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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 量子化学 » Gaussian » 【求助】按照G09说明书计算荧光出错。出在第二步上。
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阿泰斯特

新虫 (小有名气)

[交流] 【求助】按照G09说明书计算荧光出错。出在第二步上。

Step 2: Vertical excitation with linear response solvation.

我贴出了大部分输出文件，如下。到最后就不了了之了。请帮忙看看怎么回事？

%chk=sj-new-scrf2opt.chk
%mem=15000MB
%nprocshared=8
Will use up to    8 processors via shared memory.
----------------------------------------------------------------------
# B3LYP/6-31G TD=NStates=6 SCRF=(Solvent=toluene) Geom=Check Guess=Rea
d
----------------------------------------------------------------------
1/29=2,38=1/1;
2/12=2,40=1/2;
3/5=1,6=6,11=2,14=-4,16=1,25=1,30=1,70=2201,72=13,74=-5,116=-2/1,2,8,3;
4/5=1/1;
5/5=2,38=6,53=13/2;
8/6=1,10=2,108=6/1;
9/41=6,42=1/14;
6/7=2,8=2,9=2,10=2/1;
99/5=1,9=1/99;
-----------------------------------------------------
Acetaldehyde: linear response vertical excited states
-----------------------------------------------------
No Z-matrix found on checkpoint file.
Cartesian coordinates read from the checkpoint file:
sj-new-scrf2opt.chk
FileIO operation on non-existent file.
FileIO: IOper= 2 IFilNo(1)=-20997 Len=          20 IPos=           0 Q=     548676058240


dumping /fiocom/, unit = 1 NFiles =    14 SizExt =    524288 WInBlk =       512
                   defal = T LstWrd =      596480 FType=2 FMxFil=10000

Number           0        501        502        598        989        991        992        993
Base        180224      43520      72192      76800      44544      65536      65024      43008
End         596480      44520      76297      76802      64544      72098      65033      43208
End1        596480      44544      76800      77312      65024      72192      65536      43520
Wr Pntr     180224      43520      72296      76800      44544      65536      65024      43008
Rd Pntr     180224      43520      72192      76800      44544      72098      65033      43208
Length      416256       1000       4105          2      20000       6562          9        200

Number         994        995        996        997        998        999
Base         40448      42496      41472      41984      40960      77312
End          40478      42516      41672      42058      41160     179816
End1         40960      43008      41984      42496      41472     180224
Wr Pntr      40448      42496      41472      41984      40960      77312
Rd Pntr      40478      42516      41672      42055      41160      79816
Length          30         20        200         74        200     102504


dumping /fiocom/, unit = 2 NFiles =     1 SizExt =         0 WInBlk =       512
                   defal = F LstWrd =       65536 FType=2 FMxFil=10000

Number           0
Base         40448
End          65536
End1         65536
Wr Pntr      40448
Rd Pntr      40448
Length       25088


dumping /fiocom/, unit = 3 NFiles =     1 SizExt =    524288 WInBlk =       512
                   defal = T LstWrd =       65536 FType=2 FMxFil=10000

Number           0
Base         40448
End          65536
End1         65536
Wr Pntr      40448
Rd Pntr      40448
Length       25088
Error termination in NtrErr:
NtrErr Called from FileIO.
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1楼 2011-03-26 08:16:27
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回帖支持 ( 显示支持度最高的前 50 名 )

loovfnd

至尊木虫 (著名写手)
★
阿泰斯特(金币+1):谢谢参与
引用回帖:
Originally posted by quantumor at 2011-03-26 09:53:48:
输出文件的提示很清楚的了：

No Z-matrix found on checkpoint file.
Cartesian coordinates read from the checkpoint file:
sj-new-scrf2opt.chk
FileIO operation on non-existent file.  它告诉你说：你 ...

