| 查看: 2523 | 回复: 8 | ||
linyusuc银虫 (小有名气)
|
[求助]
分子模拟中体系势能和总能量为很大的正值
|
| 请教各位大侠，我在进行体系的模拟的时候，遇到的问题是模拟体系的势能和总能量是很大的正值，但是按照我们一般的常识，分子体系应该是处于势能较小的位置吧，这到底是什么原因呢，如何进行解决呢？另外在进行分子模拟的时候，进行温度计算的时候，为什么是3n-3，去掉的那三个自由度是哪三个呢，为什么要进行去除呢，不是很理解，还望指点迷津！ |
回复此楼» 猜你喜欢
范进中举一文的中心思想
已经有8人回复
-
2026年的国家社科基金项目通讯评审的新规则与新动向、新挑战
已经有6人回复
-
我面上完蛋了
已经有13人回复
-
只有每年这种时候来逛逛小木虫
已经有27人回复
-
明天应该可查了！？
已经有5人回复
-
如果此刻你正在为国基感到焦虑，不妨来听听这首《基金之外》
已经有7人回复
-
没有任何消息-是不是就凉了
已经有8人回复
-
人气不行了
已经有10人回复
-
能否退出参与的面上项目解除限项
已经有24人回复
-
filecode，4个jtjc了
已经有17人回复
» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)
» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
- NAMD软件在代码层面上是如何计算蛋白质势能的？
已经有8人回复
- 体系静电势能可以用什么软件计算
已经有16人回复
- 如何在MS里构造Co的晶格结构并计算其体系能量
已经有5人回复
- 体系加电场之后，如何求纳米管中的水分子与电场的相互作用（电势能）
已经有4人回复
- 关于fix nvt里的Tdamp
已经有7人回复
- 关于能量单位kcal/mol的疑惑
已经有10人回复
- Coarse - graining 模型中Lennard - Jones 势能函数的指数是怎么调整的？
已经有9人回复
- 薄膜在lammps条件下的谐振
已经有5人回复
- nvt系综，系统总能量震荡厉害
已经有9人回复
- ms较大体系在能量最小化时算到结束突然跳出“应用程序发生异常……”的对话框
已经有8人回复
- 【500金币本版活动】“经验力场分子模拟+第一性原理计算问题讨论互助及资源共享”
已经有82人回复
- 【讨论】很奇怪的能量，温度曲线。
已经有7人回复
- 【求助】用DL_POLY2.0跑完动力学以后，怎么看体系的势能是否达到平衡？
已经有7人回复
- 【求助】分子的LJ势能参数的拟合
已经有8人回复
- 【求助】势能为正值
已经有16人回复
- 【求助】分子模拟总能量是否一定小于0？
已经有13人回复
- 【求助】请问NVE系宗的问题
已经有8人回复
sciencejoy
新虫 (著名写手)
- 应助: 436 (硕士)
- 金币: 11208.1
- 红花: 91
- 帖子: 2974
- 在线: 498小时
- 虫号: 802149
- 注册: 2009-07-02
- 性别: GG
- 专业: 高分子物理与高分子物理化
2楼2013-11-29 10:32:00
cg陈
铁杆木虫 (著名写手)
- 应助: 76 (初中生)
- 金币: 6627.2
- 散金: 46
- 红花: 2
- 帖子: 1253
- 在线: 445.4小时
- 虫号: 874350
- 注册: 2009-10-16
- 性别: GG
- 专业: 理论和计算化学
【答案】应助回帖
★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
linyusuc: 金币+3, ★★★很有帮助, 谢谢您的积极帮助 2013-11-30 08:13:10
月只蓝: 金币+3, 感谢指导！ 2013-11-30 10:17:30
感谢参与，应助指数 +1
linyusuc: 金币+3, ★★★很有帮助, 谢谢您的积极帮助 2013-11-30 08:13:10
月只蓝: 金币+3, 感谢指导！ 2013-11-30 10:17:30
|
1.计算分子动力模拟系统功能的平均值可以得到系统的温度，即: T=<2k>/f 式中，K 为功能;T 为温度;f 为系统的自由度。对含有N 个原子的系统，每个原子具有3 个移动自由度，但因为系统的动量守恒，故须减去3 个自由度，故系统的总自由度为f=3N-3 。若系统加入限制条件，则每个限制减少一个自由度。 2.我认为体系的结构仍然不是最优的，需要进一步能量最小化。 |
3楼2013-11-29 14:28:51
linyusuc
银虫 (小有名气)
- 应助: 0 (幼儿园)
- 金币: 7.7
- 散金: 15
- 帖子: 263
- 在线: 39.9小时
- 虫号: 1589742
- 注册: 2012-01-29
- 性别: MM
- 专业: 理论和计算化学
4楼2013-11-30 08:14:56
cg陈
铁杆木虫 (著名写手)
- 应助: 76 (初中生)
- 金币: 6627.2
- 散金: 46
- 红花: 2
- 帖子: 1253
- 在线: 445.4小时
- 虫号: 874350
- 注册: 2009-10-16
- 性别: GG
- 专业: 理论和计算化学
5楼2013-11-30 14:41:36
linyusuc
银虫 (小有名气)
- 应助: 0 (幼儿园)
- 金币: 7.7
- 散金: 15
- 帖子: 263
- 在线: 39.9小时
- 虫号: 1589742
- 注册: 2012-01-29
- 性别: MM
- 专业: 理论和计算化学
6楼2013-12-02 10:37:34
cg陈
铁杆木虫 (著名写手)
- 应助: 76 (初中生)
- 金币: 6627.2
- 散金: 46
- 红花: 2
- 帖子: 1253
- 在线: 445.4小时
- 虫号: 874350
- 注册: 2009-10-16
- 性别: GG
- 专业: 理论和计算化学
7楼2013-12-02 11:35:17
linyusuc
银虫 (小有名气)
- 应助: 0 (幼儿园)
- 金币: 7.7
- 散金: 15
- 帖子: 263
- 在线: 39.9小时
- 虫号: 1589742
- 注册: 2012-01-29
- 性别: MM
- 专业: 理论和计算化学
8楼2013-12-02 14:53:18
cg陈
铁杆木虫 (著名写手)
- 应助: 76 (初中生)
- 金币: 6627.2
- 散金: 46
- 红花: 2
- 帖子: 1253
- 在线: 445.4小时
- 虫号: 874350
- 注册: 2009-10-16
- 性别: GG
- 专业: 理论和计算化学
9楼2013-12-02 16:30:04
20