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hspwind

新虫 (初入文坛)

[交流] 关于fix nvt里的Tdamp

请问一下大家，lammps的fix nvt里面的tdamp该怎么选取比较合适？
manual说最好是timestep的100倍左右。今天我进行多核并行模拟（试过6核、4核）的时候，设置步长为0.0005ps（units是metal，步长要设置成0.5fs，所以写0.0005），tdamp我设置为0.05，但run一些steps之后程序突然中止，tdamp改成0.1的话，run的步数正好是之前的两倍，随后也中止跳出。。。
请教论坛里的大牛tdamp到底应该怎么设置，对并行运算也会有影响吗？单核计算的话就不会出现这个问题，但单核实在太慢了。。。
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1楼 2012-04-23 22:59:29
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gt461344967

铜虫 (小有名气)
★
hspwind(金币+1): 谢谢参与
没有报什么错误吗？
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2楼2012-04-24 08:04:43
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hspwind

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
2楼: Originally posted by gt461344967 at 2012-04-24 08:04:43:
没有报什么错误吗？

[proxy:0:0@lammps] HYDT_dmxu_poll_wait_for_event (./tools/demux/demux_poll.c:70): assert (!(pollfds.revents & ~POLLIN & ~POLLOUT & ~POLLHUP)) failed
[proxy:0:0@lammps] main (./pm/pmiserv/pmip.c:225): demux engine error waiting for event
[mpiexec@lammps] HYDT_bscu_wait_for_completion (./tools/bootstrap/utils/bscu_wait.c:99): one of the processes terminated badly; aborting
[mpiexec@lammps] HYDT_bsci_wait_for_completion (./tools/bootstrap/src/bsci_wait.c:18): bootstrap device returned error waiting for completion
[mpiexec@lammps] HYD_pmci_wait_for_completion (./pm/pmiserv/pmiserv_pmci.c:352): bootstrap server returned error waiting for completion
[mpiexec@lammps] main (./ui/mpich/mpiexec.c:302): process manager error waiting for completion


这是今天报错的内容，我昨晚把tdamp改成0.025。。。运行中止。。。现在简直是盲人摸象的感觉啊
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3楼2012-04-24 13:26:06
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hspwind

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
2楼: Originally posted by gt461344967 at 2012-04-24 08:04:43:
没有报什么错误吗？

Memory usage per processor = 2.39259 Mbytes
Step Temp E_pair E_mol TotEng Press
   80150    278.46674   -705.38902            0   -700.92569   -19142.026
   85000    353.46293   -704.73979            0   -699.07439    -16120.99   
……
……
180000    891.91995   -710.80657            0   -696.51064   -27161.183
  185000    823.79471   -708.93996            0   -695.73597   -9021.5055
APPLICATION TERMINATED WITH THE EXIT STRING: Hangup (signal 1)

这是主题贴没写上去的报错的内容。。。只有一行而已，前面是thermo的内容。。。只算了10万步而已。。上一条回复是昨晚后来修改tdamp以后新的报错。。。
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4楼2012-04-24 14:13:34
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lbbz323

铁杆木虫 (著名写手)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
看看是否有其它方面的设置不好，或者不匹配。
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5楼2012-04-24 22:58:47
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hspwind

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
5楼: Originally posted by lbbz323 at 2012-04-24 22:58:47:
看看是否有其它方面的设置不好，或者不匹配。

单核运行倒是没问题。。。奇怪了
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6楼2012-04-25 17:17:52
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rush7

金虫 (小有名气)
★ ★ ★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
zh1987hs: 金币+2, 谢谢 2012-04-25 18:23:55
我也遇见过类似问题，但是tdamp和pdamp你只可以理解为约束温度和压力的频率，越小当然越频繁。“APPLICATION TERMINATED WITH THE EXIT STRING: Hangup (signal 1)"我是经常见到的……根据经验性的来吧……一般来说tdamp设大一些，比如步长的1000倍也能控温不错，tdamp设为500倍？你试试……
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7楼2012-04-25 17:22:47
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xxooxxxooo

新虫 (初入文坛)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
大哥。。。。。步长单位是fs
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8楼2016-01-07 10:25:39
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