我猜我的失败可能是由于，我是用直角坐标优化的。用内坐标好了。我正在修改。试试
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6楼2011-03-26 15:43:22
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失眠的钥匙

金虫 (小有名气)
★
阿泰斯特(金币+1):谢谢参与
计算化学？好神
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3楼2011-03-26 08:33:35
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

quantumor

金虫 (著名写手)
★
阿泰斯特(金币+1):谢谢参与
输出文件的提示很清楚的了：

No Z-matrix found on checkpoint file.
Cartesian coordinates read from the checkpoint file:
sj-new-scrf2opt.chk
FileIO operation on non-existent file.  它告诉你说：你的sj-new-scrf2opt.chk文件中没有坐标数据。
赞一下(1人) 回复此楼
5楼2011-03-26 09:53:48
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woxiangfei

木虫 (文坛精英)
★
阿泰斯特(金币+1):谢谢参与
螢光範例： Acetaldehyde ?牡谝患ぐl態（n→π*） 放射的螢光
現在?硌芯窟@個迴圈：

Acetaldehyde 激發和放射迴圈
這裡感興趣的過程是放射（emission），這個範例顯示如何完整激發和放射迴圈的溶液效應進行研究。
步驟 1: 基態幾何結構優選和頻率計算（平衡溶解）。這是分子包含 PCM 平衡溶解的基態標準的 Opt Freq 計算。
%chk=01-ac
# B3LYP/6-31+G(d,p) Opt Freq SCRF=(Solvent=Ethanol)

Acetaldehyde ground state

0 1
C
C,1,RA
X,2,1.,1,A
O,2,RB,3,A,1,180.,0
X,1,1.,2,90.,3,0.,0
H,1,R1,2,A1,5,0.,0
H,1,R23,2,A23,5,B23,0
H,1,R23,2,A23,5,-B23,0
H,2,R4,1,A4,3,180.,0

RA=1.53643
RB=1.21718
R1=1.08516
R23=1.08688
R4=1.10433
A=62.1511
A1=110.51212
A23=109.88119
A4=114.26114
B23=120.56468
步驟 2: 垂直激發，線性回應溶解模型。這是垂直激發的 TD-DFT 計算，因此採用基態平衡幾結構，加上預設的溶解模型：線性回應，非平衡狀態。進行單結構 TD-DFT 計算，預設選項採用非平衡溶解模型。這計算工作的結果用?碚页瞿男顟B是感興趣的狀態，以及這些狀態的次序。這些結果提供激發態溶解的合理描述，但還是不及特定狀態的溶解計算所得的結果。在這個範例中， 越遷 n->π* 狀態是第一個激發態。下一步，使用特定狀態方法產生垂直激發步驟較佳的描述。
%chk=02-ac
# B3LYP/6-31+G(d,p) TD=NStates=6 SCRF=(Solvent=Ethanol)
Geom=Check Guess=Read

Acetaldehyde: linear response vertical excited states

0 1
步驟 3: 垂直激發的特定狀態溶解模型。需要兩個工作步驟：第一先做分子基態計算，在 PCM 輸入段落中指定NonEq=write，將基態非平衡溶解模型的計算結果儲存起?怼５诙糠诌M行真正的指定狀態計算，用 NonEq=read ?臋z查檔讀回所需的資料進行非平衡溶解模型計算。
%chk=03-ac
# B3LYP/6-31+G(d,p) SCRF=(Solvent=Ethanol,Read)
Geom=Check Guess=Read

Acetaldehyde: prepare for state-specific non-eq solvation
by saving the solvent reaction field from the ground state

0 1

NonEq=write

--link1--
%chk=03-ac
# B3LYP/6-31+G(d,p) TD(NStates=6,Root=1)
SCRF=(Solvent=Ethanol,StateSpecific,Read)
Geom=Check Guess=Read

Acetaldehyde: read non-eq solvation from ground state and
compute energy of the first excited with the state-specific method

0 1

NonEq=read
步驟 4: 激發態幾何結構優選計算。 接下?恚M行一次 TD-DFT 幾何優選計算，採用平衡線性回應溶解模型，找出激發態位能曲面的最低能量結構。因為這是一個 TD-DFT 邀選計算，程式預設的選項是平衡溶解模型。像這種典型的情況，基態的分子有平面對稱性，但在激發態時，這對稱性就被破壞了，因此在優選計算開始的時候就將基態幾何結構做稍微的擾動，將對稱性破壞，往後的優選計算才能順利進行。
%chk=04-ac
# B3LYP/6-31+G(d,p) TD=(Read,NStates=6,Root=1) SCRF=(Solvent=Ethanol)
Geom=Modify Guess=Read Opt=RCFC

