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老虎大王

木虫 (著名写手)

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
shengxiang(金币+5): 2010-09-05 08:31:50
lei0736(金币+8):谢谢 2010-09-05 09:33:36
通常来说,许多被模拟体系平衡时其势能为负值。比如对原子体系来讲,一般来说凝聚系的势能零点为无限远原子,即能量是与孤立原子体系相比。孤立原子形成凝聚态,这个过程如果是自发的,能量应是减小,所以凝聚系平衡势能常是负值。尤其是金属体系,基本上应该都是负值。但如果是分子体系,由于势能毕竟只是自由能的一部分,而且对于通过拟合体系性质得到的经验势来说,它的势能零点有时候好像也不是特别清楚,不一定是孤立原子,比如我们拟合时常常只关心势函数的一阶导和二阶导数,或者我们只关心各原子混合性质等等,所以出现势能为正的情况,倒也不见得违背什么原则。事实上,假如处理一个分子体系,它的势函数模型中包含了分子内的部分,因为常见的分子内的势函数,三体势和四体势(二面角)都经常选择为正的形式(如K*(theta-theta0)^2这种),而分子间斥力、色散力等自然也都是正的,那么总势能也将是有可能大于零的。

总之,对于分子体系,如果计算中不出现什么异常情况,我觉得势能大于零也可以被接受。一句话,如果是负值,更让人放心一些,如果是正值,假如仔细核对无误,而且计算中无异常,可以生成合理的结构,得到合理的性质,那就不要追究势能正负的问题了。

[ Last edited by 老虎大王 on 2010-9-4 at 18:58 ]

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11楼2010-09-04 18:54:27
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shengxiang

木虫 (著名写手)

引用回帖:
Originally posted by 043114076 at 2010-09-04 11:25:49:


对于分子力学来说,能量各部分的0点定义是不一样的。对于谐振势,键长键角0点都是在平衡位置,而且能量一定不会小于0. 库仑势能的0点是无穷远处,能量一定是负值。LJ VDW势除了无穷远处的0点外在r0的位置还有 ...

明白了,你用GROMACS吗?GROMACS中g_energy求出的势能是哪一类呢?
12楼2010-09-05 08:29:24
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shengxiang

木虫 (著名写手)

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Originally posted by yahoohoo at 2010-09-04 14:34:16:


最简单的LJ势能就可以是正值

明白了一些了,就像楼上说的,得看是哪种势能了
13楼2010-09-05 08:30:19
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shengxiang

木虫 (著名写手)

引用回帖:
Originally posted by 老虎大王 at 2010-09-04 18:54:27:
通常来说,许多被模拟体系平衡时其势能为负值。比如对原子体系来讲,一般来说凝聚系的势能零点为无限远原子,即能量是与孤立原子体系相比。孤立原子形成凝聚态,这个过程如果是自发的,能量应是减小,所以凝聚系平 ...

老虎大王,久仰久仰,小弟新人,还多照顾,多谢你了~你对知识了解得都很透彻啊,向你学习~
14楼2010-09-05 08:33:38
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xwwjd

铜虫 (初入文坛)


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11楼: Originally posted by 老虎大王 at 2010-09-04 18:54:27
通常来说,许多被模拟体系平衡时其势能为负值。比如对原子体系来讲,一般来说凝聚系的势能零点为无限远原子,即能量是与孤立原子体系相比。孤立原子形成凝聚态,这个过程如果是自发的,能量应是减小,所以凝聚系平衡 ...

你好,我也遇到这种势能为正的问题,我算的就是简单的乙醇体系,液态的时候势能是负值,但是我算气态乙醇的时候就是一个正值,其中它的远程库伦静电作用能是一个正值,这是为什么呢?不能理解,求大神指教。。
你一会看云,一会看我,我觉得你看云时很近,看我时很远。。。
15楼2014-05-06 10:10:00
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老虎大王

木虫 (著名写手)

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月只蓝: 金币+1, 感谢指导! 2014-05-16 18:51:16
引用回帖:
15楼: Originally posted by xwwjd at 2014-05-06 10:10:00
你好,我也遇到这种势能为正的问题,我算的就是简单的乙醇体系,液态的时候势能是负值,但是我算气态乙醇的时候就是一个正值,其中它的远程库伦静电作用能是一个正值,这是为什么呢?不能理解,求大神指教。。...

你可以比较一下气态和和液态的各项势能之间的差别。
16楼2014-05-07 08:21:25
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xwwjd

铜虫 (初入文坛)

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月只蓝: 金币+1, 鼓励交流 2014-05-16 18:51:21
引用回帖:
6楼: Originally posted by shengxiang at 2010-09-03 21:37:07
我跑的是醇体系,那要是计算中可能有错误的话,会出现在哪个环节呢?哪些参数?...

请问楼主,这个问题你后来是怎么解决的,我也遇到类似问题,模拟的是环己烷的一个体系,势能总是正值~
你一会看云,一会看我,我觉得你看云时很近,看我时很远。。。
17楼2014-05-07 09:19:16
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