没有那个文件或目录
Makefile:103: compute_temp_sphere.d: 没有那个文件或目录
Makefile:103: compute_ti.d: 没有那个文件或目录
Makefile:103: create_atoms.d: 没有那个文件或目录
Makefile:103: create_box.d: 没有那个文件或目录
Makefile:103: delete_atoms.d: 没有那个文件或目录
Makefile:103: delete_bonds.d: 没有那个文件或目录
Makefile:103: dihedral_charmm.d: 没有那个文件或目录
Makefile:103: dihedral.d: 没有那个文件或目录
Makefile:103: dihedral_harmonic.d: 没有那个文件或目录
Makefile:103: dihedral_helix.d: 没有那个文件或目录
Makefile:103: dihedral_hybrid.d: 没有那个文件或目录
Makefile:103: dihedral_multi_harmonic.d: 没有那个文件或目录
Makefile:103: dihedral_opls.d: 没有那个文件或目录
Makefile:103: displace_atoms.d: 没有那个文件或目录
Makefile:103: displace_box.d: 没有那个文件或目录
Makefile:103: domain.d: 没有那个文件或目录
Makefile:103: dump_atom.d: 没有那个文件或目录
Makefile:103: dump_cfg.d: 没有那个文件或目录
Makefile:103: dump.d: 没有那个文件或目录
Makefile:103: dump_custom.d: 没有那个文件或目录
Makefile:103: dump_dcd.d: 没有那个文件或目录
Makefile:103: dump_local.d: 没有那个文件或目录
Makefile:103: dump_xyz.d: 没有那个文件或目录
Makefile:103: error.d: 没有那个文件或目录
Makefile:103: ewald.d: 没有那个文件或目录
Makefile:103: fft3d.d: 没有那个文件或目录
Makefile:103: fft3d_wrap.d: 没有那个文件或目录
Makefile:103: finish.d: 没有那个文件或目录
Makefile:103: fix_adapt.d: 没有那个文件或目录
Makefile:103: fix_addforce.d: 没有那个文件或目录
Makefile:103: fix_ave_atom.d: 没有那个文件或目录
Makefile:103: fix_ave_correlate.d: 没有那个文件或目录
Makefile:103: fix_aveforce.d: 没有那个文件或目录
Makefile:103: fix_ave_histo.d: 没有那个文件或目录
Makefile:103: fix_ave_spatial.d: 没有那个文件或目录
Makefile:103: fix_ave_time.d: 没有那个文件或目录
Makefile:103: fix_bond_break.d: 没有那个文件或目录
Makefile:103: fix_bond_create.d: 没有那个文件或目录
Makefile:103: fix_bond_swap.d: 没有那个文件或目录
Makefile:103: fix_box_relax.d: 没有那个文件或目录
Makefile:103: fix.d: 没有那个文件或目录
Makefile:103: fix_deform.d: 没有那个文件或目录
Makefile:103: fix_deposit.d: 没有那个文件或目录
Makefile:103: fix_drag.d: 没有那个文件或目录
Makefile:103: fix_dt_reset.d: 没有那个文件或目录
Makefile:103: fix_efield.d: 没有那个文件或目录
Makefile:103: fix_enforce2d.d: 没有那个文件或目录
Makefile:103: fix_evaporate.d: 没有那个文件或目录
Makefile:103: fix_external.d: 没有那个文件或目录
Makefile:103: fix_gravity.d: 没有那个文件或目录
Makefile:103: fix_heat.d: 没有那个文件或目录
Makefile:103: fix_indent.d: 没有那个文件或目录
Makefile:103: fix_langevin.d: 没有那个文件或目录
Makefile:103: fix_lineforce.d: 没有那个文件或目录
Makefile:103: fix_minimize.d: 没有那个文件或目录
Makefile:103: fix_momentum.d: 没有那个文件或目录
Makefile:103: fix_move.d: 没有那个文件或目录
Makefile:103: fix_nh.d: 没有那个文件或目录
Makefile:103: fix_nh_sphere.d: 没有那个文件或目录
Makefile:103: fix_nph.d: 没有那个文件或目录
Makefile:103: fix_nph_sphere.d: 没有那个文件或目录
Makefile:103: fix_npt.d: 没有那个文件或目录
Makefile:103: fix_npt_sphere.d: 没有那个文件或目录