Acetaldehyde: excited state opt
Modify geometry to break Cs symmetry
since first excited state is A"

0 1

4 1 2 3 10.0
5 1 2 7 -50.0
步驟 5: 激發態分子結構的振動頻率。現在執行頻率計算，確認步驟 4 找到的幾何結構是在能量曲面的最低點。若有需要，計算結果也可被用?磉M行 Franck-Condon 計算（見後面的討論）。這是一個數值頻率計算。
%chk=05-ac
# B3LYP/6-31+G(d,p) TD=(Read,NStates=6,Root=1) Freq
SCRF=(Solvent=Ethanol) Geom=Check Guess=Read

Acetaldehyde excited state freq

0 1
步驟 6: 溶液中特定狀態的電子放射(部分 1)。這步驟進行分子激發態在其平衡幾何結構上的特定狀態平衡溶解計算，用 PCM NonEq=write 將溶解數據寫道檢查檔，給下一步計算工作使用。
%chk=06-ac
# B3LYP/6-31+G(d,p) TD=(Read,NStates=6,Root=1)
SCRF=(Solvent=Ethanol,StateSpecific,Read)
Geom=Check Guess=Read

Acetaldehyde emission state-specific solvation
at first excited state optimized geometry

0 1

NonEq=write
步驟 7: 電子放射到分子基態（部分 2）。最後，用非平衡溶解模型計算基態能量，使用激發態的幾何結構和激發態的靜態溶解模型。
%chk=07-ac
# B3LYP/6-31+G(d,p) SCRF=(Solvent=Ethanol,Read) Geom=Check Guess=Read

Acetaldehyde: ground state non-equilibrium
at excited state geometry.

0 1

NonEq=read
步驟 1，2，和 4 足夠用?碛嬎銡庀喾肿拥募ぐl和放射能量（再用步驟 5 確認穩定點的特性）。當要考慮溶液效應時，這幾步驟的計算就不夠了，因為步驟 4 計算的能量相當於溶劑反應場的基態，而回應激發態電荷分?旬a生在反應場內發生的放射。步驟 6 和 7 對這溶劑效應做適當的處理。
赞一下(1人) 回复此楼
7楼2011-04-07 22:10:08
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base08030308

铁杆木虫 (知名作家)
★
阿泰斯特(金币+1): 谢谢参与
请教一下
这个问题怎么解决的
赞一下 回复此楼
8楼2013-08-24 21:04:54
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base08030308

铁杆木虫 (知名作家)
引用回帖:
6楼: Originally posted by loovfnd at 2011-03-26 15:43:22
我猜我的失败可能是由于，我是用直角坐标优化的。用内坐标好了。我正在修改。试试...

用内坐标行吗
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9楼2013-08-24 21:26:47
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迷茫的小飞侠

金虫 (正式写手)
★
阿泰斯特(金币+1): 谢谢参与
在计算的时候，是否保留了优化的chk文件，用内坐标也是可以计算的
赞一下 回复此楼
10楼2013-08-24 22:35:54
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迷茫的小飞侠

金虫 (正式写手)
第一步基态优化的chk文件是否保留？按照手册上计算一般是不会出错的
赞一下 回复此楼
11楼2013-08-24 22:39:19
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262413748

新虫 (小有名气)
★
阿泰斯特(金币+1): 谢谢参与
正在做同样的事情，先提前来马克下
赞一下 回复此楼
12楼2014-06-30 16:58:00
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hairan

木虫 (著名写手)
★ ★ ★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
gmy1990: 金币+2 2014-09-22 17:17:36
楼主应该是没有将第一步计算的chk文件复制或者改名为第二部计算对应的chk文件，这样导致第二部计算时程序无法在chk文件中找到需要的结构、波函数和溶剂等信息。
赞一下 回复此楼
14楼2014-09-22 13:04:46
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wuyq1762楼
2011-03-26 08:24   回复  
阿泰斯特(金币+1):谢谢参与
tangbohejin4楼
2011-03-26 08:44   回复  
阿泰斯特(金币+1):谢谢参与
dsgczlz13楼
2014-09-22 10:36   回复  
阿泰斯特(金币+1): 谢谢参与
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