| 查看: 8485 | 回复: 7 | |||
| 当前只显示满足指定条件的回帖，点击这里查看本话题的所有回帖 | |||
[交流]
【求助】LAMMPS运行错误：Out of range atoms - cannot compute PPPM
|
|||
|
运行LAMMPS出现以下内容： LAMMPS (23 Aug 2010) > Scanning data file ... > 4 = max bonds/atom > 6 = max angles/atom > Reading data file ... > orthogonal box = (-3.3562 -3.181 -3.2099) to (26.4202 26.9708 26.1994) > 1 by 1 by 1 processor grid > 1388 atoms > 960 bonds > 688 angles > Finding 1-2 1-3 1-4 neighbors ... > 4 = max # of 1-2 neighbors > 3 = max # of 1-3 neighbors > 3 = max # of 1-4 neighbors > 4 = max # of special neighbors > 1388 atoms in group all > 1128 atoms in group water > 260 atoms in group methane > Finding SHAKE clusters ... > 0 = # of size 2 clusters > 0 = # of size 3 clusters > 0 = # of size 4 clusters > 376 = # of frozen angles > PPPM initialization ... > G vector = 0.30131 > grid = 25 25 24 > stencil order = 5 > RMS precision = 7.38705e-06 > brick FFT buffer size/proc = 38148 15000 17340 > Setting up run ... > Memory usage per processor = 14.4062 Mbytes > Step Temp Press Volume TotEng > 0 356.69634 -nan 26404.024 6.5705214e+53 > ERROR: Out of range atoms - cannot compute PPPM 链接是data文件http://www.rayfile.com/files/3cd ... -8eca-0015c55db73d/ 和in文件 http://www.rayfile.com/files/4ef ... -bc0d-0015c55db73d/ 手册上说是初始结构的问题导致了原子重叠。我做的是NPT模拟，请问有谁知道这个问题应该怎样纠正啊？谢谢了，各位！！ |
回复此楼» 猜你喜欢
招博士
已经有6人回复
-
限项规定
已经有8人回复
-
国家基金申请书模板内插入图片不可调整大小?
已经有5人回复
-
交叉科学部支持青年基金，对三无青椒是个机会吗？
已经有3人回复
-
国家级人才课题组招收2026年入学博士
已经有5人回复
-
Fe3O4@SiO2合成
已经有6人回复
-
青年基金C终止
已经有4人回复
-
青椒八年已不青，大家都被折磨成啥样了？
已经有7人回复
-
为什么nbs上溴 没有产物点出现呢
已经有10人回复
-
救命帖
已经有11人回复
» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
- 【求助】lammps关于fix ave/spatial命令应用问题
已经有4人回复
- 【求助】lammps中是否有关于Bond-orientational order参数的
已经有3人回复
- 【求助】Lammps使用？
已经有0人回复
- 【求助】LAMMPS-运行报错
已经有9人回复
- 【求助】lammps势的选择
已经有3人回复
- 【求助】lammps模拟聚合物刷如何建模？
已经有1人回复
- 【求助】LAMMPS构造晶界
已经有0人回复
- 【求助】lammps或者dlpoly能否做粗粒化模拟吗？
已经有3人回复
- 【求助】Lammps能做布朗动力学模拟吗？
已经有3人回复
- 【求助】lammps怎么算声子谱？
已经有1人回复
- 【求助】lammps的使用
已经有9人回复
- 【求助】lammps 安装问题
已经有1人回复
- 【求助】Lammps 中加外力的问题
已经有1人回复
- 【求助】LAMMPS中添加Lees-Edwards边界条件
已经有2人回复
- 【求助】lammps这段代码的意思是？
已经有1人回复
- 【求助】lammps计算heat/flux出错
已经有1人回复
- 【求助】lammps如何测量模拟以后材料的晶格参数？
已经有7人回复
- 【求助】LAMMPS－REAX计算出错
已经有3人回复
- 【求助】lammps中多元化合物的晶格创建问题
已经有14人回复
- 【求助】lammps中消除平动对温度统计的影响问题
已经有2人回复
- 【求助】Lammps 多机并行的问题
已经有11人回复
» 抢金币啦！回帖就可以得到:
-
邀您投稿 Polymers 特刊
+1/478
-
限广州，征女友
+2/102
-
西北工业大学民航学院复合材料领域招聘两名博后
+1/81
-
【2026/2027 哈工大计算机类博士招生】
+1/78
-
北京理工大学 珠海校区全职院士招数名博士生--申请考核制-半导体、光学、微电子
+2/64
-
东北大学-招收2026年硕士研究生2-3名（金属材料3D打印方向）
+5/40
-
南开大学物理学院张书辉副教授招收凝聚态物理理论方向博士生、硕士生
+1/30
-
2026湖南科技大学化学化工学院招新能源电池方向博士生
+1/28
-
中山大学农业与生物技术学院周潇峰课题组诚聘微生物/植物病理学方向科研助理
+1/28
-
青岛大学化学院泰山学者冯佳课题组申请考核制博士招生
+1/13
-
博士后, 博士招生 美国大纽约地区 NJIT
+1/11
-
法国斯特拉斯堡大学有机光伏全奖博士招聘
+1/11
-
山东大学集成电路学院太赫兹团队博士招生(2026年2月底前)
+1/4
-
华南理工大学宋波教授招收2026年博士生（二氧化碳转化方向优先）
+1/3
-
福建师范大学柔性电子学院 院士团队招2026级博士 光电器件、发光传感忆阻器
+1/3
-
山东大学集成电路学院太赫兹团队博士招生(2026年2月底前)
+1/3
-
复旦大学2026年博士研究生，“药学 + 合成生物学”
+1/2
-
深圳大学院士团队2026“申请-考核制”博士研究生招生
+1/2
-
华南理工大学宋波教授招收2026年博士生（二氧化碳有机、高分子和光电生物催化还原）
+1/2
-
浙江大学（清洁能源可持续利用技术和器件研发）博士后招聘
+1/1
4楼2013-01-30 21:46:37
2楼2012-09-15 10:31:54
★ ★ ★ ★ ★ ★
阿三阿里宝宝(金币+2): 谢谢参与
chaizhm: 金币+5, 谢谢~ 2012-09-17 09:21:16
阿三阿里宝宝(金币+2): 谢谢参与
chaizhm: 金币+5, 谢谢~ 2012-09-17 09:21:16
|
This error occus because atoms are moving too far 解决办法：调小时间步长， 先运行一个 energy minimization 命令 一般运行一段时间之后，如果温度比较高，再出现这样的报错信息，就是because atoms are moving too far 但是在第一步就出现这样“Out of range atoms - cannot compute PPPM”，那么就是模型建立的有问题，检查模型建立的过程，或者重新建模！ |
3楼2012-09-15 17:08:00
5楼2013-02-08 13:04:59