版块导航: 正在加载中...

登录注册

应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜

>论坛更新日志 (4131)
>文献求助 (309)
>虫友互识 (240)
>基金申请 (201)
>导师招生 (172)
>休闲灌水 (122)
>论文投稿 (115)
>硕博家园 (104)
>教师之家 (76)
>考研 (59)
>博后之家 (57)
>考博 (52)
>论文道贺祈福 (48)
>找工作 (44)
>公派出国 (40)
>绿色求助(高悬赏) (38)

返回列表

hspwind

新虫 (初入文坛)

应助: 0 (幼儿园)
金币: 93.9
帖子: 11
在线: 7.2小时
虫号: 1526186

[交流] 关于fix nvt里的Tdamp

请问一下大家，lammps的fix nvt里面的tdamp该怎么选取比较合适？
manual说最好是timestep的100倍左右。今天我进行多核并行模拟（试过6核、4核）的时候，设置步长为0.0005ps（units是metal，步长要设置成0.5fs，所以写0.0005），tdamp我设置为0.05，但run一些steps之后程序突然中止，tdamp改成0.1的话，run的步数正好是之前的两倍，随后也中止跳出。。。
请教论坛里的大牛tdamp到底应该怎么设置，对并行运算也会有影响吗？单核计算的话就不会出现这个问题，但单核实在太慢了。。。

回复此楼

» 猜你喜欢

基础研究怎么拉横向，学校到款任务越来越多，难以完成拉横向，都有哪些途径啊已经有7人回复
HXDI做水性聚氨酯乳液，是不是特别容易出渣已经有3人回复
小木虫看见有人已经知道结果了已经有19人回复
2026年国自然面上资助率已经有8人回复
系统今天又提示维护了，估计离放榜不远了已经有15人回复
微信指数没变化，科研之友没阅读已经有17人回复
申请2027年材料/化学类博士已经有5人回复
你们的时间戳变了吗已经有4人回复
今年的WR进展到哪一步了？已经有9人回复
产物和副产物价值比较已经有5人回复

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:

分子模拟中体系势能和总能量为很大的正值已经有8人回复
fix nvt 命令中Tdamp的含义已经有12人回复
如何设置并行计算已经有3人回复
fix deform 指令拉伸求教已经有10人回复
关于汽轮机几个英语简写已经有6人回复
聚合物的模型，退火和NPT,NVT要做到什么程度就能保证结构合理？已经有4人回复
【求助】LAMMPS-运行报错已经有9人回复

» 抢金币啦！回帖就可以得到:

查看全部散金贴

1楼 2012-04-23 22:59:29

已阅回复此楼关注TA 给TA发消息送TA红花 TA的回帖

gt461344967

铜虫 (小有名气)

应助: 0 (幼儿园)
金币: 298
帖子: 73
在线: 53.1小时
虫号: 1091414

★
hspwind(金币+1): 谢谢参与

没有报什么错误吗？

赞一下

回复此楼

2楼2012-04-24 08:04:43

已阅回复此楼关注TA 给TA发消息送TA红花 TA的回帖

hspwind

新虫 (初入文坛)

应助: 0 (幼儿园)
金币: 93.9
帖子: 11
在线: 7.2小时
虫号: 1526186

引用回帖:

2楼: Originally posted by gt461344967 at 2012-04-24 08:04:43:
没有报什么错误吗？

[proxy:0:0@lammps] HYDT_dmxu_poll_wait_for_event (./tools/demux/demux_poll.c:70): assert (!(pollfds.revents & ~POLLIN & ~POLLOUT & ~POLLHUP)) failed
[proxy:0:0@lammps] main (./pm/pmiserv/pmip.c:225): demux engine error waiting for event
[mpiexec@lammps] HYDT_bscu_wait_for_completion (./tools/bootstrap/utils/bscu_wait.c:99): one of the processes terminated badly; aborting
[mpiexec@lammps] HYDT_bsci_wait_for_completion (./tools/bootstrap/src/bsci_wait.c:18): bootstrap device returned error waiting for completion
[mpiexec@lammps] HYD_pmci_wait_for_completion (./pm/pmiserv/pmiserv_pmci.c:352): bootstrap server returned error waiting for completion
[mpiexec@lammps] main (./ui/mpich/mpiexec.c:302): process manager error waiting for completion

这是今天报错的内容，我昨晚把tdamp改成0.025。。。运行中止。。。现在简直是盲人摸象的感觉啊

赞一下

回复此楼

3楼2012-04-24 13:26:06

已阅回复此楼关注TA 给TA发消息送TA红花 TA的回帖

hspwind

新虫 (初入文坛)

应助: 0 (幼儿园)
金币: 93.9
帖子: 11
在线: 7.2小时
虫号: 1526186

引用回帖:

2楼: Originally posted by gt461344967 at 2012-04-24 08:04:43:
没有报什么错误吗？

Memory usage per processor = 2.39259 Mbytes
Step Temp E_pair E_mol TotEng Press
80150 278.46674 -705.38902          0 -700.92569 -19142.026
85000 353.46293 -704.73979          0 -699.07439 -16120.99
……
……
180000 891.91995 -710.80657          0 -696.51064 -27161.183
  185000 823.79471 -708.93996          0 -695.73597 -9021.5055
APPLICATION TERMINATED WITH THE EXIT STRING: Hangup (signal 1)

这是主题贴没写上去的报错的内容。。。只有一行而已，前面是thermo的内容。。。只算了10万步而已。。上一条回复是昨晚后来修改tdamp以后新的报错。。。

赞一下

回复此楼

4楼2012-04-24 14:13:34

已阅回复此楼关注TA 给TA发消息送TA红花 TA的回帖

lbbz323

铁杆木虫 (著名写手)

应助: 13 (小学生)
金币: 11390
帖子: 2819
在线: 366.8小时
虫号: 941917

★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖

看看是否有其它方面的设置不好，或者不匹配。

赞一下

回复此楼

5楼2012-04-24 22:58:47

已阅回复此楼关注TA 给TA发消息送TA红花 TA的回帖

hspwind

新虫 (初入文坛)

应助: 0 (幼儿园)
金币: 93.9
帖子: 11
在线: 7.2小时
虫号: 1526186

引用回帖:

5楼: Originally posted by lbbz323 at 2012-04-24 22:58:47:
看看是否有其它方面的设置不好，或者不匹配。

单核运行倒是没问题。。。奇怪了

赞一下

回复此楼

6楼2012-04-25 17:17:52

已阅回复此楼关注TA 给TA发消息送TA红花 TA的回帖

rush7

金虫 (小有名气)

应助: 17 (小学生)
金币: 633.8
帖子: 286
在线: 75.9小时
虫号: 1556717

★ ★ ★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
zh1987hs: 金币+2, 谢谢 2012-04-25 18:23:55

我也遇见过类似问题，但是tdamp和pdamp你只可以理解为约束温度和压力的频率，越小当然越频繁。“APPLICATION TERMINATED WITH THE EXIT STRING: Hangup (signal 1)"我是经常见到的……根据经验性的来吧……一般来说tdamp设大一些，比如步长的1000倍也能控温不错，tdamp设为500倍？你试试……

赞一下(1人)

回复此楼

7楼2012-04-25 17:22:47

已阅回复此楼关注TA 给TA发消息送TA红花 TA的回帖