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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » LAMMPS/DL_POLY » 【求助】LAMMPS运行错误：Out of range atoms - cannot compute PPPM
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阿三阿里宝宝

新虫 (初入文坛)

[交流] 【求助】LAMMPS运行错误：Out of range atoms - cannot compute PPPM

运行LAMMPS出现以下内容：
LAMMPS (23 Aug 2010)
> Scanning data file ...
>   4 = max bonds/atom
>   6 = max angles/atom
> Reading data file ...
>   orthogonal box = (-3.3562 -3.181 -3.2099) to (26.4202 26.9708 26.1994)
>   1 by 1 by 1 processor grid
>   1388 atoms
>   960 bonds
>   688 angles
> Finding 1-2 1-3 1-4 neighbors ...
>   4 = max # of 1-2 neighbors
>   3 = max # of 1-3 neighbors
>   3 = max # of 1-4 neighbors
>   4 = max # of special neighbors
> 1388 atoms in group all
> 1128 atoms in group water
> 260 atoms in group methane
> Finding SHAKE clusters ...
>   0 = # of size 2 clusters
>   0 = # of size 3 clusters
>   0 = # of size 4 clusters
>   376 = # of frozen angles
> PPPM initialization ...
>   G vector = 0.30131
>   grid = 25 25 24
>   stencil order = 5
>   RMS precision = 7.38705e-06
>   brick FFT buffer size/proc = 38148 15000 17340
> Setting up run ...
> Memory usage per processor = 14.4062 Mbytes
> Step Temp Press Volume TotEng
>        0    356.69634         -nan    26404.024 6.5705214e+53
> ERROR: Out of range atoms - cannot compute PPPM
链接是data文件http://www.rayfile.com/files/3cd ... -8eca-0015c55db73d/
和in文件 http://www.rayfile.com/files/4ef ... -bc0d-0015c55db73d/


手册上说是初始结构的问题导致了原子重叠。我做的是NPT模拟，请问有谁知道这个问题应该怎样纠正啊？谢谢了，各位！！
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1楼 2011-01-04 09:49:09
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gmchenwei

新虫 (初入文坛)
★
阿三阿里宝宝(金币+2): 谢谢参与
请问，您当时这个问题是怎么解决的，遇到相同的问题，万分的纠结中。。。
赞一下(1人) 回复此楼
2楼2012-09-15 10:31:54
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

jiaoyixiong

荣誉版主 (职业作家)
★ ★ ★ ★ ★ ★
阿三阿里宝宝(金币+2): 谢谢参与
chaizhm: 金币+5, 谢谢~ 2012-09-17 09:21:16
This error occus because atoms are moving too far

解决办法：调小时间步长，

先运行一个  energy minimization 命令


一般运行一段时间之后，如果温度比较高，再出现这样的报错信息，就是because atoms are moving too far
但是在第一步就出现这样“Out of range atoms - cannot compute PPPM”，那么就是模型建立的有问题，检查模型建立的过程，或者重新建模！
赞一下(1人) 回复此楼
3楼2012-09-15 17:08:00
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匿名

用户注销 (文坛精英)
★
阿三阿里宝宝(金币+2): 谢谢参与
本帖仅楼主可见
赞一下
4楼2013-01-30 21:46:37
已阅   申请模拟EPI   回复此楼   编辑   查看我的主页

qphll

金虫 (正式写手)
★
阿三阿里宝宝(金币+2): 谢谢参与
很多时候， 需要修改一下
neighbor ， neigh_modify   

将delay数字减小
赞一下(1人) 回复此楼
5楼2013-02-08 13:04:59
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wup123

铁虫 (小有名气)
★ ★ ★
阿三阿里宝宝(金币+2): 谢谢参与
chaizhm: 金币+2, 谢谢~ 2013-02-19 19:59:06
1是结构有问题
2 参数由于粗心写错了
3 timestep太大，做npt时，不要先用1.0，先用0.1跑个几万步，在调大就可。
赞一下 回复此楼
6楼2013-02-15 10:50:31
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nmgxulingchi

新虫 (初入文坛)
★
阿三阿里宝宝(金币+2): 谢谢参与
引用回帖:
6楼: Originally posted by wup123 at 2013-02-15 10:50:31
1是结构有问题
2 参数由于粗心写错了
3 timestep太大，做npt时，不要先用1.0，先用0.1跑个几万步，在调大就可。

你好，能具体说说2中的参数写错了指的是什么？怎么改啊？谢谢！
赞一下 回复此楼
8楼2013-11-07 17:06:03
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jane85567楼
2013-08-20 16:29   回复  
阿三阿里宝宝(金币+2): 谢谢参与
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