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阿三阿里宝宝

新虫 (初入文坛)

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[交流] 【求助】LAMMPS运行错误：Out of range atoms - cannot compute PPPM

运行LAMMPS出现以下内容：
LAMMPS (23 Aug 2010)
> Scanning data file ...
> 4 = max bonds/atom
> 6 = max angles/atom
> Reading data file ...
> orthogonal box = (-3.3562 -3.181 -3.2099) to (26.4202 26.9708 26.1994)
> 1 by 1 by 1 processor grid
> 1388 atoms
> 960 bonds
> 688 angles
> Finding 1-2 1-3 1-4 neighbors ...
> 4 = max # of 1-2 neighbors
> 3 = max # of 1-3 neighbors
> 3 = max # of 1-4 neighbors
> 4 = max # of special neighbors
> 1388 atoms in group all
> 1128 atoms in group water
> 260 atoms in group methane
> Finding SHAKE clusters ...
> 0 = # of size 2 clusters
> 0 = # of size 3 clusters
> 0 = # of size 4 clusters
> 376 = # of frozen angles
> PPPM initialization ...
> G vector = 0.30131
> grid = 25 25 24
> stencil order = 5
> RMS precision = 7.38705e-06
> brick FFT buffer size/proc = 38148 15000 17340
> Setting up run ...
> Memory usage per processor = 14.4062 Mbytes
> Step Temp Press Volume TotEng
> 0 356.69634 -nan 26404.024 6.5705214e+53
> ERROR: Out of range atoms - cannot compute PPPM
链接是data文件http://www.rayfile.com/files/3cd ... -8eca-0015c55db73d/
和in文件 http://www.rayfile.com/files/4ef ... -bc0d-0015c55db73d/

手册上说是初始结构的问题导致了原子重叠。我做的是NPT模拟，请问有谁知道这个问题应该怎样纠正啊？谢谢了，各位！！

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1楼 2011-01-04 09:49:09

已阅回复此楼关注TA 给TA发消息送TA红花 TA的回帖

gmchenwei

新虫 (初入文坛)

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★
阿三阿里宝宝(金币+2): 谢谢参与

请问，您当时这个问题是怎么解决的，遇到相同的问题，万分的纠结中。。。

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2楼2012-09-15 10:31:54

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jiaoyixiong

荣誉版主 (职业作家)

★ ★ ★ ★ ★ ★
阿三阿里宝宝(金币+2): 谢谢参与
chaizhm: 金币+5, 谢谢~ 2012-09-17 09:21:16

This error occus because atoms are moving too far

解决办法：调小时间步长，

先运行一个 energy minimization 命令

一般运行一段时间之后，如果温度比较高，再出现这样的报错信息，就是because atoms are moving too far
但是在第一步就出现这样“Out of range atoms - cannot compute PPPM”，那么就是模型建立的有问题，检查模型建立的过程，或者重新建模！

赞一下(1人)

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3楼2012-09-15 17:08:00

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