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【求助】LAMMPS运行错误：Out of range atoms - cannot compute PPPM
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运行LAMMPS出现以下内容： LAMMPS (23 Aug 2010) > Scanning data file ... > 4 = max bonds/atom > 6 = max angles/atom > Reading data file ... > orthogonal box = (-3.3562 -3.181 -3.2099) to (26.4202 26.9708 26.1994) > 1 by 1 by 1 processor grid > 1388 atoms > 960 bonds > 688 angles > Finding 1-2 1-3 1-4 neighbors ... > 4 = max # of 1-2 neighbors > 3 = max # of 1-3 neighbors > 3 = max # of 1-4 neighbors > 4 = max # of special neighbors > 1388 atoms in group all > 1128 atoms in group water > 260 atoms in group methane > Finding SHAKE clusters ... > 0 = # of size 2 clusters > 0 = # of size 3 clusters > 0 = # of size 4 clusters > 376 = # of frozen angles > PPPM initialization ... > G vector = 0.30131 > grid = 25 25 24 > stencil order = 5 > RMS precision = 7.38705e-06 > brick FFT buffer size/proc = 38148 15000 17340 > Setting up run ... > Memory usage per processor = 14.4062 Mbytes > Step Temp Press Volume TotEng > 0 356.69634 -nan 26404.024 6.5705214e+53 > ERROR: Out of range atoms - cannot compute PPPM 链接是data文件http://www.rayfile.com/files/3cd ... -8eca-0015c55db73d/ 和in文件 http://www.rayfile.com/files/4ef ... -bc0d-0015c55db73d/ 手册上说是初始结构的问题导致了原子重叠。我做的是NPT模拟，请问有谁知道这个问题应该怎样纠正啊？谢谢了，各位！！ |
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厉娜
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2楼2012-09-15 10:31:54
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阿三阿里宝宝(金币+2): 谢谢参与
chaizhm: 金币+5, 谢谢~ 2012-09-17 09:21:16
阿三阿里宝宝(金币+2): 谢谢参与
chaizhm: 金币+5, 谢谢~ 2012-09-17 09:21:16
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This error occus because atoms are moving too far 解决办法：调小时间步长， 先运行一个 energy minimization 命令 一般运行一段时间之后，如果温度比较高，再出现这样的报错信息，就是because atoms are moving too far 但是在第一步就出现这样“Out of range atoms - cannot compute PPPM”，那么就是模型建立的有问题，检查模型建立的过程，或者重新建模！ |
3楼2012-09-15 17:08:00
4楼2013-01-30 21:46:37
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jane85567楼
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阿三阿里宝宝(金币+2): 谢谢参与
