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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 量子化学 » Gaussian » 【求助】G09荧光光谱例子 运行出错
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tandz

木虫 (正式写手)

[交流] 【求助】G09荧光光谱例子 运行出错

用gaussian09计算乙醛分子在乙醇溶液中的荧光光谱。根据手册，一共分成7个步骤，http://www.gaussian.com/g_tech/g_ur/k_scrf.htm
但是计算到第六步出了问题。

输入文件如下：
%chk=06-ac
# B3LYP/6-31+G(d,p) TD=(Read,NStates=6,Root=1)
  SCRF=(Solvent=Ethanol,StateSpecific,Read)
  Geom=Check Guess=Read

Acetaldehyde emission state-specific solvation
at first excited state optimized geometry

0 1

NonEq=write

出错信息：
PCMU: Requested matrix not present on file.
Error termination via Lnk1e in /public/g09/l601.exe

请教大家，如何解决这个问题呢？ 谢谢！
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1楼 2011-01-24 14:18:17
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tephoon78

木虫 (正式写手)
★
tandz(金币+1):谢谢参与
去掉StateSpecific这个关键字,好像能通过,不知原因.可以参考前面的几步.
这个例子好像有问题

[ Last edited by tephoon78 on 2011-1-26 at 14:46 ]
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2楼2011-01-24 14:30:26
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tandz

木虫 (正式写手)
引用回帖:
Originally posted by tephoon78 at 2011-01-24 14:30:26:
去掉StateSpecific这个关键字,原因可以参考前面的几步.
这个例子好像有问题

谢谢帮助！我刚开始做有机分子的荧光光谱，还要考虑溶剂效应，问题多多。不知G09做荧光光谱怎么样？
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3楼2011-01-24 16:18:28
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tephoon78

木虫 (正式写手)
★
tandz(金币+1):谢谢参与
我也没怎么用g09算荧光,我算过的几个,有的很好,有的很差,一直没能解决,不知什么原因,现在放弃了.你自己可以尝试一下!
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4楼2011-01-25 09:24:00
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pwzhou

铁杆木虫 (正式写手)
★
tandz(金币+1):谢谢参与
zhou2009: 2011-01-26 16:06:12
请将StateSpecific关键词改为ExternalIteration，这个是Gaussian 09的一个BUG，我专门写信问过Gaussian公司，这个BUG在B01中已经修正，但是在A01和A02中都存在，所以你需要把这个例子中所有的StateSpecific改为ExternalIteration，这两个关键词作用是一样的，在B01中使用这两个关键词的结果是一致的，但是在A01中和A02中使用StateSpecific，即便能得到结果，比如这个例子中计算吸收光谱那一步，其结果也是错的，它仅仅算了真正的StateSpecific中的第一步而已。

Gaussian公司的回复邮件：
Thank you for your inquiry. The problem with the example shown in the manual is related to the "StateSpecific" option. Unfortunately, the "StateSpecific" option was connected incorrectly in the current version of G09, but this will be fixed in the next minor revision. As a workaround, you can use the "ExternalIteration" option instead of the "StateSpecific" option (for both the state specific vertical excitation and the emission state specific solvation). The "ExternalIteration" option is a generalization of the "StateSpecific" option.

So, please, try the example in the manual again with the only change of removing "StateSpecific" and adding "ExternalIteration" instead. For example,

%nproc=16
%mem=2000mb
%chk=06-ac
# B3LYP/6-31+G(d,p) TD=(Read,NStates=6,Root=1) SCRF=(Solvent=Ethanol,ExternalIteration,Read) Geom=Check Guess=Read

Acetaldehyde emission state-specific solvation
at first excited state optimized geometry

0 1

NonEq=write
引用回帖:
Originally posted by tandz at 2011-01-24 14:18:17:
用gaussian09计算乙醛分子在乙醇溶液中的荧光光谱。根据手册，一共分成7个步骤，http://www.gaussian.com/g_tech/g_ur/k_scrf.htm
但是计算到第六步出了问题。

输入文件如下：
%chk=06-ac
# B3L ...

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5楼2011-01-25 10:53:35
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tandz

木虫 (正式写手)
引用回帖:
Originally posted by pwzhou at 2011-01-25 10:53:35:
请将StateSpecific关键词改为ExternalIteration，这个是Gaussian 09的一个BUG，我专门写信问过Gaussian公司，这个BUG在B01中已经修正，但是在A01和A02中都存在，所以你需要把这个例子中所有的StateSpecific改为Ex ...

