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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » LAMMPS/DL_POLY » LAMMPS Error:lost atoms
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xxh418

新虫 (初入文坛)

[求助] LAMMPS Error:lost atoms

大家好：
用LAMMPS模拟一个晶体体系， 用的 P P S边界条件，一运行，出现ERROR： LOST ATOMS, ORIGINAL: *** ,NOW***. 奇怪的是我检查LOG文件，发现一开始程序是根据BOX设定找到了所有原子，可是在第一步初始计算还没开始时候出现此错误，所以不应该是步长问题，也减小了步长，确实不是不长问题，也没有原子重合之类问题。还有一个奇怪的是我用4个CORE，出现上述问题，如意用一个CORE，就可以运行了，不知道大家有什么建议
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1楼 2011-10-15 14:11:06
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wang06x

木虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★
ghcacj(金币+1): 谢谢 2011-10-18 09:37:11
运行之前，先用minimize命令试试。
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低调
2楼2011-10-18 08:17:07
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xiaorongwei

金虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★
御剑江湖(金币+4): 谢谢 2011-10-18 20:17:14
引用回帖:
1楼: Originally posted by xxh418 at 2011-10-15 14:11:06:
大家好：
用LAMMPS模拟一个晶体体系， 用的 P P S边界条件，一运行，出现ERROR： LOST ATOMS, ORIGINAL: *** ,NOW***. 奇怪的是我检查LOG文件，发现一开始程序是根据BOX设定找到了所有原子，可是在第一步初始计算 ...

z方向边界条件是S，在原有BOX大小的基础上将z方向的大小调大一点试试（假设盒子大小为-10,10，而填充原子部分为-9,9）。这样好像可以的。
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3楼2011-10-18 16:51:27
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xxh418

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
2楼: Originally posted by wang06x at 2011-10-18 08:17:07:
运行之前，先用minimize命令试试。

谢谢回复， 如我帖子里提到，LOST ATOM是发生在计算初始能量之前报错，所以应该不是由于原子重贴所引起的。
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4楼2011-10-19 12:17:21
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xxh418

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
3楼: Originally posted by xiaorongwei at 2011-10-18 16:51:27:
z方向边界条件是S，在原有BOX大小的基础上将z方向的大小调大一点试试（假设盒子大小为-10,10，而填充原子部分为-9,9）。这样好像可以的。

谢谢答复，应该不是这个问题引起的，LOG文件显示一开始输出完盒子大小，然后给出总原子数是对的，所以一开始盒子应该是包含了所有原子的。
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5楼2011-10-19 12:25:02
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wbing58

禁虫 (小有名气)
本帖内容被屏蔽
6楼2013-10-24 22:09:14
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lvubaby

木虫 (正式写手)
引用回帖:
6楼: Originally posted by wbing58 at 2013-10-24 22:09:14
请问楼主后来是怎么解决掉lost atoms?

同问啊 ，我采用ffp边界条件时候也出现了这个问题，但是采用ssp时就没有了
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海风吹
7楼2013-11-14 10:19:41
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18717718552

新虫 (小有名气)
引用回帖:
6楼: Originally posted by wbing58 at 2013-10-24 22:09:14
请问楼主后来是怎么解决掉lost atoms?

你现在解决原子丢失的问题没？
怎么解决的？
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8楼2015-12-24 08:59:06
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