[交流] lammps中change_box命令的使用,无法将模拟体系放在模拟盒子中间位置急求~!

在立方体的盒子中做完弛豫过程后,想在盒子的x方向上向正负两个方向各拉长一个距离75,使分子体系位于拉长后模拟盒子的中间位置,采用change_box命令
change_box all x delta -75 150 units box
但是完成后分子体系一直位于模拟盒子左端的位置,不能到中间,求高手指导!

jietu.png

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1楼 2013-11-25 13:01:47

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tim562944200

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引用回帖:

7楼: Originally posted by LoogCat at 2014-07-14 21:21:18
你用的是什么软件显示的啊？怎么显示盒子呢？

VMD显示的，输入命令pbc box显示盒子

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8楼2014-07-16 10:53:57

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老虎大王

木虫 (著名写手)

★ ★ ★ ★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
月只蓝: 金币+3, 专家考核, 感谢指导！ 2014-02-14 15:09:47

你的命令不是两边各移动75，按照你的命令，你应该是左边界左移75，右边界右移150。你可对照Manual，看看生成的结果。

这种改变边界位置的事情，我一般不用这个命令。你弛豫过后，可以在文件末用write_data命令把构型写入一个文件，然后手工在文件上改，把xlo和xhi改成任何你要的数字，而坐标不变，然后存起来。然后写一个新的输入文件，用read_data命令把你改过的构型文件读进来。这是最保险的的作法了。也放心也不费事。

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3楼2013-11-28 09:39:19

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tim562944200

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3楼: Originally posted by 老虎大王 at 2013-11-28 09:39:19
你的命令不是两边各移动75，按照你的命令，你应该是左边界左移75，右边界右移150。你可对照Manual，看看生成的结果。

这种改变边界位置的事情，我一般不用这个命令。你弛豫过后，可以在文件末用write_data命令把 ...

谢谢回复,我一定会试一下你的方法,不过我弛豫过后用dis_change命令拉长了方向后接着开始模拟过程,会出现如下图片的问题,我个人理解是弛豫过后有些分子在边界上不完整造成的,不知道你的方法会不会有这样的问题? 也请教一下这样的问题如何解决?