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奈落之夜

木虫 (正式写手)

[求助] 【求助】lammps关于fix ave/spatial命令应用问题

想利用fix ave/spatial的分层和求平均来做一个热传导,传导后希望能够得到每一层的温度能量来画图,如何能输出每一层的能量啊 。可有例子。用compute 1 all ke/atom 或者计算temp 添加在后面 能否输出每一层的能量和温度

[ Last edited by 奈落之夜 on 2014-2-18 at 17:50 ]
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zhang53201

铜虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★
月只蓝: 金币+1, 鼓励交流! 2014-02-25 21:45:56
奈落之夜: 金币+5, ★★★很有帮助 2014-02-26 20:25:57
温度是统计平均的值,只有原子数目多了,才有意义。不过你可以对region设置很多小的片层,用compute 计算每个片层的温度,但这个厚度不能太少。compute 那里就写成特定的那块层。
2楼2014-02-25 20:38:49
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奈落之夜

木虫 (正式写手)

★ ★
月只蓝: 金币+2, 鼓励交流! 2014-02-26 21:59:04
引用回帖:
2楼: Originally posted by zhang53201 at 2014-02-25 20:38:49
温度是统计平均的值,只有原子数目多了,才有意义。不过你可以对region设置很多小的片层,用compute 计算每个片层的温度,但这个厚度不能太少。compute 那里就写成特定的那块层。

多谢 我会注意原子数目的。 有几个问题请问一下,
问题1:compute设置成特定的那块层,是说要在前面设置compute的时候就设定吗,这个命令会不会自己输出特定层的。也就是说我再前面设定compute ke/atom,例如下面的例子compute           ke all ke/atom
compute           ke all ke/atom
variable          temp atom c_ke/1.5/8.617343e-5
variable          x  atom  x
variable          y  atom  y
variable          z  atom  z
fix               temp_profile_graphene   mobile     ave/spatial  1  100 1000  z  lower  ${delta_CNT}  c_ke v_z  v_temp  file  temp_profile_graphene_hss2.dat   units  reduced
定义的时候只是定义了计算每个原子的动能之类。输出的时候能不能对应于每个层输出相应层的数据.

问题2:我建的就是石墨烯 不太规则所以lattice不知道如何定义。如果用reduced应该不用设置lattice。假设在x方向分25层是不是就应该定义为fix               temp_profile_graphene   mobile     ave/spatial  1  100 1000  x  lower  0.04  c_ke v_z  v_temp  file  temp_profile_graphene_hss2.dat   units  reduced。
norm这个命令用不用加上,
问题3:有解释说norm关键字影响到每Nfreq步的输出结果如何平均出来。对于all选项,层属性对所有Nrepeat个采样点的所有原子进行平均,输出值是总量和/总原子数。是不是加上norm all之后算的值才是整个层所有原子平均的温度或者能量的。
问题:4:里面的ave 说设为one为每个 输出步 都是独立的输出结果。而runing则输出步的计算还要与以前输出的计算值进行平均。这是如何与以前的计算进行平均。例如上面设置的 每1000步 把前面100步的结果进行计算。这个如果设置了ave runing或者one会有什么不同呢。
感觉是自己知识不够,看说明书,看别人的翻译看不太懂。希望能帮我解答一下
3楼2014-02-26 20:23:53
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zhang53201

铜虫 (小有名气)


月只蓝: 金币+1, 鼓励交流! 2014-02-28 08:14:48
引用回帖:
3楼: Originally posted by 奈落之夜 at 2014-02-26 20:23:53
多谢 我会注意原子数目的。 有几个问题请问一下,
问题1:compute设置成特定的那块层,是说要在前面设置compute的时候就设定吗,这个命令会不会自己输出特定层的。也就是说我再前面设定compute ke/atom,例如下面的 ...

这么多问题啊。我说下问题一吧,第一种方法是,compute的时候,不要写all,写group1,group2,等。
第二种,就是写个脚本,按照你几何形状的左边位置,对输出的原子提取一下。

问题二是,什么norm。。?
4楼2014-02-27 20:57:06
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奈落之夜

木虫 (正式写手)

引用回帖:
4楼: Originally posted by zhang53201 at 2014-02-27 20:57:06
这么多问题啊。我说下问题一吧,第一种方法是,compute的时候,不要写all,写group1,group2,等。
第二种,就是写个脚本,按照你几何形状的左边位置,对输出的原子提取一下。

问题二是,什么norm。。?...

晕,不好意思这么久才回复你。第一个问题就是group只能设置21组 所以才不能用grouop的  这个命令感觉解释像能直接输出每个层而且每个层都可以输出局部属性才这样的。第二个问题和第三个是一起看的我弄错了。不过这边不让再次修改了。这个fix   ave/spatial   后面有个小参数就是norm,我后来看了下 这个应该设置成all 这样就是所有的原子的平均。一般人都不写其实默认的也是all。就是第一个问题我不太确定是否能够像我想要的那样输出每个层的数据。
5楼2014-03-04 08:19:03
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