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xiaowu787木虫 (正式写手)
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[交流]
【求助】LAMMPS－REAX计算出错 已有2人参与
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刚学REAX，想自己做个输入文件测试一下，结果出现如下错误： LAMMPS (24 Apr 2010) Reading data file ... orthogonal box = (0 0 0) to (3 8 2) 1 by 2 by 1 processor grid 4 atoms Error or end-of-file reading unit 4 on line: 55 rank 0 in job 268 pc07_59580 caused collective abort of all ranks exit status of rank 0: killed by signal 9 应该是输入文件没有读完就出现这个错误，请高手帮忙看看哪里存在错误？ 由于只是为了测试，就做了一个1＊1＊1的MoO3的单胞。现在只是想测试程序的正常运算，力场里的数据可能不正确。 in文件 # this run is equivalent to GRASP testtatb units real atom_style charge read_data data.mo pair_style reax 10.0 1.0e-6 pair_coeff * * ffield.reax 1 2 neighbor 1.0 bin neigh_modify delay 0 every 1 check yes fix 1 all nve #Run one minimization to settle the lattice min_style cg minimize 1.0e-6 1.0e-6 100000 1000000 #print the entire lattice dump startdump all atom 2 autest.dump run 100 #but we only wanted printed out now undump startdump data 文件 #Position data for MoO3, 1 molecules 4 atoms 2 atom types 0.0 3.0 xlo xhi 0.0 8.0 ylo yhi 0.0 2.0 zlo zhi Masses 1 15.9990 2 95.9400 Atoms 1 1 0 1.72382 6.02831 0.92410 2 2 0 0.39584 1.40822 0.92410 3 1 0 2.06541 1.19984 0.92410 4 1 0 0.14781 3.06749 0.92410 ffield文件 Reactive MD-force field 39 ! Number of general parameters 50.0000 !Overcoordination parameter 9.5469 !Overcoordination parameter 127.8302 !Valency angle conjugation parameter 3.0000 !Triple bond stabilisation parameter 6.5000 !Triple bond stabilisation parameter 0.0000 !C2-correction 1.0496 !Undercoordination parameter 9.0000 !Triple bond stabilisation parameter 11.5054 !Undercoordination parameter 13.4059 !Undercoordination parameter 0.0000 !Triple bond stabilization energy 0.0000 !Lower Taper-radius 10.0000 !Upper Taper-radius 2.8793 !Not used 33.8667 !Valency undercoordination 7.0994 !Valency angle/lone pair parameter 1.0563 !Valency angle 2.0384 !Valency angle parameter 6.1431 !Not used 6.9290 !Double bond/angle parameter 0.3989 !Double bond/angle parameter: overcoord 3.9954 !Double bond/angle parameter: overcoord -2.4837 !Not used 5.7796 !Torsion/BO parameter 10.0000 !Torsion overcoordination 1.9487 !Torsion overcoordination -1.2327 !Conjugation 0 (not used) 2.1645 !Conjugation 1.5591 !vdWaals shielding 0.1000 !Cutoff for bond order (*100) 2.0038 !Valency angle conjugation parameter 0.6121 !Overcoordination parameter 1.2172 !Overcoordination parameter 1.8512 !Valency/lone pair parameter 0.5000 !Not used 20.0000 !Not used 5.0000 !Molecular energy (not used) 0.0000 !Molecular energy (not used) 3.6942 !Valency angle conjugation parameter 2 ! Nr of atoms; cov.r; valency;a.m;Rvdw;Evdw;gammaEEM;cov.r2;# alfa;gammavdW;valency;Eunder;Eover;chiEEM;etaEEM;n.u. cov r3;Elp;Heat inc.;n.u.;n.u.;n.u.;n.u. ov/un;val1;n.u.;val3,vval4 O 1.3825 4.0000 12.0000 1.9133 0.1853 0.9000 1.1395 4.0000 9.7602 2.1346 4.0000 33.2433 79.5548 5.8678 7.0000 0.0000 1.2104 0.0000 199.0303 8.6699 34.7289 13.3894 0.8563 0.0000 -2.8983 2.5000 1.0564 4.0000 2.9663 0.0000 0.0000 0.0000 Mo 2.4710 5.6504 95.9400 1.8000 0.3285 1.0000 0.1000 6.0000 13.0000 45.0000 4.0000 0.0000 0.0000 0.6062 6.1484 0.0000 0.0000 0.0000 152.6300 3.7659 0.0689 2.9902 0.8563 0.0000 -16.7660 3.1072 1.0338 8.0000 3.4590 0.0000 0.0000 0.0000 1 ! Nr of bonds; at1;at2;De(sigma);De(pi);De(pipi);p(be1);p(bo5);13corr;n.u.;p(bo6),p(ovun1) p(be2);p(bo3);p(bo4);n.u.;p(bo1);p(bo2) 1 2 113.2223 29.8045 86.9949 0.4438 -0.2465 1.0000 16.6234 1.0764 0.1199 -0.1696 7.0000 1.0000 -0.1374 5.4732 1.0000 0.0000 1 ! Nr of off-diagonal terms; Ediss;Ro;gamma;rsigma;rpi;rpi2 1 2 0.1453 1.8849 10.8505 1.6926 1.5319 1.6459 1 ! Nr of angles. at1;at2;at3;Thetao,o;p(val1);p(val2);p(coa1); 1 2 1 83.1375 10.0000 3.5278 0.0000 3.5962 0.0000 2.2128 0 ! Nr of torsions. at1;at2;at3;at4;;V1;V2;V3;p(tor1);p(cot1);n 0 ! Nr of hydrogen bonds;at1;at2;at3;Rhb;Dehb;vhb1 |
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