Originally posted by shengxiang at 2010-09-03 21:39:31:



是这样的，我的体系中只有醇，我算的这个势能是用GROMACS中的g_energy选择势能“potentia”，我看文献中求出的势能都是负的~这个势能是以什么为标准呢？可能是正的吗？请不吝赐教~万分感谢~l

Originally posted by shengxiang at 2010-09-02 10:45:00:
请教个问题，跑完动力学之后我用e_energy分析势能随时间的变化时发现势能都是正的，这怎么解释啊？

Originally posted by 345320587 at 2010-09-02 16:37:45:
你跑的是个什么体系？我从前跑过肽段，得到的势能也是正值，是没有问题的 不过看你的势能值貌似也太高了点了啊 是不是计算方面有什么错误呢~

Originally posted by yahoohoo at 2010-09-02 17:23:27:


你可以先考虑下这个问题：

势能为什么不能是正的？

然后是：

你模拟的体系中势能由哪些部分组成？

Originally posted by 043114076 at 2010-09-02 20:32:45:
看一下这个帖子
http://muchong.com/bbs/viewthread.php?tid=2297056

Originally posted by shengxiang at 2010-09-03 21:41:15:



感谢你的回复，那个帖子我看了，如果势能出现负值的话我认为是正确的，因为取无穷远处和真空为势能零点，但是出现正值的话我真不知道该怎么解释了，望帮助~