Makefile:103: fix_nve.d: 没有那个文件或目录
Makefile:103: fix_nve_limit.d: 没有那个文件或目录
Makefile:103: fix_nve_noforce.d: 没有那个文件或目录
Makefile:103: fix_nve_sphere.d: 没有那个文件或目录
Makefile:103: fix_nvt.d: 没有那个文件或目录
Makefile:103: fix_nvt_sllod.d: 没有那个文件或目录
Makefile:103: fix_nvt_sphere.d: 没有那个文件或目录
Makefile:103: fix_orient_fcc.d: 没有那个文件或目录
Makefile:103: fix_planeforce.d: 没有那个文件或目录
Makefile:103: fix_press_berendsen.d: 没有那个文件或目录
Makefile:103: fix_print.d: 没有那个文件或目录
Makefile:103: fix_qeq_comb.d: 没有那个文件或目录
Makefile:103: fix_read_restart.d: 没有那个文件或目录
Makefile:103: fix_recenter.d: 没有那个文件或目录
Makefile:103: fix_respa.d: 没有那个文件或目录
Makefile:103: fix_rigid.d: 没有那个文件或目录
Makefile:103: fix_rigid_nve.d: 没有那个文件或目录
Makefile:103: fix_rigid_nvt.d: 没有那个文件或目录
Makefile:103: fix_setforce.d: 没有那个文件或目录
Makefile:103: fix_shake.d: 没有那个文件或目录
Makefile:103: fix_shear_history.d: 没有那个文件或目录
Makefile:103: fix_spring.d: 没有那个文件或目录
Makefile:103: fix_spring_rg.d: 没有那个文件或目录
Makefile:103: fix_spring_self.d: 没有那个文件或目录
Makefile:103: fix_store_force.d: 没有那个文件或目录
Makefile:103: fix_store_state.d: 没有那个文件或目录
Makefile:103: fix_temp_berendsen.d: 没有那个文件或目录
Makefile:103: fix_temp_rescale.d: 没有那个文件或目录
Makefile:103: fix_thermal_conductivity.d: 没有那个文件或目录
Makefile:103: fix_tmd.d: 没有那个文件或目录
Makefile:103: fix_ttm.d: 没有那个文件或目录
Makefile:103: fix_viscosity.d: 没有那个文件或目录
Makefile:103: fix_viscous.d: 没有那个文件或目录
Makefile:103: fix_wall.d: 没有那个文件或目录
Makefile:103: fix_wall_harmonic.d: 没有那个文件或目录
Makefile:103: fix_wall_lj126.d: 没有那个文件或目录
Makefile:103: fix_wall_lj93.d: 没有那个文件或目录
Makefile:103: fix_wall_reflect.d: 没有那个文件或目录
Makefile:103: fix_wall_region.d: 没有那个文件或目录
Makefile:103: force.d: 没有那个文件或目录
Makefile:103: group.d: 没有那个文件或目录
Makefile:103: improper.d: 没有那个文件或目录
Makefile:103: improper_cvff.d: 没有那个文件或目录
Makefile:103: improper_harmonic.d: 没有那个文件或目录
Makefile:103: improper_hybrid.d: 没有那个文件或目录
Makefile:103: improper_umbrella.d: 没有那个文件或目录
Makefile:103: input.d: 没有那个文件或目录
Makefile:103: integrate.d: 没有那个文件或目录
Makefile:103: irregular.d: 没有那个文件或目录
Makefile:103: kspace.d: 没有那个文件或目录
Makefile:103: lammps.d: 没有那个文件或目录
Makefile:103: lattice.d: 没有那个文件或目录
Makefile:103: library.d: 没有那个文件或目录
Makefile:103: main.d: 没有那个文件或目录
Makefile:103: memory.d: 没有那个文件或目录
Makefile:103: min_cg.d: 没有那个文件或目录
Makefile:103: min.d: 没有那个文件或目录
Makefile:103: min_fire.d: 没有那个文件或目录
Makefile:103: min_hftn.d: 没有那个文件或目录
Makefile:103: minimize.d: 没有那个文件或目录
Makefile:103: min_linesearch.d: 没有那个文件或目录
Makefile:103: min_quickmin.d: 没有那个文件或目录
