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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » 【求助】势能为正值
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shengxiang

木虫 (著名写手)

[交流] 【求助】势能为正值

请教个问题，跑完动力学之后我用e_energy分析势能随时间的变化时发现势能都是正的，这怎么解释啊？

势能图如下：
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1楼 2010-09-02 10:45:00
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回帖支持 ( 显示支持度最高的前 50 名 )

yahoohoo

铁杆木虫 (著名写手)
★ ★
shengxiang(金币+1): 2010-09-05 08:29:41
lei0736(金币+2):谢谢 2010-09-05 09:33:16
引用回帖:
Originally posted by shengxiang at 2010-09-03 21:39:31:



是这样的，我的体系中只有醇，我算的这个势能是用GROMACS中的g_energy选择势能“potentia”，我看文献中求出的势能都是负的~这个势能是以什么为标准呢？可能是正的吗？请不吝赐教~万分感谢~l

最简单的LJ势能就可以是正值
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10楼2010-09-04 14:34:16
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普通回帖

345320587

银虫 (初入文坛)
★
lei0736(金币+1):谢谢 2010-09-02 19:46:09
shengxiang(金币+5): 2010-09-03 21:36:01
你跑的是个什么体系？我从前跑过肽段，得到的势能也是正值，是没有问题的 不过看你的势能值貌似也太高了点了啊 是不是计算方面有什么错误呢~
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2楼2010-09-02 16:37:45
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yahoohoo

铁杆木虫 (著名写手)
★ ★
lei0736(金币+2):谢谢 2010-09-02 19:46:16
shengxiang(金币+5): 2010-09-03 21:36:08
引用回帖:
Originally posted by shengxiang at 2010-09-02 10:45:00:
请教个问题，跑完动力学之后我用e_energy分析势能随时间的变化时发现势能都是正的，这怎么解释啊？

你可以先考虑下这个问题：

势能为什么不能是正的？

然后是：

你模拟的体系中势能由哪些部分组成？
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3楼2010-09-02 17:23:27
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043114076

木虫 (正式写手)
★ ★
lei0736(金币+2):谢谢 2010-09-02 22:10:43
shengxiang(金币+1): 2010-09-03 21:36:13
看一下这个帖子
http://muchong.com/bbs/viewthread.php?tid=2297056
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4楼2010-09-02 20:32:45
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shengxiang

木虫 (著名写手)

我跑的是醇体系，那要是计算中可能有错误的话，会出现在哪个环节呢？哪些参数？

我跑的是醇体系，那要是计算中可能有错误的话，会出现在哪个环节呢？哪些参数？

[ Last edited by shengxiang on 2010-9-3 at 21:34 ]
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5楼2010-09-03 21:32:36
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shengxiang

木虫 (著名写手)

谢谢

引用回帖:
Originally posted by 345320587 at 2010-09-02 16:37:45:
你跑的是个什么体系？我从前跑过肽段，得到的势能也是正值，是没有问题的 不过看你的势能值貌似也太高了点了啊 是不是计算方面有什么错误呢~

我跑的是醇体系，那要是计算中可能有错误的话，会出现在哪个环节呢？哪些参数？
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6楼2010-09-03 21:37:07
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shengxiang

木虫 (著名写手)

谢谢

引用回帖:
Originally posted by yahoohoo at 2010-09-02 17:23:27:


你可以先考虑下这个问题：

势能为什么不能是正的？

然后是：

你模拟的体系中势能由哪些部分组成？

是这样的，我的体系中只有醇，我算的这个势能是用GROMACS中的g_energy选择势能“potentia”，我看文献中求出的势能都是负的~这个势能是以什么为标准呢？可能是正的吗？请不吝赐教~万分感谢~l
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7楼2010-09-03 21:39:31
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shengxiang

木虫 (著名写手)

谢谢

引用回帖:
Originally posted by 043114076 at 2010-09-02 20:32:45:
看一下这个帖子
http://muchong.com/bbs/viewthread.php?tid=2297056

感谢你的回复，那个帖子我看了，如果势能出现负值的话我认为是正确的，因为取无穷远处和真空为势能零点，但是出现正值的话我真不知道该怎么解释了，望帮助~
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8楼2010-09-03 21:41:15
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043114076

木虫 (正式写手)
★ ★ ★ ★ ★
ghcacj(金币+5):谢谢 2010-09-04 12:10:57
shengxiang(金币+2): 2010-09-05 08:28:43
引用回帖:
Originally posted by shengxiang at 2010-09-03 21:41:15:



感谢你的回复，那个帖子我看了，如果势能出现负值的话我认为是正确的，因为取无穷远处和真空为势能零点，但是出现正值的话我真不知道该怎么解释了，望帮助~

对于分子力学来说，能量各部分的0点定义是不一样的。对于谐振势，键长键角0点都是在平衡位置，而且能量一定不会小于0. 库仑势能的0点是无穷远处，能量一定是负值。LJ VDW势除了无穷远处的0点外在r0的位置还有一个零点，当原子距离小于r0时能量大于0，大于r0时能量为负。
总的势能是这几项的加和，能量可能大于0也可能小于0，特别是当分子构型扭曲比较厉害时，成键能贡献很大。
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9楼2010-09-04 11:25:49
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