太感谢了！
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7楼2011-01-25 15:01:39
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paperhunter

荣誉版主 (文学泰斗)
★
tandz(金币+1):谢谢参与
5楼正解
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8楼2011-01-25 15:18:40
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yuanzhiqin.119

至尊木虫 (著名写手)
★
tandz(金币+1):谢谢参与
不是很懂，飘过！
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11楼2011-01-25 15:35:05
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happy9997555

木虫 (著名写手)
★
tandz(金币+1):谢谢参与
也学习啦
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12楼2011-01-25 15:56:57
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tephoon78

木虫 (正式写手)
引用回帖:
Originally posted by pwzhou at 2011-01-25 10:53:35:
请将StateSpecific关键词改为ExternalIteration，这个是Gaussian 09的一个BUG，我专门写信问过Gaussian公司，这个BUG在B01中已经修正，但是在A01和A02中都存在，所以你需要把这个例子中所有的StateSpecific改为Ex ...

您能解释一下那个例子的第6步和第7步吗?

第6步保存non-equilibrium溶剂效应，第7步的B3lyp只是计算能量的,不能像td计算那样给出发射波长,那应该怎样得到发射波长呢?


Step 7: Emission to final ground state (part 2). Finally, we compute the ground state energy with non-equibrium solvation, at the excited state geometry and with the static solvation from the excited state.
%chk=07-ac
# B3LYP/6-31+G(d,p) SCRF=(Solvent=Ethanol,Read) Geom=Check Guess=Read

Acetaldehyde: ground state non-equilibrium
at excited state geometry.

0 1

NonEq=read
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14楼2011-01-26 14:56:41
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pwzhou

铁杆木虫 (正式写手)
★
tandz(金币+1):谢谢参与
下面是Gaussian公司关于7步计算中的能量的一个计算的说明，包含了你的问题的答案，供参考：
Dear Dr. Zhou,

As I was saying in my previous email, the "StateSpecific" option in G09 rev. A.02 is connected incorrectly and it is not producing the results that it is supposed to produce, so please do not use the "StateSpecific" option in G09 rev. A.02. For the absorption/emission example in solution, you need to use the "ExternalIteration" option instead, which does produce the correct results.

If you follow the whole example given in the manual but correcting the inputs to have "ExternalIteration" instead of "StateSpecific", you should obtain the following results on each one of the 7 proposed jobs in the example:

1) Energy of ground state optimized geometry in solution:

SCF Done:  E(RB3LYP) =  -153.851761719     A.U. after    1 cycles


2) Vertical excitation (absorption) to first excited state from Linear Response calculation in solution (using ground state optimized geometry from job 1):

Excited State   1:      Singlet-A"     4.3767 eV  283.28 nm  f=0.0000  =0.000
...
Total Energy, E(TD-HF/TD-KS) =  -153.690919717


3) Vertical excitation (absorption) to first excited state from a non-equilibrium state-specific calculation (using "ExternalIteration" in solution (using ground state optimized geometry from job 1):

SC-PCM: The total energy including the PCM contribution is      -153.687679830 a.u.

Taking the difference of this energy minus the ground state energy (job 1), the excitation energy is 277.69 nm.


4) Geometry optimization of first excited state in solution (Final energy):

Excited State   1:      Singlet-A      3.2076 eV  386.53 nm  f=0.0014  =0.000
...
Total Energy, E(TD-HF/TD-KS) =  -153.705918841


5) Frequency calculation to confirm that the geometry optimized in job 4 is a stationary point, and a minimum in the potential energy surface of the excited state.


6) Energy of first excited state from a equilibrium state-specific calculation (using "ExternalIteration" in solution (using optimized geometry from job 4):

SC-PCM: The total energy including the PCM contribution is      -153.707151097 a.u.


7) Energy of ground state from a non-equilibrium calculation in solution (using first excited state optimized geometry from job 4 and its reaction field from job 6):

SCF Done:  E(RB3LYP) =  -153.822029934     A.U. after   10 cycles

The difference between these last two energies gives the vertical emission energy, which, in this case, is 396.62 nm.

Please, let me know if you have any further questions,
引用回帖:
Originally posted by tephoon78 at 2011-01-26 14:56:41:


您能解释一下那个例子的第6步和第7步吗?

第6步保存non-equilibrium溶剂效应，第7步的B3lyp只是计算能量的,不能像td计算那样给出发射波长,那应该怎样得到发射波长呢?


Step 7: Emission to final groun ...

