应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » LAMMPS/DL_POLY » 【求助】LAMMPS－REAX计算出错
北京石油化工学院2026年研究生招生接收调剂公告
41/1返回列表
查看: 2166  |  回复: 3
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看

xiaowu787

木虫 (正式写手)

[交流] 【求助】LAMMPS－REAX计算出错 已有2人参与

刚学REAX，想自己做个输入文件测试一下，结果出现如下错误：
LAMMPS (24 Apr 2010)
Reading data file ...
  orthogonal box = (0 0 0) to (3 8 2)
  1 by 2 by 1 processor grid
  4 atoms
Error or end-of-file reading unit 4 on line:          55
rank 0 in job 268  pc07_59580   caused collective abort of all ranks
  exit status of rank 0: killed by signal 9
应该是输入文件没有读完就出现这个错误，请高手帮忙看看哪里存在错误？
由于只是为了测试，就做了一个1＊1＊1的MoO3的单胞。现在只是想测试程序的正常运算，力场里的数据可能不正确。


in文件
# this run is equivalent to GRASP testtatb

units        real

atom_style    charge
read_data    data.mo

pair_style    reax 10.0 1.0e-6
pair_coeff    * * ffield.reax 1 2

neighbor        1.0 bin
neigh_modify    delay 0 every 1 check yes

fix        1 all nve

#Run one minimization to settle the lattice
min_style       cg
minimize        1.0e-6 1.0e-6 100000 1000000

#print the entire lattice
dump            startdump all atom 2 autest.dump
run             100
#but we only wanted printed out now
undump startdump


data 文件
#Position data for MoO3, 1 molecules

4 atoms
2 atom types

0.0 3.0 xlo xhi
0.0 8.0 ylo yhi
0.0 2.0 zlo zhi

Masses

1 15.9990
2 95.9400

Atoms

1 1  0    1.72382     6.02831    0.92410
2 2 0    0.39584    1.40822    0.92410
3 1  0    2.06541    1.19984    0.92410
4 1  0    0.14781    3.06749    0.92410


ffield文件
Reactive MD-force field
39       ! Number of general parameters                                       
   50.0000 !Overcoordination parameter                                          
    9.5469 !Overcoordination parameter                                          
  127.8302 !Valency angle conjugation parameter                                 
    3.0000 !Triple bond stabilisation parameter                                 
    6.5000 !Triple bond stabilisation parameter                                 
    0.0000 !C2-correction                                                      
    1.0496 !Undercoordination parameter                                         
    9.0000 !Triple bond stabilisation parameter                                 
   11.5054 !Undercoordination parameter                                         
   13.4059 !Undercoordination parameter                                         
    0.0000 !Triple bond stabilization energy                                    
    0.0000 !Lower Taper-radius                                                  
   10.0000 !Upper Taper-radius                                                  
    2.8793 !Not used                                                            
   33.8667 !Valency undercoordination                                          
    7.0994 !Valency angle/lone pair parameter                                   
    1.0563 !Valency angle                                                      
    2.0384 !Valency angle parameter                                             
    6.1431 !Not used                                                            
    6.9290 !Double bond/angle parameter                                         
    0.3989 !Double bond/angle parameter: overcoord                              
    3.9954 !Double bond/angle parameter: overcoord                              
   -2.4837 !Not used                                                            
    5.7796 !Torsion/BO parameter                                                
   10.0000 !Torsion overcoordination                                            
    1.9487 !Torsion overcoordination                                            
   -1.2327 !Conjugation 0 (not used)                                            
    2.1645 !Conjugation                                                         
    1.5591 !vdWaals shielding                                                   
    0.1000 !Cutoff for bond order (*100)                                       
    2.0038 !Valency angle conjugation parameter                                 
    0.6121 !Overcoordination parameter                                          
    1.2172 !Overcoordination parameter                                          
    1.8512 !Valency/lone pair parameter                                         
    0.5000 !Not used                                                            
   20.0000 !Not used                                                            
    5.0000 !Molecular energy (not used)                                         
    0.0000 !Molecular energy (not used)                                         
    3.6942 !Valency angle conjugation parameter                                 
  2    ! Nr of atoms; cov.r; valency;a.m;Rvdw;Evdw;gammaEEM;cov.r2;#            
            alfa;gammavdW;valency;Eunder;Eover;chiEEM;etaEEM;n.u.               
            cov r3;Elp;Heat inc.;n.u.;n.u.;n.u.;n.u.                           
            ov/un;val1;n.u.;val3,vval4
O   1.3825   4.0000  12.0000   1.9133   0.1853   0.9000   1.1395   4.0000
    9.7602   2.1346   4.0000  33.2433  79.5548   5.8678   7.0000   0.0000
    1.2104   0.0000 199.0303   8.6699  34.7289  13.3894   0.8563   0.0000
   -2.8983   2.5000   1.0564   4.0000   2.9663   0.0000   0.0000   0.0000
Mo  2.4710   5.6504  95.9400   1.8000   0.3285   1.0000   0.1000   6.0000
   13.0000  45.0000   4.0000   0.0000   0.0000   0.6062   6.1484   0.0000
    0.0000   0.0000 152.6300   3.7659   0.0689   2.9902   0.8563   0.0000
  -16.7660   3.1072   1.0338   8.0000   3.4590   0.0000   0.0000   0.0000
1      ! Nr of bonds; at1;at2;De(sigma);De(pi);De(pipi);p(be1);p(bo5);13corr;n.u.;p(bo6),p(ovun1)
                       p(be2);p(bo3);p(bo4);n.u.;p(bo1);p(bo2)
   1  2 113.2223  29.8045  86.9949   0.4438 -0.2465  1.0000  16.6234  1.0764
          0.1199  -0.1696   7.0000   1.0000 -0.1374  5.4732   1.0000  0.0000
1    ! Nr of off-diagonal terms; Ediss;Ro;gamma;rsigma;rpi;rpi2               
    1  2  0.1453 1.8849 10.8505 1.6926 1.5319 1.6459                     
1    ! Nr of angles.  at1;at2;at3;Thetao,o;p(val1);p(val2);p(coa1);
  1   2   1  83.1375  10.0000 3.5278 0.0000 3.5962  0.0000 2.2128
0    ! Nr of torsions.  at1;at2;at3;at4;;V1;V2;V3;p(tor1);p(cot1);n
0    ! Nr of hydrogen bonds;at1;at2;at3;Rhb;Dehb;vhb1
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
1楼 2010-05-19 12:38:51
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

