应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » LAMMPS/DL_POLY » lammps中change_box命令的使用,无法将模拟体系放在模拟盒子中间位置 急求~!
北京石油化工学院2026年研究生招生接收调剂公告
111/1返回列表
查看: 4081  |  回复: 10
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看

tim562944200

金虫 (小有名气)

[交流] lammps中change_box命令的使用,无法将模拟体系放在模拟盒子中间位置 急求~!

在立方体的盒子中做完弛豫过程后,想在盒子的x方向上向正负两个方向各拉长一个距离75,使分子体系位于拉长后模拟盒子的中间位置,采用change_box命令
change_box          all x delta -75 150   units box
但是完成后分子体系一直位于模拟盒子左端的位置,不能到中间,求高手指导!
lammps中change_box命令的使用,无法将模拟体系放在模拟盒子中间位置  急求~!
jietu.png
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:

» 抢金币啦！回帖就可以得到:

查看全部散金贴
1楼 2013-11-25 13:01:47
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
回帖支持 ( 显示支持度最高的前 50 名 )

老虎大王

木虫 (著名写手)
★ ★ ★ ★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
月只蓝: 金币+3, 专家考核, 感谢指导！ 2014-02-14 15:09:47
你的命令不是两边各移动75，按照你的命令，你应该是左边界左移75，右边界右移150。你可对照Manual，看看生成的结果。

这种改变边界位置的事情，我一般不用这个命令。你弛豫过后，可以在文件末用write_data命令把构型写入一个文件，然后手工在文件上改，把xlo和xhi改成任何你要的数字，而坐标不变，然后存起来。然后写一个新的输入文件，用read_data命令把你改过的构型文件读进来。这是最保险的的作法了。也放心也不费事。
赞一下(1人) 回复此楼
3楼2013-11-28 09:39:19
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

tim562944200

金虫 (小有名气)
引用回帖:
7楼: Originally posted by LoogCat at 2014-07-14 21:21:18
你用的是什么软件显示的啊？怎么显示盒子呢？

VMD显示的， 输入命令pbc box显示盒子
赞一下(1人) 回复此楼
8楼2014-07-16 10:53:57
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
普通回帖

tim562944200

金虫 (小有名气)
自己已解决
回复此楼
2楼2013-11-26 08:57:39
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

tim562944200

金虫 (小有名气)
引用回帖:
3楼: Originally posted by 老虎大王 at 2013-11-28 09:39:19
你的命令不是两边各移动75，按照你的命令，你应该是左边界左移75，右边界右移150。你可对照Manual，看看生成的结果。

这种改变边界位置的事情，我一般不用这个命令。你弛豫过后，可以在文件末用write_data命令把 ...

谢谢回复,我一定会试一下你的方法,不过我弛豫过后用dis_change命令拉长了方向后接着开始模拟过程,会出现如下图片的问题,我个人理解是弛豫过后有些分子在边界上不完整造成的,不知道你的方法会不会有这样的问题? 也请教一下这样的问题如何解决?
lammps中change_box命令的使用,无法将模拟体系放在模拟盒子中间位置  急求~!-1
2013-11-28 14:26:08的屏幕截图.png
赞一下 回复此楼
4楼2013-11-28 14:32:27
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

jiaoyixiong

荣誉版主 (职业作家)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
好简单啊，把你的模拟体系整体平移一段不久行了。
从你的图上看，把所有的原子x坐标加上大概盒子长度的一半不就到中间了？
赞一下 回复此楼
5楼2013-11-28 14:57:42
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

tim562944200

金虫 (小有名气)
引用回帖:
5楼: Originally posted by jiaoyixiong at 2013-11-28 14:57:42
好简单啊，把你的模拟体系整体平移一段不久行了。
从你的图上看，把所有的原子x坐标加上大概盒子长度的一半不就到中间了？

谢谢 已经解决了
回复此楼
6楼2013-11-28 15:07:46
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

LoogCat

铁虫 (小有名气)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
你用的是什么软件显示的啊？怎么显示盒子呢？
赞一下 回复此楼
7楼2014-07-14 21:21:18
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

fengliu

铁杆木虫 (小有名气)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
楼主，能否说一下你是怎么解决的吗？谢谢。
赞一下 回复此楼
9楼2014-10-31 10:29:16
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

superbuff

新虫 (初入文坛)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
请问楼主，你是怎么解决wrap的问题的
赞一下 回复此楼
10楼2015-11-04 07:06:44
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

fyz_ok

金虫 (正式写手)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
引用回帖:
2楼: Originally posted by tim562944200 at 2013-11-26 08:57:39
自己已解决

请问你是怎么解决的呢？

发自小木虫IOS客户端
赞一下 回复此楼
11楼2016-09-13 04:54:37
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 tim562944200 的主题更新
111/1返回列表
普通表情 龙 兔 虎 猫 高级回复 (可上传附件)
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 材料调剂 +11 一样YWY 2026-04-02 13/650 2026-04-04 23:10 by 无际的草原
[考研] 282求调剂 +6 aaa车辆 2026-04-02 9/450 2026-04-04 22:15 by arrow8852
[考研] 材料专硕 调剂 +13 CXN123456 2026-04-03 13/650 2026-04-04 21:59 by hemengdong
[考研] 一志愿华南师范361分，化学求调剂 +7 Nicole88888 2026-04-01 7/350 2026-04-04 18:28 by macy2011
[考研] 321求调剂 +13 认真求上学 2026-04-02 13/650 2026-04-04 18:23 by macy2011
[考研] 085600，专业课化工原理，320分求调剂 +8 大馋小子 2026-03-29 8/400 2026-04-04 16:21 by dongzh2009
[考研] 295求调剂 +3 尚偌呀 2026-04-03 4/200 2026-04-03 21:23 by zhq0425
[考研] 282求调剂 不挑专业 求收留 +7 Yam. 2026-03-30 8/400 2026-04-03 14:12 by zhangdingwa
[考研] 302求调剂 +9 zyx上岸！ 2026-04-02 9/450 2026-04-02 23:07 by 马儿快快地跑
[考研] 275学硕081000服从调剂到其他专业，保不住本专业了 +7 一只小小水牛 2026-04-02 8/400 2026-04-02 14:23 by alice-2022
[考研] 0832食品科学与工程学硕282调剂 +4 鱼在水中游a 2026-04-02 7/350 2026-04-02 14:12 by baoball
[考研] 286分调剂 +20 Faune 2026-03-30 22/1100 2026-04-02 13:24 by clyblh
[考研] 土木304求调剂 +6 兔突突突， 2026-03-31 7/350 2026-04-02 09:06 by coolminer
[考研] 070300化学279求调剂 +15 哈哈哈^_^ 2026-03-31 17/850 2026-04-01 21:37 by 给你你注意休息
[考研] 318求调剂 +8 七忆77 2026-04-01 8/400 2026-04-01 10:37 by Jaylen.
[考研] 326求调剂 +4 崽崽仔 2026-03-31 4/200 2026-04-01 09:58 by 我的船我的海
[考研] 英一数一总分334求调剂 +4 陈阳坤 2026-03-31 4/200 2026-03-31 14:22 by 记事本2026
[考研] 一志愿大连理工大学材料求调剂 +6 Gymno 2026-03-30 6/300 2026-03-31 07:26 by 无际的草原
[考研] 福建理工大学材料学院先进合金团队招收考研调剂学生 +3 大华金商都 2026-03-30 4/200 2026-03-31 01:04 by 方英俊602
[考研] 材料专硕 085600求调剂 +7 BBQ233 2026-03-30 7/350 2026-03-30 17:44 by oooqiao
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