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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » LAMMPS/DL_POLY » 【求助】LAMMPS－REAX计算出错
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xiaowu787

木虫 (正式写手)

[交流] 【求助】LAMMPS－REAX计算出错 已有2人参与

刚学REAX，想自己做个输入文件测试一下，结果出现如下错误：
LAMMPS (24 Apr 2010)
Reading data file ...
  orthogonal box = (0 0 0) to (3 8 2)
  1 by 2 by 1 processor grid
  4 atoms
Error or end-of-file reading unit 4 on line:          55
rank 0 in job 268  pc07_59580   caused collective abort of all ranks
  exit status of rank 0: killed by signal 9
应该是输入文件没有读完就出现这个错误，请高手帮忙看看哪里存在错误？
由于只是为了测试，就做了一个1＊1＊1的MoO3的单胞。现在只是想测试程序的正常运算，力场里的数据可能不正确。


in文件
# this run is equivalent to GRASP testtatb

units        real

atom_style    charge
read_data    data.mo

pair_style    reax 10.0 1.0e-6
pair_coeff    * * ffield.reax 1 2

neighbor        1.0 bin
neigh_modify    delay 0 every 1 check yes

fix        1 all nve

#Run one minimization to settle the lattice
min_style       cg
minimize        1.0e-6 1.0e-6 100000 1000000

#print the entire lattice
dump            startdump all atom 2 autest.dump
run             100
#but we only wanted printed out now
undump startdump


data 文件
#Position data for MoO3, 1 molecules

4 atoms
2 atom types

0.0 3.0 xlo xhi
0.0 8.0 ylo yhi
0.0 2.0 zlo zhi

Masses

1 15.9990
2 95.9400

Atoms

1 1  0    1.72382     6.02831    0.92410
2 2 0    0.39584    1.40822    0.92410
3 1  0    2.06541    1.19984    0.92410
4 1  0    0.14781    3.06749    0.92410


ffield文件
Reactive MD-force field
39       ! Number of general parameters                                       
   50.0000 !Overcoordination parameter                                          
    9.5469 !Overcoordination parameter                                          
  127.8302 !Valency angle conjugation parameter                                 
    3.0000 !Triple bond stabilisation parameter                                 
    6.5000 !Triple bond stabilisation parameter                                 
    0.0000 !C2-correction                                                      
    1.0496 !Undercoordination parameter                                         
    9.0000 !Triple bond stabilisation parameter                                 
   11.5054 !Undercoordination parameter                                         
   13.4059 !Undercoordination parameter                                         
    0.0000 !Triple bond stabilization energy                                    
    0.0000 !Lower Taper-radius                                                  
   10.0000 !Upper Taper-radius                                                  
    2.8793 !Not used                                                            
   33.8667 !Valency undercoordination                                          
    7.0994 !Valency angle/lone pair parameter                                   
    1.0563 !Valency angle                                                      
    2.0384 !Valency angle parameter                                             
    6.1431 !Not used                                                            
    6.9290 !Double bond/angle parameter                                         
    0.3989 !Double bond/angle parameter: overcoord                              
    3.9954 !Double bond/angle parameter: overcoord                              
   -2.4837 !Not used                                                            
    5.7796 !Torsion/BO parameter                                                
   10.0000 !Torsion overcoordination                                            
    1.9487 !Torsion overcoordination                                            
   -1.2327 !Conjugation 0 (not used)                                            
    2.1645 !Conjugation                                                         
    1.5591 !vdWaals shielding                                                   
    0.1000 !Cutoff for bond order (*100)                                       
    2.0038 !Valency angle conjugation parameter                                 
    0.6121 !Overcoordination parameter                                          
    1.2172 !Overcoordination parameter                                          
    1.8512 !Valency/lone pair parameter                                         
    0.5000 !Not used                                                            
   20.0000 !Not used                                                            
    5.0000 !Molecular energy (not used)                                         
    0.0000 !Molecular energy (not used)                                         
    3.6942 !Valency angle conjugation parameter                                 
  2    ! Nr of atoms; cov.r; valency;a.m;Rvdw;Evdw;gammaEEM;cov.r2;#            
            alfa;gammavdW;valency;Eunder;Eover;chiEEM;etaEEM;n.u.               
            cov r3;Elp;Heat inc.;n.u.;n.u.;n.u.;n.u.                           
            ov/un;val1;n.u.;val3,vval4
O   1.3825   4.0000  12.0000   1.9133   0.1853   0.9000   1.1395   4.0000
    9.7602   2.1346   4.0000  33.2433  79.5548   5.8678   7.0000   0.0000
    1.2104   0.0000 199.0303   8.6699  34.7289  13.3894   0.8563   0.0000
   -2.8983   2.5000   1.0564   4.0000   2.9663   0.0000   0.0000   0.0000
Mo  2.4710   5.6504  95.9400   1.8000   0.3285   1.0000   0.1000   6.0000
   13.0000  45.0000   4.0000   0.0000   0.0000   0.6062   6.1484   0.0000
    0.0000   0.0000 152.6300   3.7659   0.0689   2.9902   0.8563   0.0000
  -16.7660   3.1072   1.0338   8.0000   3.4590   0.0000   0.0000   0.0000
1      ! Nr of bonds; at1;at2;De(sigma);De(pi);De(pipi);p(be1);p(bo5);13corr;n.u.;p(bo6),p(ovun1)
                       p(be2);p(bo3);p(bo4);n.u.;p(bo1);p(bo2)
   1  2 113.2223  29.8045  86.9949   0.4438 -0.2465  1.0000  16.6234  1.0764
          0.1199  -0.1696   7.0000   1.0000 -0.1374  5.4732   1.0000  0.0000
1    ! Nr of off-diagonal terms; Ediss;Ro;gamma;rsigma;rpi;rpi2               
    1  2  0.1453 1.8849 10.8505 1.6926 1.5319 1.6459                     
1    ! Nr of angles.  at1;at2;at3;Thetao,o;p(val1);p(val2);p(coa1);
  1   2   1  83.1375  10.0000 3.5278 0.0000 3.5962  0.0000 2.2128
0    ! Nr of torsions.  at1;at2;at3;at4;;V1;V2;V3;p(tor1);p(cot1);n
0    ! Nr of hydrogen bonds;at1;at2;at3;Rhb;Dehb;vhb1
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1楼 2010-05-19 12:38:51
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xiaowu787

木虫 (正式写手)
谢谢！中间的0是固定格式，出错的原因还是在格式的书写上，格式要求太严了，

[ Last edited by xiaowu787 on 2010-5-27 at 21:49 ]
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3楼2010-05-19 15:25:31
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老虎大王

木虫 (著名写手)
★ ★
lei0736(金币+2):谢谢 2010-05-19 14:21:00
Atoms

1 1  0    1.72382     6.02831    0.92410
2 2 0    0.39584    1.40822    0.92410
3 1  0    2.06541    1.19984    0.92410
4 1  0    0.14781    3.06749    0.92410


这个好像不对啊。中间的零是什么？
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2楼2010-05-19 13:21:50
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匿名

★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
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4楼2016-12-24 12:12:56
已阅   申请模拟EPI   回复此楼   编辑   查看我的主页
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