老虎大王

木虫 (著名写手)
★ ★
lei0736(金币+2):谢谢 2010-05-19 14:21:00
Atoms

1 1  0    1.72382     6.02831    0.92410
2 2 0    0.39584    1.40822    0.92410
3 1  0    2.06541    1.19984    0.92410
4 1  0    0.14781    3.06749    0.92410


这个好像不对啊。中间的零是什么？
赞一下(1人) 回复此楼
2楼2010-05-19 13:21:50
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

xiaowu787

木虫 (正式写手)
谢谢！中间的0是固定格式，出错的原因还是在格式的书写上，格式要求太严了，

[ Last edited by xiaowu787 on 2010-5-27 at 21:49 ]
赞一下 回复此楼
3楼2010-05-19 15:25:31
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

匿名

★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
本帖仅楼主可见
赞一下
4楼2016-12-24 12:12:56
已阅   申请模拟EPI   回复此楼   编辑   查看我的主页
相关版块跳转 我要订阅楼主 xiaowu787 的主题更新
41/1返回列表
普通表情 龙 兔 虎 猫 高级回复 (可上传附件)
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 302分求调剂 一志愿安徽大学085601 +11 zyx上岸！ 2026-04-04 11/550 2026-04-06 22:55 by qlm5820
[考研] 297分083200求助 +9 aekx 2026-04-05 9/450 2026-04-06 20:57 by flysky1234
[考研] 求调剂到材料 +5 程9915 2026-04-06 5/250 2026-04-06 15:21 by yulian1987
[考研] 求调剂，一志愿郑州大学材料与化工专硕，英二数二342分，求老师收留 +19 v12abo 2026-04-02 21/1050 2026-04-06 09:29 by 蓝云思雨
[考研] 288求调剂，一志愿华南理工大学071005 +6 ioodiiij 2026-04-04 6/300 2026-04-05 10:09 by guoweigw
[考研] 290求调剂 +7 luoziheng 2026-04-04 7/350 2026-04-04 23:17 by lqwchd
[考研] 材料专硕306英一数二 +8 z1z2z3879 2026-03-31 8/400 2026-04-04 22:08 by hemengdong
[考研] 材料调剂 +10 懒羊羊轻置玉臀 2026-04-02 11/550 2026-04-04 21:56 by laoshidan
[考研] 301求调剂 +18 骆驼男人 2026-04-02 18/900 2026-04-04 20:33 by 蓝云思雨
[考研] 11408 一志愿西电，277分求调剂 +4 zhouzhen654 2026-04-03 4/200 2026-04-04 18:10 by 猪会飞
[考研] 一志愿武理材料工程302调剂环化或化工 +19 Doleres 2026-03-31 20/1000 2026-04-04 16:44 by 啊俊！
[考研] 348分环境工程·调剂 +10 吴彦祖24k 2026-04-03 11/550 2026-04-04 14:19 by 无际的草原
[考研] 一志愿北交大材料工程总分358 +6 cs0106 2026-04-03 6/300 2026-04-04 11:20 by w_xuqing
[考研] 一志愿中国石油大学化学工程323分求调剂 +4 化工专硕323分 2026-04-03 6/300 2026-04-03 22:12 by dongzh2009
[考研] 0856材料与化工调剂，339 +14 10213207 2026-03-31 14/700 2026-04-02 21:01 by 1104338198
[考研] 298求B区调剂 +4 zzz，，r 2026-04-02 5/250 2026-04-02 12:17 by 土木硕士招生
[考研] 材料调剂 +12 一样YWY 2026-04-01 12/600 2026-04-02 09:15 by olim
[考研] 335求调剂 +3 321* 2026-03-31 4/200 2026-04-01 00:00 by 321*
[考研] 考研调剂求助 +7 13287130938 2026-03-31 7/350 2026-03-31 16:39 by 690616278
[考研] 313求调剂 +6 卖个关子吧 2026-03-31 6/300 2026-03-31 10:58 by Jaylen.
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