| 查看: 4037 | 回复: 7 | |||
[交流]
关于fix nvt里的Tdamp
|
|
请问一下大家，lammps的fix nvt里面的tdamp该怎么选取比较合适？ manual说最好是timestep的100倍左右。今天我进行多核并行模拟（试过6核、4核）的时候，设置步长为0.0005ps（units是metal，步长要设置成0.5fs，所以写0.0005），tdamp我设置为0.05，但run一些steps之后程序突然中止，tdamp改成0.1的话，run的步数正好是之前的两倍，随后也中止跳出。。。 请教论坛里的大牛tdamp到底应该怎么设置，对并行运算也会有影响吗？单核计算的话就不会出现这个问题，但单核实在太慢了。。。 |
回复此楼» 猜你喜欢
同年申请2项不同项目，第1个项目里不写第2个项目的信息，可以吗
已经有4人回复
-
有时候真觉得大城市人没有县城人甚至个体户幸福
已经有10人回复
-
天津大学招2026.09的博士生，欢迎大家推荐交流（博导是本人）
已经有5人回复
-
有院领导为了换新车，用横向课题经费买了俩车
已经有5人回复
-
CSC & MSCA 博洛尼亚大学能源材料课题组博士/博士后招生｜MSCA经费充足、排名优
已经有6人回复
-
面上项目申报
已经有3人回复
-
酰胺脱乙酰基
已经有9人回复
-
博士延得我，科研能力直往上蹿
已经有7人回复
-
面上基金申报没有其他的参与者成吗
已经有5人回复
-
遇见不省心的家人很难过
已经有22人回复
» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
- 分子模拟中体系势能和总能量为很大的正值
已经有8人回复
- fix nvt 命令中Tdamp的含义
已经有12人回复
- 如何设置并行计算
已经有3人回复
- fix deform 指令拉伸求教
已经有10人回复
- 关于汽轮机几个英语简写
已经有6人回复
- 聚合物的模型，退火和NPT,NVT要做到什么程度就能保证结构合理？
已经有4人回复
- 【求助】LAMMPS-运行报错
已经有9人回复
» 抢金币啦！回帖就可以得到:
-
中国石油大学（华东）吴传德教授团队（国家杰青）2026硕、博招生
+2/240
-
西南科技大学曹克课题组招收2026级申请考核制有机化学博士研究生
+1/180
-
好玩的不敢搞，能搞的不挣钱，能挣钱的我不会做
+1/89
-
中国科学院深圳先进技术研究院——招聘博士后
+3/86
-
欢迎报考南京农业大学植物环境适应课题组课题组2026级博士生。
+1/83
-
坐标浙江宁波，诚征女友
+1/63
-
香港城市大学软物质课题组现招收博士研究生 2026.09 入学
+1/34
-
操作求助
+1/33
-
深圳大学信息功能电子材料方向“申请-考核制”博士生招生
+2/32
-
中国科学技术大学环境系招生
+1/31
-
中南林业科技大学生物质绿色转化与功能材料课题组2026年博士招生
+1/14
-
南京医科大学国家级高层次青年人才团队招收博士研究生
+1/11
-
北京工业大学化生学院青年教师或“青年优秀人才”招聘启事
+1/11
-
哈工大 张乃庆课题组招收博士快响计划（名额充足），通过后随时入学
+1/9
-
广东省智能院与澳门大学/澳门理工联培博士招生
+1/4
-
美国密苏里大学“柔性电子”课题组诚招博士研究生
+1/4
-
推荐一款可以AI辅助写作的Latex编辑器SmartLatexEditor，超级好用，AI润色，全免费
+1/3
-
上海交通大学化学化工学院刘彦男课题组招聘科研助理
+1/3
-
山东第一医科大学第一附属医院招聘事业编制科研岗
+1/2
-
北京理工大学（珠海校区）何治宇课题组招收硕士推免生/招聘科研助理2名
+1/2
2楼2012-04-24 08:04:43
|
[proxy:0:0@lammps] HYDT_dmxu_poll_wait_for_event (./tools/demux/demux_poll.c:70): assert (!(pollfds.revents & ~POLLIN & ~POLLOUT & ~POLLHUP)) failed [proxy:0:0@lammps] main (./pm/pmiserv/pmip.c:225): demux engine error waiting for event [mpiexec@lammps] HYDT_bscu_wait_for_completion (./tools/bootstrap/utils/bscu_wait.c:99): one of the processes terminated badly; aborting [mpiexec@lammps] HYDT_bsci_wait_for_completion (./tools/bootstrap/src/bsci_wait.c:18): bootstrap device returned error waiting for completion [mpiexec@lammps] HYD_pmci_wait_for_completion (./pm/pmiserv/pmiserv_pmci.c:352): bootstrap server returned error waiting for completion [mpiexec@lammps] main (./ui/mpich/mpiexec.c:302): process manager error waiting for completion 这是今天报错的内容，我昨晚把tdamp改成0.025。。。运行中止。。。现在简直是盲人摸象的感觉啊 |
3楼2012-04-24 13:26:06
|
Memory usage per processor = 2.39259 Mbytes Step Temp E_pair E_mol TotEng Press 80150 278.46674 -705.38902 0 -700.92569 -19142.026 85000 353.46293 -704.73979 0 -699.07439 -16120.99 …… …… 180000 891.91995 -710.80657 0 -696.51064 -27161.183 185000 823.79471 -708.93996 0 -695.73597 -9021.5055 APPLICATION TERMINATED WITH THE EXIT STRING: Hangup (signal 1) 这是主题贴没写上去的报错的内容。。。只有一行而已，前面是thermo的内容。。。只算了10万步而已。。上一条回复是昨晚后来修改tdamp以后新的报错。。。  |
4楼2012-04-24 14:13:34
5楼2012-04-24 22:58:47
6楼2012-04-25 17:17:52
7楼2012-04-25 17:22:47
8楼2016-01-07 10:25:39