| 查看: 8491 | 回复: 7 | |||
| 当前只显示满足指定条件的回帖，点击这里查看本话题的所有回帖 | |||
[交流]
【求助】LAMMPS运行错误：Out of range atoms - cannot compute PPPM
|
|||
|
运行LAMMPS出现以下内容： LAMMPS (23 Aug 2010) > Scanning data file ... > 4 = max bonds/atom > 6 = max angles/atom > Reading data file ... > orthogonal box = (-3.3562 -3.181 -3.2099) to (26.4202 26.9708 26.1994) > 1 by 1 by 1 processor grid > 1388 atoms > 960 bonds > 688 angles > Finding 1-2 1-3 1-4 neighbors ... > 4 = max # of 1-2 neighbors > 3 = max # of 1-3 neighbors > 3 = max # of 1-4 neighbors > 4 = max # of special neighbors > 1388 atoms in group all > 1128 atoms in group water > 260 atoms in group methane > Finding SHAKE clusters ... > 0 = # of size 2 clusters > 0 = # of size 3 clusters > 0 = # of size 4 clusters > 376 = # of frozen angles > PPPM initialization ... > G vector = 0.30131 > grid = 25 25 24 > stencil order = 5 > RMS precision = 7.38705e-06 > brick FFT buffer size/proc = 38148 15000 17340 > Setting up run ... > Memory usage per processor = 14.4062 Mbytes > Step Temp Press Volume TotEng > 0 356.69634 -nan 26404.024 6.5705214e+53 > ERROR: Out of range atoms - cannot compute PPPM 链接是data文件http://www.rayfile.com/files/3cd ... -8eca-0015c55db73d/ 和in文件 http://www.rayfile.com/files/4ef ... -bc0d-0015c55db73d/ 手册上说是初始结构的问题导致了原子重叠。我做的是NPT模拟，请问有谁知道这个问题应该怎样纠正啊？谢谢了，各位！！ |
回复此楼» 猜你喜欢
交叉科学部支持青年基金，对三无青椒是个机会吗？
已经有4人回复
-
招博士
已经有6人回复
-
限项规定
已经有8人回复
-
国家基金申请书模板内插入图片不可调整大小?
已经有5人回复
-
国家级人才课题组招收2026年入学博士
已经有5人回复
-
Fe3O4@SiO2合成
已经有6人回复
-
青年基金C终止
已经有4人回复
-
青椒八年已不青，大家都被折磨成啥样了？
已经有7人回复
-
为什么nbs上溴 没有产物点出现呢
已经有10人回复
-
救命帖
已经有11人回复
» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
- 【求助】lammps关于fix ave/spatial命令应用问题
已经有4人回复
- 【求助】lammps中是否有关于Bond-orientational order参数的
已经有3人回复
- 【求助】Lammps使用？
已经有0人回复
- 【求助】LAMMPS-运行报错
已经有9人回复
- 【求助】lammps势的选择
已经有3人回复
- 【求助】lammps模拟聚合物刷如何建模？
已经有1人回复
- 【求助】LAMMPS构造晶界
已经有0人回复
- 【求助】lammps或者dlpoly能否做粗粒化模拟吗？
已经有3人回复
- 【求助】Lammps能做布朗动力学模拟吗？
已经有3人回复
- 【求助】lammps怎么算声子谱？
已经有1人回复
- 【求助】lammps的使用
已经有9人回复
- 【求助】lammps 安装问题
已经有1人回复
- 【求助】Lammps 中加外力的问题
已经有1人回复
- 【求助】LAMMPS中添加Lees-Edwards边界条件
已经有2人回复
- 【求助】lammps这段代码的意思是？
已经有1人回复
- 【求助】lammps计算heat/flux出错
已经有1人回复
- 【求助】lammps如何测量模拟以后材料的晶格参数？
已经有7人回复
- 【求助】LAMMPS－REAX计算出错
已经有3人回复
- 【求助】lammps中多元化合物的晶格创建问题
已经有14人回复
- 【求助】lammps中消除平动对温度统计的影响问题
已经有2人回复
- 【求助】Lammps 多机并行的问题
已经有11人回复
» 抢金币啦！回帖就可以得到:
-
nanomaterials特刊：纳米材料在电化学能源领域的应用（SCI 中科院三区，IF4.5）征稿
+5/230
-
时隔多年再次回到小木虫，有一番感慨
+1/87
-
西北工业大学民航学院复合材料领域招聘两名博后
+1/81
-
“超分子材料交叉研究团队”联合诚聘博士后 [清华/吉大/复旦/北大]
+1/80
-
深圳大学信息功能聚合物电介质方向“申请-考核制”博士生招生
+1/73
-
征婚
+1/60
-
自驾淄博回四川遂宁过年，寻找小伙伴一起
+1/56
-
西交利物浦大学黄彪院士招收26年全奖博士生1名（工业智能方向）
+1/29
-
中山大学农业与生物技术学院周潇峰课题组诚聘微生物/植物病理学方向科研助理
+1/28
-
【青岛大学】2026年生物与医药申请考核制博士生招生（含少数民族骨干人才）
+1/28
-
中国科学院上海光学精密机械研究所 特种强激光薄膜课题组
+1/26
-
辽宁材料实验室框架复合材料课题组招收联合培养研究生（长期有效）
+2/14
-
法国斯特拉斯堡大学有机光伏全奖博士招聘
+1/9
-
电子科技大学崔春华课题组招收物理化学背景博士生1名-申请考核制
+2/8
-
山东大学集成电路学院王凌云研究员招收2026年硕士生及联合培养硕士生
+1/6
-
福建师范大学柔性电子学院 院士团队招2026级博士 光电器件、发光传感忆阻器
+1/3
-
澳科大诚招2026年秋季生物材料全奖博士研究生（今日16:30线上宣讲会）
+1/3
-
标准求助 SN/T 5263-2020悬赏10个金币
+1/2
-
【博士后/科研助理招聘-北京理工大学-集成电路与电子学院-国家杰青团队】
+1/2
-
南京林业大学国家级青年人才团队招收生物质转化和炭材料等方向博士生
+1/1
6楼2013-02-15 10:50:31
2楼2012-09-15 10:31:54
★ ★ ★ ★ ★ ★
阿三阿里宝宝(金币+2): 谢谢参与
chaizhm: 金币+5, 谢谢~ 2012-09-17 09:21:16
阿三阿里宝宝(金币+2): 谢谢参与
chaizhm: 金币+5, 谢谢~ 2012-09-17 09:21:16
|
This error occus because atoms are moving too far 解决办法：调小时间步长， 先运行一个 energy minimization 命令 一般运行一段时间之后，如果温度比较高，再出现这样的报错信息，就是because atoms are moving too far 但是在第一步就出现这样“Out of range atoms - cannot compute PPPM”，那么就是模型建立的有问题，检查模型建立的过程，或者重新建模！ |
3楼2012-09-15 17:08:00
4楼2013-01-30 21:46:37