应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 第一性原理 » Vasp&MedeA » vasp 扫描势能面
71/1返回列表
查看: 3047  |  回复: 6
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看

gjh123

金虫 (正式写手)

[求助] vasp 扫描势能面

请问怎么用vasp 扫描出如下图所示的势能面啊？
回复此楼

» 收录本帖的淘帖专辑推荐

VASP

» 猜你喜欢

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
1楼 2011-11-04 16:16:59
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

stractor

金虫 (著名写手)
★
zzy870720z(金币+1): 谢谢提示 2011-11-06 10:13:15
这个不是VASP扫描，而需要处理VASP输出文件中的 LOCPOT 文件，一个三维矩阵。我没做个类似的图，不过Matlab和Oringin很好处理。
赞一下(1人) 回复此楼
2楼2011-11-06 02:53:05
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

gjh123

金虫 (正式写手)
引用回帖:
2楼: Originally posted by stractor at 2011-11-06 02:53:05:
这个不是VASP扫描，而需要处理VASP输出文件中的 LOCPOT 文件，一个三维矩阵。我没做个类似的图，不过Matlab和Oringin很好处理。

谢谢您的回复！在文献中，作者是想通过这个势能面来计算氢原子在碳纳米管表面的迁移势垒。对于这个势能面的做法，他是这样描述的：
          The determination of the hydrogen migration barrier on CNT was, however, quite a non-trivial task, because the standard techniques of migration barrier determination did not work well due to the inconvenient geometry of the problem.It turned out methodologically easier to scan the
potential surface of hydrogen atom.For this purpose a surface location of the probe hydrogen atom has been fixed and only H distance from the nanotube surface could relax. In order to exclude the global CNT rotation, a pair of carbon atoms far from the hydrogen atom was fixed as well.
         一直没搞明白他是怎么做的。难道他就是用LOCPOT做的吗？
赞一下 回复此楼
3楼2011-11-06 08:37:50
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

gjh123

金虫 (正式写手)
引用回帖:
2楼: Originally posted by stractor at 2011-11-06 02:53:05:
这个不是VASP扫描，而需要处理VASP输出文件中的 LOCPOT 文件，一个三维矩阵。我没做个类似的图，不过Matlab和Oringin很好处理。

没法送你金币啊？
回复此楼
4楼2011-11-06 08:45:03
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

cavediger

金虫 (正式写手)
★ ★
zzy870720z(金币+2): 谢谢指点 2011-11-06 10:13:34
引用回帖:
3楼: Originally posted by gjh123 at 2011-11-06 08:37:50:
谢谢您的回复！在文献中，作者是想通过这个势能面来计算氢原子在碳纳米管表面的迁移势垒。对于这个势能面的做法，他是这样描述的：
          The determination of the hydrogen migration barrier on CNT was ...

这个不是LOCPOT做的，上面的话应该说得很清楚了：固定离H较远的两个C，将H放在管子附近，只优化H离管子的距离（其他方向保持不变），如此要做很多点（！），然后把这些点进行拟合就可以了。
赞一下(1人) 回复此楼
我们都老得太快，却聪明得太迟。当我一路跌跌撞撞登上山巅，蓦然发现，本来就有一条笔直的路，直达山顶....
5楼2011-11-06 09:02:48
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

gjh123

金虫 (正式写手)
引用回帖:
5楼: Originally posted by cavediger at 2011-11-06 09:02:48:
这个不是LOCPOT做的，上面的话应该说得很清楚了：固定离H较远的两个C，将H放在管子附近，只优化H离管子的距离（其他方向保持不变），如此要做很多点（！），然后把这些点进行拟合就可以了。

谢谢您的指点。我再研究一下。
赞一下 回复此楼
6楼2011-11-06 14:36:58
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

gjh123

金虫 (正式写手)
今天发邮件请教了一下侯柱锋老师，侯老师更详细的给我讲解了计算扩散势垒的方法。
        在此帖出侯老师的讲解，与大家共同学习一下：要构造整个势能面的计算量非常大，最直接的一个方法就是，你所模拟的多孔材料表面按画棋盘的方式定出一个二维网格点，然后计算H2分子吸附在这些二维网格点的顶位时的吸附能（此时固定H2的其中的一个H原子与格点的xy坐标，进行原子位置的优化)。这样的一组 x  y     吸附能的数据，然后画出等高线图。
        另外一种方式：考虑H2在多孔材料表面的不同位置（根据表面结构的特征，考虑一些不等价的位置以及对称性高的位置）上的吸附，得到最稳定的吸附位以及能量较高（对应着不稳定的吸附位)的吸附位置，然后对这两个吸附位当作扩散的末态和初态，做nudged elastic band (NEB)的模拟来得到扩散势垒。
         
        在此，再一次感谢侯老师的讲解！
赞一下(3人) 回复此楼
7楼2011-11-06 14:39:28
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 gjh123 的主题更新
71/1返回列表
普通表情 龙 兔 虎 猫
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