Makefile:103: min_sd.d: 没有那个文件或目录
Makefile:103: modify.d: 没有那个文件或目录
Makefile:103: neigh_bond.d: 没有那个文件或目录
Makefile:103: neighbor.d: 没有那个文件或目录
Makefile:103: neigh_derive.d: 没有那个文件或目录
Makefile:103: neigh_full.d: 没有那个文件或目录
Makefile:103: neigh_gran.d: 没有那个文件或目录
Makefile:103: neigh_half_bin.d: 没有那个文件或目录
Makefile:103: neigh_half_multi.d: 没有那个文件或目录
Makefile:103: neigh_half_nsq.d: 没有那个文件或目录
Makefile:103: neigh_list.d: 没有那个文件或目录
Makefile:103: neigh_request.d: 没有那个文件或目录
Makefile:103: neigh_respa.d: 没有那个文件或目录
Makefile:103: neigh_stencil.d: 没有那个文件或目录
Makefile:103: output.d: 没有那个文件或目录
Makefile:103: pack.d: 没有那个文件或目录
Makefile:103: pair_airebo.d: 没有那个文件或目录
Makefile:103: pair_born_coul_long.d: 没有那个文件或目录
Makefile:103: pair_born.d: 没有那个文件或目录
Makefile:103: pair_buck_coul_cut.d: 没有那个文件或目录
Makefile:103: pair_buck_coul_long.d: 没有那个文件或目录
Makefile:103: pair_buck.d: 没有那个文件或目录
Makefile:103: pair_comb.d: 没有那个文件或目录
Makefile:103: pair_coul_cut.d: 没有那个文件或目录
Makefile:103: pair_coul_debye.d: 没有那个文件或目录
Makefile:103: pair_coul_long.d: 没有那个文件或目录
Makefile:103: pair.d: 没有那个文件或目录
Makefile:103: pair_dpd.d: 没有那个文件或目录
Makefile:103: pair_dpd_tstat.d: 没有那个文件或目录
Makefile:103: pair_eam_alloy.d: 没有那个文件或目录
Makefile:103: pair_eam.d: 没有那个文件或目录
Makefile:103: pair_eam_fs.d: 没有那个文件或目录
Makefile:103: pair_eim.d: 没有那个文件或目录
Makefile:103: pair_gauss.d: 没有那个文件或目录
Makefile:103: pair_hbond_dreiding_lj.d: 没有那个文件或目录
Makefile:103: pair_hbond_dreiding_morse.d: 没有那个文件或目录
Makefile:103: pair_hybrid.d: 没有那个文件或目录
Makefile:103: pair_hybrid_overlay.d: 没有那个文件或目录
Makefile:103: pair_lj96_cut.d: 没有那个文件或目录
Makefile:103: pair_lj_charmm_coul_charmm.d: 没有那个文件或目录
Makefile:103: pair_lj_charmm_coul_charmm_implicit.d: 没有那个文件或目录
Makefile:103: pair_lj_charmm_coul_long.d: 没有那个文件或目录
Makefile:103: pair_lj_cut_coul_cut.d: 没有那个文件或目录
Makefile:103: pair_lj_cut_coul_debye.d: 没有那个文件或目录
Makefile:103: pair_lj_cut_coul_long.d: 没有那个文件或目录
Makefile:103: pair_lj_cut_coul_long_tip4p.d: 没有那个文件或目录
Makefile:103: pair_lj_cut.d: 没有那个文件或目录
Makefile:103: pair_lj_expand.d: 没有那个文件或目录
Makefile:103: pair_lj_gromacs_coul_gromacs.d: 没有那个文件或目录
Makefile:103: pair_lj_gromacs.d: 没有那个文件或目录
Makefile:103: pair_lj_smooth.d: 没有那个文件或目录
Makefile:103: pair_morse.d: 没有那个文件或目录
Makefile:103: pair_soft.d: 没有那个文件或目录
Makefile:103: pair_sw.d: 没有那个文件或目录
Makefile:103: pair_table.d: 没有那个文件或目录
Makefile:103: pair_tersoff.d: 没有那个文件或目录
Makefile:103: pair_tersoff_zbl.d: 没有那个文件或目录
Makefile:103: pair_yukawa.d: 没有那个文件或目录
Makefile:103: pppm.d: 没有那个文件或目录
