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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » LAMMPS/DL_POLY » lammps中change_box命令的使用,无法将模拟体系放在模拟盒子中间位置 急求~!
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tim562944200

金虫 (小有名气)

[交流] lammps中change_box命令的使用,无法将模拟体系放在模拟盒子中间位置 急求~!

在立方体的盒子中做完弛豫过程后,想在盒子的x方向上向正负两个方向各拉长一个距离75,使分子体系位于拉长后模拟盒子的中间位置,采用change_box命令
change_box          all x delta -75 150   units box
但是完成后分子体系一直位于模拟盒子左端的位置,不能到中间,求高手指导!
lammps中change_box命令的使用,无法将模拟体系放在模拟盒子中间位置  急求~!
jietu.png
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1楼 2013-11-25 13:01:47
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老虎大王

木虫 (著名写手)
★ ★ ★ ★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
月只蓝: 金币+3, 专家考核, 感谢指导！ 2014-02-14 15:09:47
你的命令不是两边各移动75，按照你的命令，你应该是左边界左移75，右边界右移150。你可对照Manual，看看生成的结果。

这种改变边界位置的事情，我一般不用这个命令。你弛豫过后，可以在文件末用write_data命令把构型写入一个文件，然后手工在文件上改，把xlo和xhi改成任何你要的数字，而坐标不变，然后存起来。然后写一个新的输入文件，用read_data命令把你改过的构型文件读进来。这是最保险的的作法了。也放心也不费事。
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3楼2013-11-28 09:39:19
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tim562944200

金虫 (小有名气)
引用回帖:
7楼: Originally posted by LoogCat at 2014-07-14 21:21:18
你用的是什么软件显示的啊？怎么显示盒子呢？

VMD显示的， 输入命令pbc box显示盒子
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8楼2014-07-16 10:53:57
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普通回帖

tim562944200

金虫 (小有名气)
自己已解决
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2楼2013-11-26 08:57:39
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tim562944200

金虫 (小有名气)
引用回帖:
3楼: Originally posted by 老虎大王 at 2013-11-28 09:39:19
你的命令不是两边各移动75，按照你的命令，你应该是左边界左移75，右边界右移150。你可对照Manual，看看生成的结果。

这种改变边界位置的事情，我一般不用这个命令。你弛豫过后，可以在文件末用write_data命令把 ...

谢谢回复,我一定会试一下你的方法,不过我弛豫过后用dis_change命令拉长了方向后接着开始模拟过程,会出现如下图片的问题,我个人理解是弛豫过后有些分子在边界上不完整造成的,不知道你的方法会不会有这样的问题? 也请教一下这样的问题如何解决?
lammps中change_box命令的使用,无法将模拟体系放在模拟盒子中间位置  急求~!-1
2013-11-28 14:26:08的屏幕截图.png
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4楼2013-11-28 14:32:27
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jiaoyixiong

荣誉版主 (职业作家)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
好简单啊，把你的模拟体系整体平移一段不久行了。
从你的图上看，把所有的原子x坐标加上大概盒子长度的一半不就到中间了？
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5楼2013-11-28 14:57:42
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tim562944200

金虫 (小有名气)
引用回帖:
5楼: Originally posted by jiaoyixiong at 2013-11-28 14:57:42
好简单啊，把你的模拟体系整体平移一段不久行了。
从你的图上看，把所有的原子x坐标加上大概盒子长度的一半不就到中间了？

谢谢 已经解决了
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6楼2013-11-28 15:07:46
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LoogCat

铁虫 (小有名气)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
你用的是什么软件显示的啊？怎么显示盒子呢？
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7楼2014-07-14 21:21:18
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fengliu

铁杆木虫 (小有名气)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
楼主，能否说一下你是怎么解决的吗？谢谢。
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9楼2014-10-31 10:29:16
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superbuff

新虫 (初入文坛)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
请问楼主，你是怎么解决wrap的问题的
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10楼2015-11-04 07:06:44
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fyz_ok

金虫 (正式写手)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
引用回帖:
2楼: Originally posted by tim562944200 at 2013-11-26 08:57:39
自己已解决

请问你是怎么解决的呢？

发自小木虫IOS客户端
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11楼2016-09-13 04:54:37
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