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xiaowu787

木虫 (正式写手)

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[交流] 【讨论】LAMMPS的replicate command与creat box区别已有2人参与

LAMMPS的replicate command可以周期性增加模拟的原子。replicate command通常是不是在有data file的情况下使用，在data file通常已经设定过xlo xhi ylo yhi zlo zhi 这个区间通常比体系中原子的坐标值稍大。
35 48 xlo xhi
35 48 ylo yhi
35 48 zlo zhi
那么在使用replicate command时是只复制原子呢还是复制整个盒子呢？如果复制的是盒子的话，那么复制以后盒子之间会不会产生间隙呢？这样的话间隙又该怎么处理呢？

下面是运行LAMMPS-meam中自带的例子：
使用的命令是
replicate 30 30 35

运行结果为：
  orthogonal box = (-6 -6 -6) to (5.97232 5.97232 5.97232)
  128 atoms
Replicating atoms ...
  orthogonal box = (-6 -6 -6) to (353.17 353.17 293.308)
  2880000 atoms

replicate command与周期性晶体中用creat box设置模拟的原子数区别又在哪呢？

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1楼2010-05-09 21:32:47

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老虎大王

木虫 (著名写手)

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ghcacj(金币+5):谢谢 2010-05-10 08:20:37

replicate不能生成新的原子，只能复制已经有的原子，它不但复制原子本身，还复制其速度等一切性质。这个命令可以应用于运行期间。
而create box 命令只是生成一个盒子，它和lattice, create_atoms等命令结合，可以生成新的原子。它只能用于程序的开始，而且只能用一次。

“那么在使用replicate command时是只复制原子呢还是复制整个盒子呢？如果复制的是盒子的话，那么复制以后盒子之间会不会产生间隙呢？”

————这个问题，有点那个。尤其是“间隙”。呵呵。不过这个担心也是很自然的。建议你自己试试看就知道了。实际应用一下，看看新生成的原子是如何排列的，与老原子的位置关系如何，你就全明白了。