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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » 【求助】势能为正值
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老虎大王

木虫 (著名写手)
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shengxiang(金币+5): 2010-09-05 08:31:50
lei0736(金币+8):谢谢 2010-09-05 09:33:36
通常来说，许多被模拟体系平衡时其势能为负值。比如对原子体系来讲，一般来说凝聚系的势能零点为无限远原子，即能量是与孤立原子体系相比。孤立原子形成凝聚态，这个过程如果是自发的，能量应是减小，所以凝聚系平衡势能常是负值。尤其是金属体系，基本上应该都是负值。但如果是分子体系，由于势能毕竟只是自由能的一部分，而且对于通过拟合体系性质得到的经验势来说，它的势能零点有时候好像也不是特别清楚，不一定是孤立原子，比如我们拟合时常常只关心势函数的一阶导和二阶导数，或者我们只关心各原子混合性质等等，所以出现势能为正的情况，倒也不见得违背什么原则。事实上，假如处理一个分子体系，它的势函数模型中包含了分子内的部分，因为常见的分子内的势函数，三体势和四体势（二面角）都经常选择为正的形式（如K*(theta-theta0)^2这种），而分子间斥力、色散力等自然也都是正的，那么总势能也将是有可能大于零的。

总之，对于分子体系，如果计算中不出现什么异常情况，我觉得势能大于零也可以被接受。一句话，如果是负值，更让人放心一些，如果是正值，假如仔细核对无误，而且计算中无异常，可以生成合理的结构，得到合理的性质，那就不要追究势能正负的问题了。

[ Last edited by 老虎大王 on 2010-9-4 at 18:58 ]
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xwwjd
11楼2010-09-04 18:54:27
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shengxiang

木虫 (著名写手)
引用回帖:
Originally posted by 043114076 at 2010-09-04 11:25:49:


对于分子力学来说，能量各部分的0点定义是不一样的。对于谐振势，键长键角0点都是在平衡位置，而且能量一定不会小于0. 库仑势能的0点是无穷远处，能量一定是负值。LJ VDW势除了无穷远处的0点外在r0的位置还有 ...

明白了，你用GROMACS吗？GROMACS中g_energy求出的势能是哪一类呢？
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12楼2010-09-05 08:29:24
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shengxiang

木虫 (著名写手)
引用回帖:
Originally posted by yahoohoo at 2010-09-04 14:34:16:


最简单的LJ势能就可以是正值

明白了一些了，就像楼上说的，得看是哪种势能了
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13楼2010-09-05 08:30:19
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shengxiang

木虫 (著名写手)
引用回帖:
Originally posted by 老虎大王 at 2010-09-04 18:54:27:
通常来说，许多被模拟体系平衡时其势能为负值。比如对原子体系来讲，一般来说凝聚系的势能零点为无限远原子，即能量是与孤立原子体系相比。孤立原子形成凝聚态，这个过程如果是自发的，能量应是减小，所以凝聚系平 ...

老虎大王，久仰久仰，小弟新人，还多照顾，多谢你了~你对知识了解得都很透彻啊，向你学习~
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14楼2010-09-05 08:33:38
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xwwjd

铜虫 (初入文坛)
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11楼: Originally posted by 老虎大王 at 2010-09-04 18:54:27
通常来说，许多被模拟体系平衡时其势能为负值。比如对原子体系来讲，一般来说凝聚系的势能零点为无限远原子，即能量是与孤立原子体系相比。孤立原子形成凝聚态，这个过程如果是自发的，能量应是减小，所以凝聚系平衡 ...

你好，我也遇到这种势能为正的问题，我算的就是简单的乙醇体系，液态的时候势能是负值，但是我算气态乙醇的时候就是一个正值，其中它的远程库伦静电作用能是一个正值，这是为什么呢？不能理解，求大神指教。。
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你一会看云，一会看我，我觉得你看云时很近，看我时很远。。。
15楼2014-05-06 10:10:00
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老虎大王

木虫 (著名写手)
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月只蓝: 金币+1, 感谢指导！ 2014-05-16 18:51:16
引用回帖:
15楼: Originally posted by xwwjd at 2014-05-06 10:10:00
你好，我也遇到这种势能为正的问题，我算的就是简单的乙醇体系，液态的时候势能是负值，但是我算气态乙醇的时候就是一个正值，其中它的远程库伦静电作用能是一个正值，这是为什么呢？不能理解，求大神指教。。...

你可以比较一下气态和和液态的各项势能之间的差别。
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16楼2014-05-07 08:21:25
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xwwjd

铜虫 (初入文坛)
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月只蓝: 金币+1, 鼓励交流 2014-05-16 18:51:21
引用回帖:
6楼: Originally posted by shengxiang at 2010-09-03 21:37:07
我跑的是醇体系，那要是计算中可能有错误的话，会出现在哪个环节呢？哪些参数？...

请问楼主，这个问题你后来是怎么解决的，我也遇到类似问题，模拟的是环己烷的一个体系，势能总是正值~
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你一会看云，一会看我，我觉得你看云时很近，看我时很远。。。
17楼2014-05-07 09:19:16
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