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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » 分子模拟中体系势能和总能量为很大的正值
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linyusuc

银虫 (小有名气)

[求助] 分子模拟中体系势能和总能量为很大的正值

请教各位大侠，我在进行体系的模拟的时候，遇到的问题是模拟体系的势能和总能量是很大的正值，但是按照我们一般的常识，分子体系应该是处于势能较小的位置吧，这到底是什么原因呢，如何进行解决呢？另外在进行分子模拟的时候，进行温度计算的时候，为什么是3n-3，去掉的那三个自由度是哪三个呢，为什么要进行去除呢，不是很理解，还望指点迷津！
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1楼 2013-11-29 09:40:43
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sciencejoy

新虫 (著名写手)
★
月只蓝: 金币+1, 鼓励交流！ 2013-12-02 15:08:08
可以画图给大家看看。关于你温度的问题，没看懂你在问什么？温度不就是算平均动能吗？
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2楼2013-11-29 10:32:00
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