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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » LAMMPS/DL_POLY » 【求助】LAMMPS运行错误：Out of range atoms - cannot compute PPPM
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阿三阿里宝宝

新虫 (初入文坛)

[交流] 【求助】LAMMPS运行错误：Out of range atoms - cannot compute PPPM

运行LAMMPS出现以下内容：
LAMMPS (23 Aug 2010)
> Scanning data file ...
>   4 = max bonds/atom
>   6 = max angles/atom
> Reading data file ...
>   orthogonal box = (-3.3562 -3.181 -3.2099) to (26.4202 26.9708 26.1994)
>   1 by 1 by 1 processor grid
>   1388 atoms
>   960 bonds
>   688 angles
> Finding 1-2 1-3 1-4 neighbors ...
>   4 = max # of 1-2 neighbors
>   3 = max # of 1-3 neighbors
>   3 = max # of 1-4 neighbors
>   4 = max # of special neighbors
> 1388 atoms in group all
> 1128 atoms in group water
> 260 atoms in group methane
> Finding SHAKE clusters ...
>   0 = # of size 2 clusters
>   0 = # of size 3 clusters
>   0 = # of size 4 clusters
>   376 = # of frozen angles
> PPPM initialization ...
>   G vector = 0.30131
>   grid = 25 25 24
>   stencil order = 5
>   RMS precision = 7.38705e-06
>   brick FFT buffer size/proc = 38148 15000 17340
> Setting up run ...
> Memory usage per processor = 14.4062 Mbytes
> Step Temp Press Volume TotEng
>        0    356.69634         -nan    26404.024 6.5705214e+53
> ERROR: Out of range atoms - cannot compute PPPM
链接是data文件http://www.rayfile.com/files/3cd ... -8eca-0015c55db73d/
和in文件 http://www.rayfile.com/files/4ef ... -bc0d-0015c55db73d/


手册上说是初始结构的问题导致了原子重叠。我做的是NPT模拟，请问有谁知道这个问题应该怎样纠正啊？谢谢了，各位！！
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1楼 2011-01-04 09:49:09
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qphll

金虫 (正式写手)
★
阿三阿里宝宝(金币+2): 谢谢参与
很多时候， 需要修改一下
neighbor ， neigh_modify   

将delay数字减小
赞一下(1人) 回复此楼
5楼2013-02-08 13:04:59
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