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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » LAMMPS/DL_POLY » lammps的时间步长问题
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xiaorongwei

金虫 (初入文坛)

[交流] lammps的时间步长问题 已有10人参与

我的in文件中units 是metal 默认的时间步长是0.001ps，而我现在模拟的时间比较长，所以我将时间步长timestep提高了10倍，即0.01。建立的模型也可以跑，暂时没有出现什么异常。  不知道各位对时间步长这么大有没有什么看法，会不会对计算结果有影响？
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1楼 2011-12-09 08:17:45
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chaizhm

木虫 (著名写手)
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御剑江湖(金币+3): 谢谢 2011-12-10 20:55:38
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4楼: Originally posted by xiaorongwei at 2011-12-09 19:30:18:
那在提高速度方面还有其他比较好的方法吗？

你看看在体系大小方面能不能做点文章，但是体系也不能太小，因为分子模拟好多参数都是通过统计平均得到，系统太小结果也不准确
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壁立万仞，无欲则刚
5楼2011-12-10 13:04:51
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lranan

铜虫 (小有名气)
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御剑江湖(金币+3): 谢谢 2011-12-10 20:55:21
温度较高时，时间步长就会影响比较大。所以温度较高时，选择较小的时间步长比较好……总的来说，时间步长主要是影响趋衡时所用的时间……
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6楼2011-12-10 20:37:08
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lranan

铜虫 (小有名气)
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jiaoyixiong(金币+2): 鼓励交流 2011-12-11 22:50:49
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9楼: Originally posted by xiaorongwei at 2011-12-11 08:51:03:
谢谢！你这里的温度的高低和模拟的系统应该是有关系的吧?这个温度高低的临界值也不好确定吧？

嗯，这个和模拟的系统是有关系的，但是一般情况下，室温时采用的步长时1fs,温度越高，时间步长应该越小。同时，为了减小误差，也应当选择较小的步长……
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11楼2011-12-11 10:56:38
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bay__gulf

金虫 (著名写手)

刘苏州
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jiaoyixiong(金币+5): 鼓励交流 2011-12-11 22:50:09
1fs 的标准是针对H原子而定的, 如果体系没有轻原子的话, 这个步长是可以加长的
lz 可以做一个小步长模拟, 找到体系的最小震动周期, 就可以确定合适的积分步长了
这个步长不宜过大, 也不宜过小
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7楼2011-12-11 08:42:07
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xiaorongwei

金虫 (初入文坛)
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5楼: Originally posted by chaizhm at 2011-12-10 13:04:51:
你看看在体系大小方面能不能做点文章，但是体系也不能太小，因为分子模拟好多参数都是通过统计平均得到，系统太小结果也不准确

体系很小的，以前跑过。后来也是因为体系太小计算结果不明显，所以现在增大了体系！谢谢
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8楼2011-12-11 08:48:29
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rencl1018

铜虫 (初入文坛)
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chaizhm(金币+2): 谢谢交流 2011-12-09 10:31:21
chaizhm(金币+2): 谢谢交流 2011-12-09 10:31:24
Lammps里面使用的是Velocity Verlet 积分时间步长算法，较大的时间步长会使能量的涨落比较大，10fs有点大了。
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2楼2011-12-09 10:00:40
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chaizhm

木虫 (著名写手)
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御剑江湖(金币+3): 谢谢 2011-12-10 20:55:41
jiaoyixiong(金币+2): 鼓励交流 2011-12-11 22:49:46
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1楼: Originally posted by xiaorongwei at 2011-12-09 08:17:45:
我的in文件中units 是metal 默认的时间步长是0.001ps，而我现在模拟的时间比较长，所以我将时间步长timestep提高了10倍，即0.01。建立的模型也可以跑，暂时没有出现什么异常。  不知道各位对时间步长这么大有没有 ...

不建议你通过增加时间步长的方法来提高速度。因为分子模拟用到很多数值方法对微分方程进行离散化，这样如果取的间隔太大，微积分就不满足了，系统很容易发散，对结果也会有比较大的影响
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壁立万仞，无欲则刚
3楼2011-12-09 10:33:05
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xiaorongwei

金虫 (初入文坛)
引用回帖:
3楼: Originally posted by chaizhm at 2011-12-09 10:33:05:
不建议你通过增加时间步长的方法来提高速度。因为分子模拟用到很多数值方法对微分方程进行离散化，这样如果取的间隔太大，微积分就不满足了，系统很容易发散，对结果也会有比较大的影响

那在提高速度方面还有其他比较好的方法吗？
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4楼2011-12-09 19:30:18
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xiaorongwei

金虫 (初入文坛)
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6楼: Originally posted by lranan at 2011-12-10 20:37:08:
温度较高时，时间步长就会影响比较大。所以温度较高时，选择较小的时间步长比较好……总的来说，时间步长主要是影响趋衡时所用的时间……

谢谢！你这里的温度的高低和模拟的系统应该是有关系的吧?这个温度高低的临界值也不好确定吧？
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9楼2011-12-11 08:51:03
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xiaorongwei

金虫 (初入文坛)
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7楼: Originally posted by bay__gulf at 2011-12-11 08:42:07:
1fs 的标准是针对H原子而定的, 如果体系没有轻原子的话, 这个步长是可以加长的
lz 可以做一个小步长模拟, 找到体系的最小震动周期, 就可以确定合适的积分步长了
这个步长不宜过大, 也不宜过小

谢谢！
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10楼2011-12-11 08:57:00
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