Makefile:103: pppm_tip4p.d: 没有那个文件或目录
Makefile:103: random_mars.d: 没有那个文件或目录
Makefile:103: random_park.d: 没有那个文件或目录
Makefile:103: read_data.d: 没有那个文件或目录
Makefile:103: read_restart.d: 没有那个文件或目录
Makefile:103: region_block.d: 没有那个文件或目录
Makefile:103: region_cone.d: 没有那个文件或目录
Makefile:103: region.d: 没有那个文件或目录
Makefile:103: region_cylinder.d: 没有那个文件或目录
Makefile:103: region_intersect.d: 没有那个文件或目录
Makefile:103: region_plane.d: 没有那个文件或目录
Makefile:103: region_prism.d: 没有那个文件或目录
Makefile:103: region_sphere.d: 没有那个文件或目录
Makefile:103: region_union.d: 没有那个文件或目录
Makefile:103: remap.d: 没有那个文件或目录
Makefile:103: remap_wrap.d: 没有那个文件或目录
Makefile:103: replicate.d: 没有那个文件或目录
Makefile:103: respa.d: 没有那个文件或目录
Makefile:103: run.d: 没有那个文件或目录
Makefile:103: set.d: 没有那个文件或目录
Makefile:103: special.d: 没有那个文件或目录
Makefile:103: thermo.d: 没有那个文件或目录
Makefile:103: timer.d: 没有那个文件或目录
Makefile:103: universe.d: 没有那个文件或目录
Makefile:103: update.d: 没有那个文件或目录
Makefile:103: variable.d: 没有那个文件或目录
Makefile:103: velocity.d: 没有那个文件或目录
Makefile:103: verlet.d: 没有那个文件或目录
Makefile:103: write_restart.d: 没有那个文件或目录
g++ -O -DLAMMPS_GZIP  -I../STUBS -DFFT_NONE  -M write_restart.cpp > write_restart.d
g++ -O -DLAMMPS_GZIP  -I../STUBS -DFFT_NONE  -M verlet.cpp > verlet.d
g++ -O -DLAMMPS_GZIP  -I../STUBS -DFFT_NONE  -M velocity.cpp > velocity.d
g++ -O -DLAMMPS_GZIP  -I../STUBS -DFFT_NONE  -M variable.cpp > variable.d
g++ -O -DLAMMPS_GZIP  -I../STUBS -DFFT_NONE  -M update.cpp > update.d
g++ -O -DLAMMPS_GZIP  -I../STUBS -DFFT_NONE  -M universe.cpp > universe.d
g++ -O -DLAMMPS_GZIP  -I../STUBS -DFFT_NONE  -M timer.cpp > timer.d
g++ -O -DLAMMPS_GZIP  -I../STUBS -DFFT_NONE  -M thermo.cpp > thermo.d
g++ -O -DLAMMPS_GZIP  -I../STUBS -DFFT_NONE  -M special.cpp > special.d
g++ -O -DLAMMPS_GZIP  -I../STUBS -DFFT_NONE  -M set.cpp > set.d
set.cpp:21:32: error: atom_vec_ellipsoid.h: 没有那个文件或目录
make[1]: *** [set.d] 错误 1
make[1]:正在离开目录 `/home/shixha/Desktop/lmp/src/Obj_serial'
make: *** [serial] 错误 2

error: atom_vec_ellipsoid.h导致了无法编译

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1楼2011-04-23 14:49:13

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2楼2011-04-24 13:52:19

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Originally posted by shixha at 2011-04-23 14:49:13:
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[交流] 【500金币分子模拟版块活动】“经验力场分子模拟+第一性原理计算问题讨论互助及资源共享”
详见：http://muchong.com/bbs/viewthread.php?tid=3119249&fpage=1
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