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16楼2011-01-26 22:24:34
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pwzhou

铁杆木虫 (正式写手)
还有，大家如果用的是正版的Gaussian，有问题直接给Gaussian公司写信问就是，一般24小时之内都会回复的。
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17楼2011-01-26 22:28:24
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jimuwei

木虫 (小有名气)
★
tandz(金币+1):谢谢参与
现在论坛上有G09吗？

是否可以资源共享！！
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18楼2011-01-26 22:33:55
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tandz

木虫 (正式写手)
引用回帖:
Originally posted by pwzhou at 2011-01-26 22:24:34:
下面是Gaussian公司关于7步计算中的能量的一个计算的说明，包含了你的问题的答案，供参考：
Dear Dr. Zhou,

As I was saying in my previous email, the "StateSpecific" option in G09 rev. A.02  ...

弱问：第二步和第四步的“Total Energy, E(TD-HF/TD-KS) ” 是什么意思，能直接从输出文件中找到么？ 我怎么没有找到呢？这两步的总能量也跟例子给的能量不一样。
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19楼2011-01-27 14:17:07
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akikucoco

铜虫 (小有名气)
★
tandz(金币+1):谢谢参与
荧光光谱计算的7个步骤中都出现geom=check guess=read, 我想问下2-7步所用的chk文件是第一步得到的CHK文件吗?晕得很,从第二步开始晕,这几步都要用到CHK文件,到底是哪里的CHK呢.
   我不是很明白,希望知道的朋友帮我解释一下.geom=check guess=read这个命令不就是要配合现有的CHK文件才能计算吗?
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20楼2011-03-24 17:58:20
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hexinchem

铁杆木虫 (著名写手)
★
tandz(金币+1):谢谢参与
没有算过荧光 来学习
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21楼2011-03-24 19:14:36
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pwzhou

铁杆木虫 (正式写手)
引用回帖:
Originally posted by akikucoco at 2011-03-24 17:58:20:
荧光光谱计算的7个步骤中都出现geom=check guess=read, 我想问下2-7步所用的chk文件是第一步得到的CHK文件吗?晕得很,从第二步开始晕,这几步都要用到CHK文件,到底是哪里的CHK呢.
   我不是很明白,希望知道的朋友帮 ...

每一步用前一步的check文件
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22楼2011-03-24 19:30:21
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pwzhou

铁杆木虫 (正式写手)
引用回帖:
Originally posted by tandz at 2011-01-27 14:17:07:
弱问：第二步和第四步的“Total Energy, E(TD-HF/TD-KS) ” 是什么意思，能直接从输出文件中找到么？ 我怎么没有找到呢？这两步的总能量也跟例子给的能量不一样。

这个当然可以从输出文件中找到了
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23楼2011-03-24 19:31:07
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akikucoco

铜虫 (小有名气)
★
tandz(金币+1):谢谢参与
引用回帖:
Originally posted by pwzhou at 2011-03-24 19:30:21:
每一步用前一步的check文件

谢谢,明白了.不过要是在第2步出现前面几个激发态的能量是负值又说明了什么问题呢?就是用TD=Nstates=6，OUT文件给出的前几个态能量都是小于0的。
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24楼2011-03-25 11:21:29
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pwzhou

铁杆木虫 (正式写手)
引用回帖:
Originally posted by akikucoco at 2011-03-25 11:21:29:
谢谢,明白了.不过要是在第2步出现前面几个激发态的能量是负值又说明了什么问题呢?就是用TD=Nstates=6，OUT文件给出的前几个态能量都是小于0的。

激发态是负值肯定是不正常的，我没遇到过，你最好检查一下你的输入文件中的结构是否合理
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25楼2011-03-25 11:57:40
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daiyulan85

木虫 (正式写手)
★
tandz(金币+1):谢谢参与
引用回帖:
Originally posted by pwzhou at 2011-03-24 19:30:21:
每一步用前一步的check文件

不知道是不是可以这么理解：每一步的check似乎都是从第一步读取，也就是说，七步只有一个check文件，所有的数据都是存在这个文件中。如果分开的话，似乎不符合提取check的意义
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26楼2011-04-26 09:55:16
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zyxme6楼
2011-01-25 11:45  
tandz(金币+1):谢谢参与
半熟的小苹果9楼
2011-01-25 15:19  
tandz(金币+1):谢谢参与
引用回帖:
Originally posted by tandz at 2011-01-24 14:18:17: 用gaussian09计算乙醛分子在乙醇溶液中的荧光光谱。根据手册，一共分成7个步骤，http://www.gaussian.com/g_tech/g_ur/k_scrf.htm 但是计算到第六步出了问题。 输入文件如下： %chk=06-ac # B3L ...

半熟的小苹果10楼
2011-01-25 15:19  
tandz(金币+1):谢谢参与
zyxme13楼
2011-01-25 16:13  
tandz(金币+1):谢谢参与
sduqianqia15楼
2011-01-26 15:22  
tandz(金币+1):谢谢参与
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