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xxh418

新虫 (初入文坛)

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[求助] LAMMPS Error:lost atoms

大家好：
用LAMMPS模拟一个晶体体系，用的 P P S边界条件，一运行，出现ERROR： LOST ATOMS, ORIGINAL: *** ,NOW***. 奇怪的是我检查LOG文件，发现一开始程序是根据BOX设定找到了所有原子，可是在第一步初始计算还没开始时候出现此错误，所以不应该是步长问题，也减小了步长，确实不是不长问题，也没有原子重合之类问题。还有一个奇怪的是我用4个CORE，出现上述问题，如意用一个CORE，就可以运行了，不知道大家有什么建议

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1楼 2011-10-15 14:11:06

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wang06x

木虫 (小有名气)

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【答案】应助回帖

★
ghcacj(金币+1): 谢谢 2011-10-18 09:37:11

运行之前，先用minimize命令试试。

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低调

2楼2011-10-18 08:17:07

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xiaorongwei

金虫 (初入文坛)

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【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★
御剑江湖(金币+4): 谢谢 2011-10-18 20:17:14

引用回帖:

1楼: Originally posted by xxh418 at 2011-10-15 14:11:06:
大家好：
用LAMMPS模拟一个晶体体系，用的 P P S边界条件，一运行，出现ERROR： LOST ATOMS, ORIGINAL: *** ,NOW***. 奇怪的是我检查LOG文件，发现一开始程序是根据BOX设定找到了所有原子，可是在第一步初始计算 ...

z方向边界条件是S，在原有BOX大小的基础上将z方向的大小调大一点试试（假设盒子大小为-10,10，而填充原子部分为-9,9）。这样好像可以的。

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3楼2011-10-18 16:51:27

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